Genas
KCNQ5
potassium voltage-gated channel subfamily Q member 5
- HGNC 6299↗(atsidaro naujame skirtuke)
- Ensembl genas ENSG00000185760↗(atsidaro naujame skirtuke)
- NCBI Gene 56479↗(atsidaro naujame skirtuke)
Santrauka
- Citogenetinė vieta
- 6q13
- Koordinatės
- Chromosoma 6: 72 622 064–73 198 853 (GRCh38)
- Eksonai
- 14 eksonų per 576,8 kb
- Baltymas
- 932 aminorūgščių
- Taip pat žinomas kaip
- Kv7.5
- MANE Select transkriptas
- ENST00000370398.6NM_019842.4
- Lokuso tipas
- Baltymus koduojantys
- Labai aukštas
- Patikimas
- Žemas
- Labai žemas
Ši puslapis kaip duomenys
Norėdami perskaityti jį kaip JSON, pridėkite .json prie puslapio adreso arba nurodykite application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/kcnq5.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePerskaitykite KCNQ5 ir likusį savo genomą su vienu tyrimu.
Nuo 449 $Nemokamas pristatymas · Rezultatai per 6–8 savaites
Įsigyti savo Genome TestKuruota ataskaita, susijusi su šiuo genu
Intelektinė negalia
Vienas iš 233 su juo susijusių genų
- 2 GenCC pateikėjų vertina jį kaip definityvų arba stiprų
Kaip išdėstytas KCNQ5
- Koduojanti seka
- Netransliuojama sritis
- Intronas
- Transkripcijos kryptis
- Žinomos su liga susijusios vietos
- Ruožai, kuriuos trumpi skaitiniai sunkiai aptinka
Geno MANE Select transkripto eksonai (išleidimas v1.5), pagal NCBI ir EMBL-EBI, GRCh38 atskaitos genome.
Chromosomų juostos pagal UCSC GRCh38 ideogramą (2022-10-29).
Netoliese esantys genai iš Ensembl leidimo 116, GRCh38.
Eksonai sudaro 6,4 kb iš 576,8 kb geno; 2 799 šių bazių koduoja baltymą.
KCNQ5 sekvenavimas
2Lengva
Kaip sunku sekvenuoti KCNQ5 trumpaisiais skaitiniais, iš 100
0 · Lengva100 · Sunku
Beveik visi KCNQ5 eksonai yra vietose, kur trumpieji skaitiniai atvaizduojami aiškiai.
Dar prisideda: kiekvienos rūšies sunkių sričių dalis tarp KCNQ5 eksonų
- AtvaizduojamumasRuožai, kur 100 ar 250 bp skaitiniai negali būti vienareikšmiškai susieti, todėl ten iškvietimas gali būti praleistas arba klaidingas. Vien pati, visiškai tokio tipo srityje esantis genas gautų 100 balų.0 %
- HomologijaSegmentinės dublikacijos: kopijos kitose genomo vietose, pavyzdžiui, paralogai ir pseudogenai, kurių identiškumas 90 % ar didesnis. Vien pati, visiškai tokio tipo srityje esantis genas gautų 60 balų.0 %
- Bendra su chrYPseudoautosominiai regionai ir X perkelta sritis, kur chrX ir chrY turi tą pačią arba beveik tą pačią seką, todėl skaitinys iš vieno gali būti susietas su kitu. Vien pati, visiškai tokio tipo srityje esantis genas gautų 60 balų.0 %
- Nuorodinės sekos aprėptisNetoliese esantys spragos nuorodinėje sekoje, kur skaitiniams nėra su kuo lygiuotis. Vien pati, visiškai tokio tipo srityje esantis genas gautų 50 balų.0 %
- PasikartojimaiTandeminiai pasikartojimai ir vieno nukleotido ilgos sekos, kuriose skaitiniai slysta ir gali neperdengti jų. Vien pati, visiškai tokio tipo srityje esantis genas gautų 30 balų.2,6 %
- GC kiekisLangai, kuriuose G ir C yra mažiau nei 25 % arba daugiau nei 65 %, bibliotekos paruošimo metu apimami menkai. Vien pati, visiškai tokio tipo srityje esantis genas gautų 20 balų.8,1 %
„Dante Labs“ rezultatas, sudarytas remiantis mūsų pačių tyrimais ir NIST „Genome in a Bottle“ sunkiai sekvenuojamų sričių žemėlapiais.Kaip skaičiuojamaKiekvienas stulpelis rodo KCNQ5 eksonų bazių dalį tos rūšies sunkioje srityje. Bet kuri viena rūšis gali pati savaime padaryti geną sunkiai sekvenuojamu, o kiekviena papildoma rūšis prideda vis mažiau: 0, kai nė viena bazė nepatenka į jokią, 100, kai kiekviena bazė yra vietoje, kur skaitiniai negali būti vienareikšmiškai susieti.
14
KCNQ5 pozicijos, kuriose ClinVar pakeitimus priskiria patogeniniams arba tikriausiai patogeniniams
Nė viena jų nepatenka į sritį, kurią trumpieji skaitiniai sunkiai nuskaito.
Viso genomo sekvenavimas apima visus 576,8 kb KCNQ5 geno, įskaitant intronus, o ne tik 6,4 kb eksonų.
ClinVar pathogenic variants (14)
The KCNQ5 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogeninis 6
- Tikriausiai patogeninis 8
| Variantas | Conditions | ClinVar klasifikacija | Apžvalgos būsena |
|---|---|---|---|
| NM_019842.4(KCNQ5):c.739C>T (p.Arg247Ter) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.824dup (p.Leu275fs) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.966G>A (p.Trp322Ter) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.1039G>A (p.Gly347Ser) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.1105C>A (p.Pro369Thr) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.1106C>A (p.Pro369Gln) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.273del (p.Lys92fs) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Tikriausiai patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.532C>T (p.Arg178Ter) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Tikriausiai patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.545C>T (p.Ala182Val) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Tikriausiai patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.1051G>T (p.Ala351Ser) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Tikriausiai patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.1076G>A (p.Arg359His) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Tikriausiai patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.1408C>T (p.Arg470Ter) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Tikriausiai patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.1631A>G (p.Tyr544Cys) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Tikriausiai patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
| NM_019842.4(KCNQ5):c.1667G>C (p.Gly556Ala) (opens in a new tab) | intellectual disability, autosomal dominant 46 | Tikriausiai patogeninis | ★★★★1 žvaigždutė iš 4 kriterijai pateikti, vienas pateikėjas |
Genai, susieti su tomis pačiomis būklėmis
- ACSL4acyl-CoA synthetase long chain family member 4Turi 1 bendrą būklę
- ADKadenosine kinaseTuri 1 bendrą būklę
- ADNPactivity dependent neuroprotector homeoboxTuri 1 bendrą būklę
- AFF2ALF transcription elongation factor 2Turi 1 bendrą būklę
- AHDC1AT-hook DNA binding motif containing 1Turi 1 bendrą būklę
- ALKBH8alkB homolog 8, tRNA methyltransferaseTuri 1 bendrą būklę
- ANK3ankyrin 3Turi 1 bendrą būklę
- ANKRD11ankyrin repeat domain 11Turi 1 bendrą būklę
- AP1S2adaptor related protein complex 1 subunit sigma 2Turi 1 bendrą būklę
- AP2M1adaptor related protein complex 2 subunit mu 1Turi 1 bendrą būklę
- ARHGEF9Cdc42 guanine nucleotide exchange factor 9Turi 1 bendrą būklę
- ARID1AAT-rich interaction domain 1ATuri 1 bendrą būklę
Savybės, susijusios su KCNQ5
Žmogaus fenotipų ontologija šias savybes nurodo kaip retų ligų, kurias gali sukelti KCNQ5, požymius. Kiekvienos savybės puslapyje nurodyti kiti su ja susiję genai.
Išorinės nuorodos
Geno įrašai
Transkriptas
Baltymas
Iš kur tai paimta
- HGNC: geno simbolis, pavadinimas, kiti simboliai ir vieta.
- MANE Select v1.5, iš NCBI ir EMBL-EBI: transkriptas, jo egzonai ir koduojanti seka.
- GenCC ir ClinGen, išleista 2026-10-19: su kokiomis ligomis genas siejamas ir kaip stipriai.
- ACMG antrinių radinių sąrašas, SF v3.2.
- ClinVar ir GIAB stratifikacijos: žinomos ligas sukeliančios vietos ir regionai, kuriuos trumpieji skaitiniai sunkiai nustato.
- Genome in a Bottle genomo stratifikacijos iš NIST: sekoskaitos sunkumo balas.
- Žmogaus fenotipų ontologija, versija 2026-09-01: su genu susijusios savybės. Daugiau informacijos rasite hpo.jax.org.
- Duomenų išleidimas 2026.10.19-9814e911.
Cituoti šį puslapį
Dante Labs. (be datos). KCNQ5 genas: potassium voltage-gated channel subfamily Q member 5. Pasiekta 2026 m. spalio 19 d., iš https://dantelabs.com/lt/genes/kcnq5
Dante Labs. KCNQ5 genas: potassium voltage-gated channel subfamily Q member 5 [Internetas]. [cituota 2026 m. spalio 19 d.]. Prieinama: https://dantelabs.com/lt/genes/kcnq5
Vienas testas. Atsakymai visam gyvenimui.
Nuo 449 $Nemokamas pristatymas · Rezultatai per 6–8 savaites