AtlasGene
RNU6ATAC
RNA, U6atac small nuclear
- HGNC 34017↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000221676↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 100151684↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 9q34.2
- Coordinate
- Cromosoma 9: 134.164.439–134.164.564 (GRCh38)
- Esoni
- 1 esone su 0,1 kb
- Noto anche come
- RNU6ATAC1
- Trascritto MANE Select
- ENST00000408749.1NR_023344.2
- Tipo di locus
- RNA nucleare piccolo (snRNA)
AtlasQuesta pagina come dati
Aggiunga .json all'indirizzo della pagina, oppure richieda application/json, per leggerla come JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/rnu6atac.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLegga RNU6ATAC e il resto del suo genoma con un unico test.
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Nessun report del Genome Test legge ancora RNU6ATAC. Il test sequenzia l'intero genoma, quindi i suoi dati lo includono comunque.
Struttura di RNU6ATAC
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 0,1 kb dei 0,1 kb del gene.
Sequenziamento di RNU6ATAC
24Moderato
Quanto è difficile sequenziare RNU6ATAC con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Alcuni esoni di RNU6ATAC si trovano in punti in cui le letture corte possono non rilevare o collocare in modo errato una variante.
A questo si aggiunge la quota degli esoni di RNU6ATAC in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata in quel punto potrebbe mancare o essere errata. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 100.22%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Condiviso con chrYLe regioni pseudoautosomiche e la regione X-trasposta, dove chrX e chrY portano la stessa sequenza o una quasi identica, per cui una lettura proveniente da uno dei due può essere collocata sull'altro. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 50.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e tratti di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 30.8,7%
- Contenuto di GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 20.0%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe Genome in a Bottle del NIST delle regioni difficili da sequenziare.Come viene calcolato il punteggioOgni barra indica la quota delle basi esoniche di RNU6ATAC in quel tipo di regione difficile. Ciascun tipo può da solo rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo incide sempre meno: 0 quando nessuna base ricade in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova in un punto in cui le letture non possono essere collocate in modo univoco.
Tratti collegati a RNU6ATAC
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che RNU6ATAC può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Abnormality of the immune system
- Asthma
- Baby eczema
- Combined immunodeficiency
- Eczema
- Infection in blood stream
- Recurrent chest infections
- Recurrent pneumonia
- Recurrent sinus and lung infections
Mostra altri 2 tratti
Abnormality of the digestive system
- Abdominal pain
- Chronic constipation
- Colonic eosinophilia
- Diarrhea
- Fat in feces
- Feeding difficulties
- Inability to properly digest food due to lack of pancreatic digestive enzymes
- Jaundice
Mostra altri 1 tratto
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene RNU6ATAC: RNA, U6atac small nuclear. Consultato il 19 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/rnu6atac
Dante Labs. Gene RNU6ATAC: RNA, U6atac small nuclear [Internet]. [citato il 19 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/rnu6atac
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