Gen
PLS1
plastin 1
- HGNC 9090↗(otwiera się w nowej karcie)
- Gen Ensembl ENSG00000120756↗(otwiera się w nowej karcie)
- NCBI Gene 5357↗(otwiera się w nowej karcie)
Podsumowanie
- Lokalizacja cytogenetyczna
- 3q23
- Współrzędne
- Chromosom 3: 142 596 393–142 713 664 (GRCh38)
- Eksony
- 16 eksonów na odcinku 117,3 kb
- Białko
- 629 aminokwasów
- Transkrypt MANE Select
- ENST00000457734.7NM_001145319.2
- Typ locus
- Kodujące białko
- Bardzo wysoka
- Pewna
- Niska
- Bardzo niska
Ta strona jako dane
Aby odczytać ją jako JSON, dodaj .json na końcu adresu strony lub zażądaj application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/pls1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOdczytaj PLS1 oraz resztę swojego genomu dzięki jednemu badaniu.
Od 449 $Bezpłatna wysyłka · Wyniki w ciągu 6–8 tygodni
Zamawiam Genome TestWyselekcjonowany raport dotyczący tego genu
Utrata słuchu i głuchota
- Autosomalna dominująca niesyndromowa utrata słuchuAutosomalne dominujące
Autosomalna dominująca postać niesyndromowej głuchoty.
- ClinGen ocenia powiązanie jako umiarkowane
- 2 podmiotów w GenCC ocenia je jako definitywne lub silne
- Niezespołowa genetyczna utrata słuchu
Jeden z 97 powiązanych z nim genów
Dziedziczna utrata słuchu bez innych objawów medycznych, obejmująca częste recesywne postacie wywoływane przez GJB2, OTOF, SLC26A4, STRC i wiele innych genów, a także postacie dominujące, sprzężone z chromosomem X oraz mitochondrialne.
- ClinGen ocenia powiązanie jako umiarkowane
- 2 podmiotów w GenCC ocenia je jako definitywne lub silne
▶Możliwość podjęcia działania
Znajomość genetycznej przyczyny może pomóc w wyborze wsparcia słuchowego i decyzji dotyczących implantu ślimakowego, kwalifikacji do badań terapii genowych (na przykład w przypadku OTOF) oraz poradnictwa rodzinnego.
Budowa genu PLS1
- Sekwencja kodująca
- Region nieulegający translacji
- Intron
- Kierunek transkrypcji
- Znane miejsca powodujące choroby
- Odcinki, z którymi krótkie odczyty mają trudność
Eksony transkryptu MANE Select genu (wydanie v1.5) z NCBI i EMBL-EBI, na referencyjnym genomie GRCh38.
Prążki chromosomowe z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Pobliskie geny z wydania Ensembl 116, na GRCh38.
Eksony stanowią 3,7 kb z 117,3 kb genu; 1890 z tych zasad kodują białko.
Sekwencjonowanie PLS1
2Łatwy
Stopień trudności sekwencjonowania genu PLS1 krótkimi odczytami w skali 0–100
0 · Łatwy100 · Trudny
Niemal wszystkie eksony genu PLS1 znajdują się w miejscach, gdzie krótkie odczyty są mapowane poprawnie.
Co dokłada się do wyniku: udział eksonów genu PLS1 w każdym rodzaju trudnego regionu
- MapowalnośćFragmenty, w których odczytów o długości 100 lub 250 pz nie da się umieścić jednoznacznie, więc wywołanie wariantu może tam brakować lub być błędne. Waga 35%.0%
- HomologiaDuplikacje segmentalne: kopie w innych częściach genomu, takie jak paralogi i pseudogeny, o identyczności 90% lub większej. Waga 30%.0%
- PowtórzeniaPowtórzenia tandemowe i serie jednej zasady, na których odczyty się ślizgają i których mogą nie obejmować w całości. Waga 15%.3,4%
- Zawartość GCOkna z mniej niż 25% lub więcej niż 65% zawartości G i C, które przygotowanie biblioteki pokrywa słabo. Waga 10%.11%
- Pokrycie referencjiLuki w pobliskim składzie sekwencji referencyjnej, gdzie nie ma sekwencji, do której odczyty mogłyby się dopasować. Waga 10%.0%
Wynik Dante Labs z własnych badań, oparty na mapach trudno sekwencjonowalnych regionów NIST Genome in a Bottle.Jak liczymy wynikKażdy słupek to udział zasad eksonów genu PLS1 w danym rodzaju trudnego regionu. Każdy rodzaj może sam w sobie uczynić gen trudnym, a każdy kolejny dodaje coraz mniej: 0, gdy żadna zasada nie leży w takim regionie, 100, gdy każda zasada znajduje się tam, gdzie odczytów nie da się umieścić jednoznacznie.
1
pozycja w PLS1, w której ClinVar klasyfikuje zmianę jako patogenną lub prawdopodobnie patogenną
Żadne z nich nie przypada na region, który krótkie odczyty trudno odczytać.
Sekwencjonowanie całego genomu obejmuje wszystkie 117,3 kb genu PLS1, łącznie z intronami, a nie tylko 3,7 kb eksonów.
ClinVar pathogenic variants (1)
The PLS1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Prawdopodobnie patogenny 1
| Wariant | Conditions | Klasyfikacja ClinVar | Status recenzji |
|---|---|---|---|
| NM_001145319.2(PLS1):c.805G>A (p.Glu269Lys) (opens in a new tab) | autosomal dominant nonsyndromic hearing loss and 1 other | Prawdopodobnie patogenny | ★★★★1 gwiazdka z 4 podano kryteria, jeden zgłaszający |
Geny powiązane z tymi samymi schorzeniami
- ACTG1actin gamma 1Wspólnych schorzeń: 2
- ATP11AATPase phospholipid transporting 11AWspólnych schorzeń: 2
- ATP2B2ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 2Wspólnych schorzeń: 2
- CD164CD164 moleculeWspólnych schorzeń: 2
- CEACAM16CEA cell adhesion molecule 16, tectorial membrane componentWspólnych schorzeń: 2
- COCHcochlinWspólnych schorzeń: 2
- COL11A1collagen type XI alpha 1 chainWspólnych schorzeń: 2
- COL11A2collagen type XI alpha 2 chainWspólnych schorzeń: 2
- DIAPH1diaphanous related formin 1Wspólnych schorzeń: 2
- EYA4EYA transcriptional coactivator and phosphatase 4Wspólnych schorzeń: 2
- GJB2gap junction protein beta 2Wspólnych schorzeń: 2
- GJB6gap junction protein beta 6Wspólnych schorzeń: 2
Cechy powiązane z genem PLS1
Human Phenotype Ontology wymienia te cechy jako objawy rzadkich schorzeń, które może wywoływać PLS1. Na stronie każdej cechy znajdują się inne geny z nią powiązane.
Linki zewnętrzne
Rekordy genów
Transkrypt
Białko
Skąd to pochodzi
- HGNC: symbol genu, nazwa, inne symbole i lokalizacja.
- MANE Select v1.5, z NCBI i EMBL-EBI: transkrypt, jego eksony i sekwencja kodująca.
- GenCC i ClinGen, wydanie 2026-10-18: z jakimi schorzeniami gen jest powiązany i jak silnie.
- Lista ACMG dotycząca wtórnych wyników, SF v3.2.
- ClinVar i stratyfikacje GIAB: znane miejsca powodujące choroby oraz regiony, które krótkie odczyty trudno odczytać.
- Stratyfikacje genomu Genome in a Bottle z NIST: wynik trudności sekwencjonowania.
- Human Phenotype Ontology, wersja 2026-09-01: cechy powiązane z genem. Więcej informacji znajdą Państwo na hpo.jax.org.
- Wydanie danych 2026.10.18-8b139e39.
Cytuj tę stronę
Dante Labs. (b.d.). Gen PLS1: plastin 1. Pobrano 18 października 2026, z https://dantelabs.com/pl/genes/pls1
Dante Labs. Gen PLS1: plastin 1 [Internet]. [cytowano 18 października 2026]. Dostępne w: https://dantelabs.com/pl/genes/pls1
Jeden test. Odpowiedzi na całe życie.
Od 449 $Bezpłatna wysyłka · Wyniki w ciągu 6–8 tygodni