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Gène

HMGB1

high mobility group box 1

Résumé

Localisation cytogénétique
13q12.3
Coordonnées
Chromosome 13 : 30 456 704–30 465 936 (GRCh38)
Exons
5 exons sur 9,2 kb
Protéine
215 acides aminés
Aussi appelé
HMG3, SBP-1, DKFZp686A04236
Symboles précédents
HMG1
Transcrit MANE Select
ENST00000341423.10NM_002128.7
Type de locus
Protein-coding
  • Très élevé
  • Fiable
  • Faible
  • Très faible

Rapport d'expertise pertinent pour ce gène

Aucun rapport Genome Test ne lit encore HMGB1. Le test séquence l'intégralité de votre génome, donc vos données l'incluent tout de même.

Structure de HMGB1

  • Séquence codante
  • Région non traduite
  • Intron
  • Sens de la transcription
  • Sites connus associés à une maladie
  • Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Chromosome 13, avec un crochet à l'emplacement de HMGB1. HMGB1 et 6 gènes à proximité sur le chromosome 13, de 29 961 320 à 30 961 319.Chromosome 1313q12.3p13p12p11.2p11.1q11q12.11q12.12q12.13q12.2q12.3q13.1q13.2q13.3q14.11q14.12q14.13q14.2q14.3q21.1q21.2q21.31q21.32q21.33q22.1q22.2q22.3q31.1q31.2q31.3q32.1q32.2q32.3q33.1q33.2q33.3q3430 Mb30,2 Mb30,4 Mb30,6 Mb30,8 MbKATNAL1 : 30 202 630–30 307 554, brin inverseKATNAL1UBE2L5 : 30 422 488–30 429 758, brin directUBE2L5HMGB1 : 30 456 704–30 465 936, brin inverseHMGB1USPL1 : 30 617 693–30 660 770, brin directUSPL1ALOX5AP : 30 713 478–30 765 072, brin directALOX5APMEDAG : 30 906 200–30 925 574, brin directMEDAGTEX26 : 30 932 639–30 982 522, brin directTEX26Schéma de HMGB1 : 5 exons sur le brin inverse du chromosome 13Exon 5 : 1 site connu associé à une maladieExon 4 : 1 site connu associé à une maladieExon 5 : 30 456 704–30 461 533, 4 830 basesExon 4 : 30 462 538–30 462 712, 175 basesExon 3 : 30 463 207–30 463 352, 146 basesExon 2 : 30 463 531–30 463 694, 164 basesExon 1 : 30 465 796–30 465 936, 141 bases543215′3′

Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.

Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).

Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.

Les exons représentent 5,5 kb sur les 9,2 kb du gène ; 648 de ces bases codent pour la protéine.

Séquençage de HMGB1

2

positions de HMGB1 où ClinVar classe une variante comme pathogène ou probablement pathogène

2 d'entre elles (100 %) se situent dans des régions que les lectures courtes peinent à analyser.

  • Low mappability (1 site)Regions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely.
  • Segmental duplications (1 site)Copies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy.

Un génome entier couvre les 9,2 kb de HMGB1, introns compris, et pas seulement les 5,5 kb d'exons.

Liens externes

D'où viennent ces informations

  • HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
  • MANE Select v1.5, de NCBI et EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
  • ClinVar et les stratifications GIAB : les sites connus responsables de maladies, et les régions que les lectures courtes peinent à analyser.
  • Version des données 2026.10.17-8666dff2.

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APA

Dante Labs. (s.d.). Gène HMGB1 : high mobility group box 1. Consulté le 17 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/hmgb1

Vancouver

Dante Labs. Gène HMGB1 : high mobility group box 1 [Internet]. [consulté le 17 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/hmgb1

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