Siirry sisältöön
Käytä HSA- tai FSA-varojasi
Sekvensoi genomisi (avautuu uuteen välilehteen)

Geeni

HMGB1

high mobility group box 1

Yhteenveto

Sytogeneettinen sijainti
13q12.3
Koordinaatit
Kromosomi 13: 30 456 704–30 465 936 (GRCh38)
Eksonit
5 eksonia 9,2 kb:n alueella
Proteiini
215 aminohappoa
Tunnetaan myös nimellä
HMG3, SBP-1, DKFZp686A04236
Aiemmat symbolit
HMG1
MANE Select -transkripti
ENST00000341423.10NM_002128.7
Lokustyyppi
gene with protein product
  • Erittäin korkea
  • Varma
  • Matala
  • Erittäin matala

Tähän geeniin liittyviä kuratoituja raportteja

Mikään Genome Test -raportti ei vielä lue geeniä HMGB1. Testi sekvensoi koko genomisi, joten tiedoissasi on se silti.

HMGB1-geenin rakenne

  • Koodaava jakso
  • Translatoimaton alue
  • Intron
  • Transkription suunta
  • Tunnetut tautia aiheuttavat kohdat
  • Alueet, joita lyhyillä lukemilla on vaikea lukea
Kromosomi 13, jossa hakasulke osoittaa HMGB1-geenin sijainnin. HMGB1 ja 6 geeniä sen läheisyydessä kromosomissa 13, välillä 29 961 320–30 961 319.Kromosomi 1313q12.3p13p12p11.2p11.1q11q12.11q12.12q12.13q12.2q12.3q13.1q13.2q13.3q14.11q14.12q14.13q14.2q14.3q21.1q21.2q21.31q21.32q21.33q22.1q22.2q22.3q31.1q31.2q31.3q32.1q32.2q32.3q33.1q33.2q33.3q3430 Mb30,2 Mb30,4 Mb30,6 Mb30,8 MbKATNAL1: 30 202 630–30 307 554, juoste taaksepäinKATNAL1UBE2L5: 30 422 488–30 429 758, juoste eteenpäinUBE2L5HMGB1: 30 456 704–30 465 936, juoste taaksepäinHMGB1USPL1: 30 617 693–30 660 770, juoste eteenpäinUSPL1ALOX5AP: 30 713 478–30 765 072, juoste eteenpäinALOX5APMEDAG: 30 906 200–30 925 574, juoste eteenpäinMEDAGTEX26: 30 932 639–30 982 522, juoste eteenpäinTEX26HMGB1-kaavio: 5 eksonia kromosomin 13 juosteella, taaksepäinEksoni 5: 1 tunnettu tautia aiheuttava kohtaEksoni 4: 1 tunnettu tautia aiheuttava kohtaEkson 5: 30 456 704–30 461 533, 4 830 emästäEkson 4: 30 462 538–30 462 712, 175 emästäEkson 3: 30 463 207–30 463 352, 146 emästäEkson 2: 30 463 531–30 463 694, 164 emästäEkson 1: 30 465 796–30 465 936, 141 emästä543215′3′

Geenin MANE Select -transkriptin eksonit (julkaisu v1.5), lähteinä NCBI ja EMBL-EBI, GRCh38-referenssigenomissa.

Kromosomivyöhykkeet UCSC:n GRCh38-ideogrammista (2022-10-29).

Lähellä olevat geenit Ensembl-julkaisusta 116, GRCh38-kokoonpanossa.

Eksonit muodostavat 5,5 kb geenin 9,2 kb:stä; 648 näistä emäksistä koodaa proteiinia.

Miten genomitesti lukee geeniä HMGB1

2

HMGB1-geenin kohtaa, joissa ClinVar luokittelee muutoksen patogeeniseksi tai todennäköisesti patogeeniseksi

Niistä 2 (100 %) osuu alueille, joita lyhyet lukemat löytävät vaikeasti.

  • Low mappability (1 kohta)Regions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely.
  • Segmental duplications (1 kohta)Copies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy.

Kokogenomi kattaa kaikki 9,2 kb geenistä HMGB1, intronit mukaan lukien, ei pelkästään 5,5 kb eksoneja.

Ulkoiset linkit

Mistä tieto on peräisin

  • HGNC: geenin symboli, nimi, muut symbolit ja sijainti.
  • MANE Select v1.5, NCBI:ltä ja EMBL-EBI:ltä: transkripti, sen eksonit ja koodaava sekvenssi.
  • ClinVar ja GIAB-stratifikaatiot: tunnetut tautia aiheuttavat kohdat sekä alueet, joiden lukeminen lyhyillä luennoilla on vaikeaa.
  • Datajulkaisu 2026.10.16-c6eea6bf.

Viittaa tähän sivuun

APA

Dante Labs. (n.d.). HMGB1-geeni: high mobility group box 1. Haettu 17. lokakuuta 2026, osoitteesta https://dantelabs.com/fi/genes/hmgb1

Vancouver

Dante Labs. HMGB1-geeni: high mobility group box 1 [Internet]. [viitattu 17. lokakuuta 2026]. Saatavilla: https://dantelabs.com/fi/genes/hmgb1

Yksi testi. Vastauksia koko elämäksi.

Alkaen 449 $Ilmainen toimitus · Tulokset 6–8 viikossa

Tilaa Genome Test