AtlasGen
GRXCR1
glutaredoxin and cysteine rich domain containing 1
- HGNC 31673↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000215203↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 389207↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 4p13
- Coördinaten
- Chromosoom 4: 42.892.713–43.030.658 (GRCh38)
- Exons
- 4 exons over 137,9 kb
- Eiwit
- 290 aminozuren
- Ook bekend als
- PPP1R88
- Eerdere symbolen
- DFNB25
- MANE Select-transcript
- ENST00000399770.3NM_001080476.3
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
AtlasDeze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/grxcr1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees GRXCR1 en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerd rapport over dit gen
Gehoorverlies en doofheid
- Niet-syndromale erfelijke gehoorstoornis
Een van 97 genen die hiermee verband houden
Erfelijk gehoorverlies zonder andere medische kenmerken, inclusief de veelvoorkomende recessieve vormen veroorzaakt door GJB2, OTOF, SLC26A4, STRC en vele andere genen, evenals dominante, X-gebonden en mitochondriale vormen.
- ClinGen beoordeelt het verband als definitief
- 4 GenCC-indieners beoordelen het als definitief of sterk
▶Actionability
Het kennen van de genetische oorzaak kan helpen bij keuzes rond gehoorondersteuning en cochleaire implantaten, bij de geschiktheid voor deelname aan onderzoeken naar genetherapie (bijvoorbeeld bij OTOF) en bij erfelijkheidsadvies voor familieleden.
Opbouw van GRXCR1
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Bekende ziekteveroorzakende posities
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 1,5 kb van de 137,9 kb van het gen; 873 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van GRXCR1
3Makkelijk
Hoe moeilijk GRXCR1 is te sequencen met korte reads, op een schaal van 100
0 · Makkelijk100 · Moeilijk
Bijna alle exonen van GRXCR1 liggen op plaatsen waar korte reads correct worden uitgelijnd.
Wat dit verergert: het aandeel van de exonen van GRXCR1 in elk type moeilijke regio
- MapbaarheidStukken waar reads van 100 of 250 bp niet op één unieke plaats kunnen worden geplaatst, waardoor een call daar ontbrekend of onjuist kan zijn. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 100 krijgen.0%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 60 krijgen.0%
- Gedeeld met chrYDe pseudoautosomale regio's en de X-getransponeerde regio, waar chrX en chrY dezelfde of bijna dezelfde sequentie bevatten, zodat een read van de ene op de andere kan worden geplaatst. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 60 krijgen.0%
- ReferentiedekkingHiaten in de nabijgelegen referentie-assemblage, waar geen sequentie is waarop reads kunnen worden uitgelijnd. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 50 krijgen.0%
- HerhalingenTandemherhalingen en reeksen van één base, waarop reads kunnen verschuiven en die ze mogelijk niet overspannen. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 30 krijgen.5,5%
- GC-gehalteVensters met minder dan 25% of meer dan 65% G en C, die bij de bibliotheekvoorbereiding slechts dun worden gedekt. Op zichzelf zou een gen dat volledig in dit type regio ligt een score van 20 krijgen.9,1%
Een Dante Labs-score op basis van ons eigen onderzoek, gebouwd op de Genome in a Bottle-kaarten van NIST met moeilijk te sequencen regio's.Zo wordt er gescoordElke balk is het aandeel van de exonbasen van GRXCR1 in dat type moeilijke regio. Elk type kan op zichzelf een gen moeilijk maken, en elk extra type voegt steeds minder toe: 0 wanneer geen enkele base in een moeilijke regio ligt, 100 wanneer elke base ligt waar reads niet op één unieke plaats kunnen worden geplaatst.
10
posities in GRXCR1 waar ClinVar een wijziging als pathogeen of waarschijnlijk pathogeen classificeert
Geen ervan valt in een regio die korte reads moeilijk vinden.
Een heel genoom dekt alle 137,9 kb van GRXCR1, inclusief de introns, en niet alleen de 1,5 kb aan exonen.
ClinVar pathogenic variants (10)
The GRXCR1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Pathogeen 5
- Pathogeen/waarschijnlijk pathogeen 1
- Waarschijnlijk pathogeen 4
| Variant | Conditions | ClinVar-classificatie | Reviewstatus |
|---|---|---|---|
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.469G>T (p.Glu157Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Pathogeen/waarschijnlijk pathogeen | ★★★★2 sterren van de 4 criteria opgegeven, meerdere indieners, geen conflicten |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.181C>T (p.Gln61Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.385-2A>G (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.550G>T (p.Glu184Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.628-9C>A (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.672del (p.Asp225fs) (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.79C>T (p.Arg27Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Waarschijnlijk pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.439C>T (p.Arg147Cys) (opens in a new tab) | hearing loss disorder | Waarschijnlijk pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.668T>A (p.Leu223Gln) (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Waarschijnlijk pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
| NM_001080476.3(GRXCR1):c.784C>T (p.Arg262Ter) (opens in a new tab) | autosomal recessive nonsyndromic hearing loss 25 | Waarschijnlijk pathogeen | ★★★★1 ster van de 4 criteria opgegeven, één indiener |
Genen die aan dezelfde aandoeningen zijn gekoppeld
- ACTG1actin gamma 1Deelt 1 aandoening
- AFG2BAAA ATPase AFG2BDeelt 1 aandoening
- AIFM1apoptosis inducing factor mitochondria associated 1Deelt 1 aandoening
- ATP11AATPase phospholipid transporting 11ADeelt 1 aandoening
- ATP2B2ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 2Deelt 1 aandoening
- CABP2calcium binding protein 2Deelt 1 aandoening
- CD164CD164 moleculeDeelt 1 aandoening
- CDC14Acell division cycle 14ADeelt 1 aandoening
- CDH23cadherin related 23Deelt 1 aandoening
- CEACAM16CEA cell adhesion molecule 16, tectorial membrane componentDeelt 1 aandoening
- CIB2calcium and integrin binding family member 2Deelt 1 aandoening
- CLDN14claudin 14Deelt 1 aandoening
Kenmerken gekoppeld aan GRXCR1
De Human Phenotype Ontology vermeldt deze als kenmerken van de zeldzame aandoeningen die GRXCR1 kan veroorzaken. Op de pagina van elk kenmerk staan de andere genen die ermee verband houden.
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- GenCC en ClinGen, uitgebracht in 2026-10-19: welke aandoeningen aan het gen zijn gekoppeld en hoe sterk die koppeling is.
- De ACMG-lijst met secundaire bevindingen, SF v3.2.
- ClinVar en de GIAB-stratificaties: bekende ziekteveroorzakende posities en de regio's die short reads moeilijk vinden.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
- De Human Phenotype Ontology, versie 2026-09-01: de kenmerken die aan het gen zijn gekoppeld. Meer informatie vindt u op hpo.jax.org.
- Gegevensrelease 2026.10.19-9814e911.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). GRXCR1-gen: glutaredoxin and cysteine rich domain containing 1. Geraadpleegd op 20 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/grxcr1
Dante Labs. GRXCR1-gen: glutaredoxin and cysteine rich domain containing 1 [Internet]. [geraadpleegd 20 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/grxcr1
AtlasEén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken