Gene
ASPH
aspartate beta-hydroxylase
- HGNC 757↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000198363↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 444↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 8q12.3
- Coordinate
- Cromosoma 8: 61.500.556–61.714.592 (GRCh38)
- Esoni
- 25 esoni su 214 kb
- Proteina
- 758 amminoacidi
- Noto anche come
- CASQ2BP1, BAH, JCTN, HAAH
- Trascritto MANE Select
- ENST00000379454.9NM_004318.4
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Nessun report del Genome Test legge ancora ASPH. Il test sequenzia l'intero genoma, quindi i suoi dati lo includono comunque.
Struttura di ASPH
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 5,3 kb dei 214 kb del gene; 2277 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di ASPH
2Facile
Quanto è difficile sequenziare ASPH con letture corte, su 100
0 · Easy100 · Hard
Almost all of ASPH's exons sit where short reads map cleanly.
What adds to it: the share of ASPH's exons in each kind of hard region
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere posizionate in modo univoco, quindi una chiamata in quella zona può risultare mancante o errata. Peso 35%.0%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità pari o superiore al 90%. Peso 30%.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e tratti di una sola base, su cui le letture tendono a scivolare e che potrebbero non essere coperte per intero. Peso 15%.3,1%
- Contenuto GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Peso 10%.15%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Peso 10%.0%
A Dante Labs score from our own research, built on NIST's Genome in a Bottle maps of hard-to-sequence regions.How it's scoredOgni barra indica la quota di basi degli esoni di ASPH in quel tipo di regione difficile. Il punteggio le pondera in base a quanto ciascuna incide su una chiamata con letture corte: 0 quando nessuna base ricade in una regione difficile, 100 quando ogni base ricade in tutte.
17
posizioni in ASPH in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di esse ricade in una regione in cui le letture corte incontrano difficoltà.
Un genoma intero copre tutti i 214 kb di ASPH, introni inclusi, e non solo i 5,3 kb di esoni.
ClinVar pathogenic variants (17)
The ASPH variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogena 5
- Patogena/probabilmente patogena 2
- Probabilmente patogena 10
| Variante | Conditions | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_004318.4(ASPH):c.2181_2183dup (p.Trp728Ter) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_004318.4(ASPH):c.1695C>A (p.Tyr565Ter) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_004318.4(ASPH):c.1910del (p.Asn637fs) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1782G>A (p.Trp594Ter) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1724G>A (p.Trp575Ter) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1552G>T (p.Gly518Ter) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1394del (p.Leu465fs) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.2203C>T (p.Arg735Trp) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1792C>T (p.Arg598Ter) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1764+1G>C (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1747del (p.Tyr583fs) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1726_1729dup (p.Thr577fs) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1680G>A (p.Trp560Ter) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1626G>A (p.Glu542=) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1171_1175del (p.Lys391fs) (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.1150-1G>A (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_004318.4(ASPH):c.653-1G>A (opens in a new tab) | facial dysmorphism-lens dislocation-anterior segment abnormalities-spontaneous filtering blebs syndrome | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
Tratti collegati a ASPH
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che ASPH può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.18-e609d43e.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene ASPH: aspartate beta-hydroxylase. Consultato il 18 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/asph
Dante Labs. Gene ASPH: aspartate beta-hydroxylase [Internet]. [citato il 18 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/asph
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