Gene
CYB5R3
cytochrome b5 reductase 3
- HGNC 2873↗(si apre in una nuova scheda)
- Gene Ensembl ENSG00000100243↗(si apre in una nuova scheda)
- NCBI Gene 1727↗(si apre in una nuova scheda)
Sintesi
- Localizzazione citogenetica
- 22q13.2
- Coordinate
- Cromosoma 22: 42.617.840–42.649.392 (GRCh38)
- Esoni
- 9 esoni su 31,6 kb
- Proteina
- 301 amminoacidi
- Noto anche come
- B5R
- Simboli precedenti
- DIA1
- Trascritto MANE Select
- ENST00000352397.10NM_000398.7
- Tipo di locus
- Codificanti per proteine
- Molto alta
- Buona
- Bassa
- Molto bassa
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Metaemoglobinemia ereditaria ed emoglobine instabili
- Metaemoglobinemia ereditaria
Livelli elevati di metaemoglobina fin dalla nascita, causati da varianti recessive in CYB5R3 o CYB5A oppure da varianti dominanti dell'emoglobina M nei geni delle globine; la deficienza di CYB5R3 di tipo II provoca anche gravi problemi di sviluppo.
- ClinGen valuta il legame come definitivo
- 3 submitter GenCC lo valutano come definitivo o forte
▶Azionabilità
Conoscere questa condizione aiuta a spiegare una cianosi inspiegata e a evitare farmaci che aumentano la metaemoglobina, come dapsone, benzocaina e nitriti; il blu di metilene tratta le forme enzimatiche ma non deve essere somministrato a persone con deficit di G6PD.
Struttura di CYB5R3
- Sequenza codificante
- Regione non tradotta
- Introne
- Direzione della trascrizione
- Siti noti causativi di malattia
- Regioni che le letture brevi faticano a leggere
Esoni del trascritto MANE Select del gene (versione v1.5), da NCBI ed EMBL-EBI, sul genoma di riferimento GRCh38.
Bande cromosomiche dall'ideogramma GRCh38 di UCSC (2022-10-29).
Geni vicini dalla release 116 di Ensembl, su GRCh38.
Gli esoni costituiscono 2,9 kb dei 31,6 kb del gene; 906 di queste basi codificano la proteina.
Sequenziamento di CYB5R3
20Moderato
Quanto è difficile sequenziare CYB5R3 con letture corte, su 100
0 · Facile100 · Difficile
Alcuni esoni di CYB5R3 si trovano in punti in cui le letture corte possono non rilevare o collocare in modo errato una variante.
A questo si aggiunge la quota degli esoni di CYB5R3 in ciascun tipo di regione difficile
- MappabilitàTratti in cui letture da 100 o 250 bp non possono essere collocate in modo univoco, quindi una chiamata in quel punto potrebbe mancare o essere errata. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 100.7,3%
- OmologiaDuplicazioni segmentali: copie altrove nel genoma, come paraloghi e pseudogeni, con identità del 90% o superiore. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Condiviso con chrYLe regioni pseudoautosomiche e la regione X-trasposta, dove chrX e chrY portano la stessa sequenza o una quasi identica, per cui una lettura proveniente da uno dei due può essere collocata sull'altro. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 60.0%
- Copertura del riferimentoLacune nell'assemblaggio di riferimento nelle vicinanze, dove non c'è sequenza a cui le letture possano allinearsi. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 50.0%
- RipetizioniRipetizioni in tandem e tratti di una sola base, su cui le letture scivolano e che potrebbero non coprire per intero. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 30.16%
- Contenuto di GCFinestre con meno del 25% o più del 65% di G e C, che la preparazione della libreria copre in modo scarso. Preso da solo, un gene interamente compreso in questo tipo di regione otterrebbe un punteggio di 20.47%
Un punteggio di Dante Labs basato su nostre ricerche, costruito sulle mappe Genome in a Bottle del NIST delle regioni difficili da sequenziare.Come viene calcolato il punteggioOgni barra indica la quota delle basi esoniche di CYB5R3 in quel tipo di regione difficile. Ciascun tipo può da solo rendere difficile un gene, e ogni tipo aggiuntivo incide sempre meno: 0 quando nessuna base ricade in alcuna regione, 100 quando ogni base si trova in un punto in cui le letture non possono essere collocate in modo univoco.
17
posizioni in CYB5R3 in cui ClinVar classifica una variante come patogena o probabilmente patogena
Nessuna di esse rientra in una regione che le letture corte faticano a sequenziare.
Un genoma intero copre tutti i 31,6 kb di CYB5R3, introni inclusi, e non solo i 2,9 kb di esoni.
ClinVar pathogenic variants (17)
The CYB5R3 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogena 8
- Patogena/probabilmente patogena 3
- Probabilmente patogena 6
| Variante | Conditions | Classificazione ClinVar | Stato di revisione |
|---|---|---|---|
| NM_000398.7(CYB5R3):c.464-2A>C (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.757G>A (p.Val253Met) (opens in a new tab) | hereditary methemoglobinemia and 1 other | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.574C>T (p.Arg192Cys) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.226+2T>C (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena/probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.806C>T (p.Pro269Leu) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Probabilmente patogena | ★★★★2 stelle su 4 criteri forniti, più sottomittenti, nessun conflitto |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.708G>A (p.Trp236Ter) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.478C>T (p.Arg160Ter) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.250C>T (p.Arg84Ter) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.244_245del (p.Ser82fs) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.226G>A (p.Gly76Ser) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.173G>C (p.Arg58Pro) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.82C>T (p.Gln28Ter) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.875G>A (p.Gly292Asp) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.763GAG[1] (p.Glu256del) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.547+1G>A (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.403C>T (p.Gln135Ter) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
| NM_000398.7(CYB5R3):c.274C>T (p.Arg92Trp) (opens in a new tab) | methemoglobinemia due to deficiency of methemoglobin reductase | Probabilmente patogena | ★★★★1 stella su 4 criteri forniti, singolo sottomittente |
Geni associati alle stesse condizioni
Tratti collegati a CYB5R3
L'Human Phenotype Ontology elenca questi come caratteristiche delle rare condizioni che CYB5R3 può causare. La pagina di ciascun tratto elenca gli altri geni ad esso collegati.
Link esterni
Schede genetiche
Trascritto
Proteina
Da dove provengono questi dati
- HGNC: il simbolo del gene, il nome, gli altri simboli e la posizione.
- MANE Select v1.5, da NCBI ed EMBL-EBI: il trascritto, i suoi esoni e la sequenza codificante.
- GenCC e ClinGen, rilasciati nel 2026-10-19: le condizioni a cui il gene è associato e il grado di associazione.
- L'elenco ACMG dei reperti secondari, SF v3.2.
- ClinVar e le stratificazioni GIAB: i siti noti che causano malattie e le regioni che le letture corte trovano difficili.
- Le stratificazioni del genoma Genome in a Bottle, da NIST: il punteggio di difficoltà di sequenziamento.
- The Human Phenotype Ontology, versione 2026-09-01: i tratti collegati al gene. Scopri di più su hpo.jax.org.
- Rilascio dei dati 2026.10.19-9814e911.
Cita questa pagina
Dante Labs. (s.d.). Gene CYB5R3: cytochrome b5 reductase 3. Consultato il 19 ottobre 2026, da https://dantelabs.com/it/genes/cyb5r3
Dante Labs. Gene CYB5R3: cytochrome b5 reductase 3 [Internet]. [citato il 19 ottobre 2026]. Disponibile da: https://dantelabs.com/it/genes/cyb5r3
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