Gen
SERPINA1
serpin family A member 1
- HGNC 8941↗(åbnes i en ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000197249↗(åbnes i en ny fane)
- NCBI Gene 5265↗(åbnes i en ny fane)
Oversigt
- Cytogenetisk placering
- 14q32.13
- Koordinater
- Kromosom 14: 94.376.747–94.388.602 (GRCh38)
- Exoner
- 5 exoner fordelt over 11,9 kb
- Protein
- 418 aminosyrer
- Også kendt som
- AAT, A1A, PI1, alpha-1-antitrypsin, A1AT, alpha1AT
- Tidligere symboler
- PI
- MANE Select-transkript
- ENST00000393087.9NM_000295.5
- Lokustype
- Proteinkodende
- Meget høj
- Sikker
- Lav
- Meget lav
Denne side som data
Tilføj .json til sidens adresse, eller bed om application/json, for at læse den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/serpina1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLæs SERPINA1 og resten af dit genom med én test.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger
Bestil min Genome TestKurateret rapport relevant for dette gen
Alfa-1-antitrypsinmangel
- Autosomal recessiv
En SERPINA1-relateret lidelse, der giver nedsat cirkulerende alfa-1-antitrypsin og øger risikoen for lungeemfysem og leversygdom.
- 3 GenCC-indsendere vurderer den som definitiv eller stærk
▶Handlingsrelevans
Intravenøs alfa-1-proteinasehæmmer-augmentationsbehandling (Pi*ZZ med luftvejsobstruktion); rygestop; undgåelse af lungetoksiske eksponeringer; levertransplantation ved terminal leversygdom; genterapi i kliniske forsøg
Sådan er SERPINA1 opbygget
- Kodende sekvens
- Utranslateret region
- Intron
- Transkriptionsretning
- Kendte sygdomsfremkaldende steder
- Regioner, som korte læsninger har svært ved
Eksoner i genets MANE Select-transkript (udgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referencegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSC's GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheden fra Ensembl-udgivelse 116, på GRCh38.
Eksoner udgør 3 kb af genets 11,9 kb; 1.257 af disse baser koder for proteinet.
Sekventering af SERPINA1
1Let
Hvor svær SERPINA1 er at sekventere med korte reads, ud af 100
0 · Let100 · Svær
Næsten alle eksonerne i SERPINA1 ligger, hvor korte reads kan kortlægges tydeligt.
Det, der lægger til: andelen af eksonerne i SERPINA1 i hver type svær region
- KortlægningsbarhedStrækninger, hvor reads på 100 eller 250 bp ikke kan placeres entydigt, så et kald dér kan mangle eller være forkert. Vægt 35 %.0 %
- HomologiSegmentale duplikationer: kopier andre steder i genomet, fx paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mere. Vægt 30 %.0 %
- GentagelserTandem-gentagelser og serier af én base, som reads glider på og måske ikke kan spænde over. Vægt 15 %.1,1 %
- GC-indholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dækker tyndt. Vægt 10 %.7,3 %
- ReferencedækningHuller i den nærliggende referencesamling, hvor der ikke findes nogen sekvens, som reads kan tilpasses til. Vægt 10 %.0 %
En Dante Labs-score baseret på vores egen forskning, bygget på NIST's Genome in a Bottle-kort over svært sekventerbare regioner.Sådan beregnes scorenHver søjle er andelen af eksonbaserne i SERPINA1 i den pågældende type svær region. Scoren vægter dem efter, hvor meget hver koster et kald med korte reads: 0, når ingen base ligger i nogen, 100, når alle baser ligger i alle.
54
positioner i SERPINA1, hvor ClinVar klassificerer en ændring som patogen eller sandsynligvis patogen
Ingen af dem falder i et område, som korte reads har svært ved at finde.
Et helt genom dækker alle 11,9 kb af SERPINA1, inklusive introner, og ikke kun de 3 kb eksoner.
ClinVar pathogenic variants (60)
The SERPINA1 variants ClinVar classifies pathogenic or likely pathogenic for any condition, reviewed by at least one submitter with criteria, and the most reviewed of them. It is ClinVar's public record of the gene, never a result.
- Patogen 29
- Patogen/sandsynligvis patogen 14
- Sandsynligvis patogen 17
| Variant | Conditions | ClinVar-klassifikation | Gennemgangsstatus |
|---|---|---|---|
| NM_001127701.1(SERPINA1):c.1178C>T (p.Pro393Leu) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1108_1115delinsAAAAACA (p.Glu370fs) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001127701.1(SERPINA1):c.863A>T (p.Glu288Val) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.847A>T (p.Lys283Ter) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001127701.1(SERPINA1):c.839A>T (p.Asp280Val) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.538C>T (p.Gln180Ter) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.221TCT[2] (p.Phe76del) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1226T>C (p.Met409Thr) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1178C>G (p.Pro393Arg) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1177C>T (p.Pro393Ser) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1158del (p.Glu387fs) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001127701.1(SERPINA1):c.1096G>A (p.Glu366Lys) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.866dup (p.Asn289fs) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.646+1G>T (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.552C>G (p.Tyr184Ter) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.480del (p.Lys160fs) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.475A>T (p.Lys159Ter) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001127701.1(SERPINA1):c.194T>C (p.Leu65Pro) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_001127701.1(SERPINA1):c.187C>T (p.Arg63Cys) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.82del (p.Gln28fs) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.-5+1G>A (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen/sandsynligvis patogen | ★★★★2 stjerner ud af 4 Kriterier angivet, flere indsendere, ingen konflikter |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1177C>A (p.Pro393Thr) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1158dup (p.Glu387fs) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1135del (p.Ala379fs) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
| NM_000295.5(SERPINA1):c.1130dup (p.Leu377fs) (opens in a new tab) | alpha 1-antitrypsin deficiency | Patogen | ★★★★1 stjerne ud af 4 Kriterier angivet, én indsender |
See all 60 with every other SERPINA1 variant in ClinVar → (opens in a new tab)
Træk knyttet til SERPINA1
Human Phenotype Ontology angiver disse som kendetegn ved de sjældne tilstande, SERPINA1 kan forårsage. Hvert træks side viser de andre gener, der er knyttet til det.
Eksterne links
Genposter
Transkript
Protein
Hvor det kommer fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og placering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, dets exoner og kodende sekvens.
- GenCC og ClinGen, udgivet 2026-10-17: hvilke tilstande genet er forbundet med, og hvor stærkt.
- ACMG-listen over sekundære fund, SF v3.2.
- ClinVar og GIAB-stratifikationerne: kendte sygdomsfremkaldende steder og de regioner, som korte læsninger har svært ved.
- Genome in a Bottle-genomstratifikationerne fra NIST: sekvenseringsvanskelighedsscoren.
- Human Phenotype Ontology, version 2026-09-01: de træk, der er knyttet til genet. Læs mere på hpo.jax.org.
- Dataudgivelse 2026.10.17-8666dff2.
Citér denne side
Dante Labs. (u.d.). SERPINA1-genet: serpin family A member 1. Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/da/genes/serpina1
Dante Labs. SERPINA1-genet: serpin family A member 1 [Internet]. [citeret 18. oktober 2026]. Tilgængelig fra: https://dantelabs.com/da/genes/serpina1
Én test. Svar for hele livet.
Fra 449 $Gratis forsendelse · Resultater på 6–8 uger