Introdução
No mundo da genómica, em rápida evolução, as tecnologias de sequenciação de leitura longa tornaram-se essenciais para a análise de regiões genómicas complexas, variações estruturais e transcritos completos. Duas das principais plataformas neste domínio são a Oxford Nanopore Technologies (ONT) e a Pacific Biosciences (PacBio). Ambas apresentam vantagens únicas e estão a moldar a forma como os investigadores abordam a sequenciação, mas como se comparam?
O que é o sequenciamento de leitura longa?
O sequenciamento de leitura longa refere-se a tecnologias capazes de ler fragmentos de ADN ou ARN com milhares ou mesmo milhões de bases numa única leitura. Isto permite uma melhor montagem do genoma, menos lacunas e uma melhor deteção de variantes estruturais, em comparação com os métodos de leitura curta.
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
Como funciona
A tecnologia ONT utiliza nanoporos incorporados numa membrana. À medida que as cadeias de ADN ou ARN passam pelo nanoporo, são medidas as variações na corrente elétrica para identificar cada base em tempo real.
Principais pontos fortes
- Transmissão de dados em tempo real
- Dispositivos portáteis (por exemplo, o MinION)
- Adaptável desde pequenos laboratórios até projetos à escala da população
- Leituras ultralongas (possíveis mais de 1 Mb)
- Atualizações constantes na área da química e do software
Casos de utilização
Ideal para sequenciação no terreno, deteção rápida de agentes patogénicos, metagenómica e projetos que exijam portabilidade ou análise de dados no local.
Pacific Biosciences (PacBio)
Como funciona
O sequenciamento SMRT (Single Molecule Real-Time) da PacBio utiliza guias de onda de modo zero para monitorizar a ADN polimerase à medida que esta sintetiza novo ADN, captando sinais fluorescentes provenientes de nucleótidos marcados.
Principais pontos fortes
- Elevada precisão com leituras HiFi (Q20+)
- Excelente para a identificação de variantes estruturais
- Forte apoio às montagens de novo
- Melhorias consistentes na capacidade de processamento e na velocidade
Casos de utilização
Ideal para montagens genómicas de referência, transcriptómica, epigenética e aplicações que exijam leituras de elevada precisão.
Comparação lado a lado
Qual deles deve escolher?
A resposta depende dos objetivos do seu projeto:
- Escolha a Oxford Nanopore se precisar de portabilidade, resultados em tempo real ou sequências ultralongas.
- Opte pela PacBio se a sua prioridade for uma precisão extremamente elevada e a deteção de variantes estruturais.
O nosso apoio na Dante Omics AI
Na Dante Omics AI, oferecemos suporte a ambas as plataformas e orientamos os clientes na escolha da melhor estratégia de sequenciação para as suas necessidades específicas. Quer esteja a trabalhar com genomas complexos, transcriptómica ou estudos à escala populacional, a nossa equipa de bioinformática garante uma interpretação precisa e resultados fiáveis.
Conclusão
A Oxford Nanopore e a PacBio revolucionaram, cada uma à sua maneira, o sequenciamento de leitura longa. Compreender os respetivos pontos fortes ajuda os investigadores e os médicos a tomar decisões informadas relativamente aos seus fluxos de trabalho genómicos.
Se precisar de ajuda para escolher a plataforma certa ou quiser conhecer os nossos serviços de sequenciação e interpretação de dados, contacte-nos hoje mesmo.
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