Inleiding
In de snel veranderende wereld van de genomica zijn sequencingtechnologieën voor lange reads onmisbaar geworden voor het in kaart brengen van complexe genomische regio’s, structurele variaties en transcripten in volledige lengte. Twee van de toonaangevende platforms op dit gebied zijn Oxford Nanopore Technologies (ONT) en Pacific Biosciences (PacBio). Beide hebben unieke voordelen en geven vorm aan de manier waarop onderzoekers sequencing benaderen, maar hoe verhouden ze zich tot elkaar?
Wat is long-read-sequencing?
Onder 'long-read sequencing' verstaan we technologieën waarmee DNA- of RNA-fragmenten met een lengte van duizenden of zelfs miljoenen basen in één enkele read kunnen worden gelezen. Dit maakt een betere genoomassemblage mogelijk, met minder hiaten en een verbeterde detectie van structurele varianten in vergelijking met short-read-methoden.
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
Hoe het werkt
ONT maakt gebruik van nanoporiën die in een membraan zijn ingebed. Terwijl DNA- of RNA-strengen door de nanoporie gaan, worden veranderingen in de elektrische stroom gemeten om elke base in realtime te identificeren.
Belangrijkste sterke punten
- Realtime gegevensstreaming
- Draagbare apparaten (bijv. MinION)
- Schaalbaar van kleine laboratoria tot projecten op bevolkingsniveau
- Ultralange reads (meer dan 1 Mb mogelijk)
- Voortdurende updates op het gebied van chemie en software
Toepassingsvoorbeelden
Ideaal voor sequentiebepaling in het veld, snelle detectie van ziekteverwekkers, metagenomica en projecten waarbij draagbaarheid of gegevensanalyse ter plaatse vereist is.
Pacific Biosciences (PacBio)
Hoe het werkt
De SMRT-sequencing (Single Molecule Real-Time) van PacBio maakt gebruik van zero-mode-golfgeleiders om het DNA-polymerase te volgen terwijl het nieuw DNA synthetiseert, waarbij fluorescerende signalen van gemerkte nucleotiden worden geregistreerd.
Belangrijkste sterke punten
- Hoge nauwkeurigheid met HiFi-metingen (Q20+)
- Uitstekend geschikt voor het identificeren van structurele varianten
- Grote steun voor de novo-assemblage
- Voortdurende verbeteringen in doorvoercapaciteit en snelheid
Toepassingsvoorbeelden
Uitermate geschikt voor genoomassemblages van referentiekwaliteit, transcriptomica, epigenetica en toepassingen waarbij uiterst nauwkeurige reads vereist zijn.
Vergelijking naast elkaar
Welke moet je kiezen?
Het antwoord hangt af van de doelstellingen van je project:
- Kies voor Oxford Nanopore als u op zoek bent naar draagbaarheid, realtime resultaten of ultralange reads.
- Kies voor PacBio als u de hoogste prioriteit geeft aan een uiterst hoge nauwkeurigheid en het opsporen van structurele varianten.
Onze ondersteuning bij Dante Omics AI
Bij Dante Omics AI ondersteunen we beide platforms en begeleiden we klanten bij het kiezen van de beste sequentiestrategie voor hun specifieke behoeften. Of u nu werkt aan complexe genomen, transcriptomica of populatiestudies, ons bio-informaticateam zorgt voor een nauwkeurige interpretatie en betrouwbare resultaten.
Conclusie
Oxford Nanopore en PacBio hebben elk op hun eigen manier een revolutie teweeggebracht in de sequencing van lange sequenties. Inzicht in hun respectieve sterke punten helpt onderzoekers en clinici om weloverwogen beslissingen te nemen voor hun genomische workflows.
Als u hulp nodig hebt bij het kiezen van het juiste platform of als u meer wilt weten over onze diensten op het gebied van sequentiebepaling en gegevensinterpretatie, neem dan vandaag nog contact met ons op.
Ontvang nieuwe berichten van Dante Labs
Inzichten op het gebied van genomica, productupdates en klinische perspectieven — rechtstreeks in uw inbox.
