Introduction
Dans le monde en constante évolution de la génomique, les technologies de séquençage à longues lectures sont devenues essentielles pour analyser les régions génomiques complexes, les variations structurelles et les transcrits complets. Oxford Nanopore Technologies (ONT) et Pacific Biosciences (PacBio) comptent parmi les principales plateformes dans ce domaine. Toutes deux présentent des avantages uniques et transforment la manière dont les chercheurs abordent le séquençage, mais comment se comparent-elles ?
Qu’est-ce que le séquençage à longues lectures ?
Le séquençage à lectures longues désigne des technologies capables de lire, en une seule fois, des fragments d’ADN ou d’ARN longs de plusieurs milliers, voire de plusieurs millions de bases. Par rapport aux méthodes de séquençage à lectures courtes, il permet un meilleur assemblage du génome, avec moins de lacunes, ainsi qu’une détection plus précise des variants structuraux.
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
Comment ça marche
ONT utilise des nanopores intégrés dans une membrane. Lorsque des brins d’ADN ou d’ARN traversent le nanopore, les variations du courant électrique sont mesurées afin d’identifier chaque base en temps réel.
Principaux atouts
- Diffusion des données en temps réel
- Appareils portables (p. ex., MinION)
- Évolutif, des petits laboratoires aux projets à l’échelle d’une population
- Lectures ultra-longues (plus de 1 Mb possibles)
- Mises à jour constantes de la chimie et des logiciels
Cas d’usage
Idéal pour le séquençage sur le terrain, la détection rapide d’agents pathogènes, la métagénomique et les projets nécessitant une solution portable ou une analyse des données sur site.
Pacific Biosciences (PacBio)
Comment ça marche
Le séquençage SMRT (Single Molecule Real-Time) de PacBio utilise des guides d’ondes à mode zéro pour suivre l’ADN polymérase pendant qu’elle synthétise un nouvel ADN, en captant les signaux fluorescents émis par des nucléotides marqués.
Principaux atouts
- Haute précision grâce aux lectures HiFi (Q20+)
- Excellent pour la détection des variants structuraux
- Prise en charge robuste des assemblages de novo
- Améliorations constantes du débit et de la vitesse
Cas d’usage
Idéal pour les assemblages de génomes de qualité référence, la transcriptomique, l’épigénétique et les applications nécessitant des lectures de très haute précision.
Comparaison côte à côte
Lequel choisir ?
La réponse dépend des objectifs de votre projet :
- Choisissez Oxford Nanopore si vous avez besoin d’une solution portable, de résultats en temps réel ou de lectures ultra-longues.
- Choisissez PacBio si votre priorité est une précision extrêmement élevée et la détection des variants structuraux.
Notre assistance chez Dante Omics AI
Chez Dante Omics AI, nous prenons en charge les deux plateformes et aidons nos clients à choisir la stratégie de séquençage la mieux adaptée à leurs besoins spécifiques. Que vous travailliez sur des génomes complexes, la transcriptomique ou des études à l’échelle de populations, notre équipe de bio-informatique garantit une interprétation précise et des résultats robustes.
Conclusion
Oxford Nanopore et PacBio ont chacune révolutionné à leur manière le séquençage à longues lectures. Comprendre leurs atouts respectifs aide les chercheurs et les professionnels de santé à prendre des décisions éclairées concernant leurs processus de travail en génomique.
Si vous avez besoin d’aide pour choisir la plateforme adaptée ou souhaitez découvrir nos services de séquençage et d’interprétation des données, contactez-nous dès aujourd’hui.