Oxford Nanopore kontra PacBio: nowa era sekwencjonowania długich fragmentów

Wprowadzenie

W szybko zmieniającym się świecie genomiki technologie sekwencjonowania długich odczytów stały się niezbędne do analizy złożonych regionów genomowych, wariacji strukturalnych oraz transkryptów o pełnej długości. Dwie wiodące platformy w tej dziedzinie to Oxford Nanopore Technologies (ONT) oraz Pacific Biosciences (PacBio). Obie mają swoje unikalne zalety i kształtują sposób, w jaki naukowcy podchodzą do sekwencjonowania, ale jak wypadają w porównaniu?

Czym jest sekwencjonowanie długich fragmentów?

Sekwencjonowanie długich odczytów odnosi się do technologii umożliwiających odczyt fragmentów DNA lub RNA o długości tysięcy, a nawet milionów zasad w ramach pojedynczego odczytu. Pozwala to na dokładniejsze złożenie genomu, zmniejszenie liczby luk oraz lepsze wykrywanie wariantów strukturalnych w porównaniu z metodami opartymi na krótkich odczytach.

Oxford Nanopore Technologies (ONT)

Jak to działa

Technologia ONT wykorzystuje nanopory osadzone w membranie. Gdy nici DNA lub RNA przechodzą przez nanoporę, mierzone są zmiany natężenia prądu elektrycznego, co pozwala na identyfikację poszczególnych zasad w czasie rzeczywistym.

Główne atuty

• Przesyłanie danych w czasie rzeczywistym
• Urządzenia przenośne (np. MinION)
• Możliwość skalowania od małych laboratoriów po projekty obejmujące całą populację
• Bardzo długie sekwencje (możliwe nawet powyżej 1 Mb)
• Ciągłe aktualizacje w zakresie chemii i oprogramowania

Przykłady zastosowań

Idealnie nadaje się do sekwencjonowania w terenie, szybkiego wykrywania patogenów, metagenomiki oraz projektów wymagających przenośności lub analizy danych na miejscu.

Pacific Biosciences (PacBio)

Jak to działa

Technologia sekwencjonowania SMRT (Single Molecule Real-Time) firmy PacBio wykorzystuje falowody typu zero-mode do monitorowania polimerazy DNA podczas syntezy nowego DNA, rejestrując sygnały fluorescencyjne pochodzące z znakowanych nukleotydów.

Główne atuty

• Wysoka dokładność dzięki odczytom HiFi (Q20+)
• Doskonałe narzędzie do wykrywania wariantów strukturalnych
• Silne wsparcie dla montażu de novo
• Stały wzrost przepustowości i szybkości

Przykłady zastosowań

Doskonale nadaje się do tworzenia asamblii genomów o jakości referencyjnej, transkryptomiki, epigenetyki oraz zastosowań wymagających bardzo dokładnych odczytów.

Porównanie obok siebie

Który z nich wybrać?

Odpowiedź zależy od celów Twojego projektu:

• Wybierz Oxford Nanopore, jeśli zależy Ci na przenośności, wynikach w czasie rzeczywistym lub bardzo długich sekwencjach.
• Wybierz PacBio, jeśli priorytetem jest dla Ciebie wyjątkowo wysoka dokładność oraz wykrywanie wariantów strukturalnych.

Nasze wsparcie w firmie Dante Omics AI

W Dante Omics AI obsługujemy obie platformy i pomagamy klientom w wyborze najlepszej strategii sekwencjonowania dostosowanej do ich indywidualnych potrzeb. Niezależnie od tego, czy zajmujesz się złożonymi genomami, transkryptomiką, czy badaniami na skalę populacyjną, nasz zespół bioinformatyków zapewnia dokładną interpretację danych i rzetelne wyniki.

Wnioski

Firmy Oxford Nanopore i PacBio na różne sposoby zrewolucjonizowały sekwencjonowanie długich fragmentów. Zrozumienie mocnych stron obu tych technologii pomaga naukowcom i klinicystom w podejmowaniu świadomych decyzji dotyczących procesów analizy genomowej.

Jeśli potrzebujesz pomocy w wyborze odpowiedniej platformy lub chcesz zapoznać się z naszymi usługami w zakresie sekwencjonowania i interpretacji danych, skontaktuj się z nami już dziś.