Introducción
En el mundo de la genómica, que evoluciona a gran velocidad, las tecnologías de secuenciación de lecturas largas se han vuelto esenciales para analizar regiones genómicas complejas, variaciones estructurales y transcritos de longitud completa. Dos de las plataformas líderes en este ámbito son Oxford Nanopore Technologies (ONT) y Pacific Biosciences (PacBio). Ambas ofrecen ventajas únicas y están transformando la forma en que los investigadores abordan la secuenciación, pero ¿cómo se comparan?
¿Qué es la secuenciación de lecturas largas?
La secuenciación de lecturas largas engloba tecnologías capaces de leer, en una sola lectura, fragmentos de ADN o ARN de miles o incluso millones de bases de longitud. Esto permite ensamblar mejor el genoma, reducir el número de lagunas y mejorar la detección de variantes estructurales en comparación con los métodos de lecturas cortas.
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
Cómo funciona
ONT utiliza nanoporos integrados en una membrana. A medida que las cadenas de ADN o ARN atraviesan el nanoporo, se miden los cambios en la corriente eléctrica para identificar cada base en tiempo real.
Principales ventajas
- Transmisión de datos en tiempo real
- Dispositivos portátiles (p. ej., MinION)
- Escalable desde pequeños laboratorios hasta proyectos a escala poblacional
- Lecturas ultralargas (de más de 1 Mb)
- Actualizaciones constantes de la química y el software
Casos de uso
Ideal para la secuenciación sobre el terreno, la detección rápida de patógenos, la metagenómica y los proyectos que requieren portabilidad o análisis de datos in situ.
Pacific Biosciences (PacBio)
Cómo funciona
La secuenciación SMRT (Single Molecule Real-Time) de PacBio utiliza guías de ondas de modo cero para monitorizar la ADN polimerasa mientras sintetiza ADN nuevo, captando las señales fluorescentes de los nucleótidos marcados.
Principales ventajas
- Alta precisión con lecturas HiFi (Q20+)
- Excelente para la detección de variantes estructurales
- Gran compatibilidad con ensamblajes de novo
- Mejoras constantes en el rendimiento y la velocidad
Casos de uso
Ideal para ensamblajes de genomas con calidad de referencia, transcriptómica, epigenética y aplicaciones que requieren lecturas de alta precisión.
Comparación lado a lado
¿Cuál debería elegir?
La respuesta depende de los objetivos de su proyecto:
- Elija Oxford Nanopore si necesita portabilidad, resultados en tiempo real o lecturas ultralargas.
- Elija PacBio si su prioridad es una precisión extremadamente alta y la detección de variantes estructurales.
Nuestro soporte en Dante Omics AI
En Dante Omics AI, ofrecemos soporte para ambas plataformas y orientamos a nuestros clientes para que elijan la estrategia de secuenciación que mejor se adapte a sus necesidades específicas. Tanto si trabaja con genomas complejos como en transcriptómica o en estudios a escala poblacional, nuestro equipo de bioinformática garantiza una interpretación precisa y resultados sólidos.
Conclusión
Oxford Nanopore y PacBio han revolucionado, cada una a su manera, la secuenciación de lecturas largas. Conocer las fortalezas de cada tecnología ayuda a investigadores y profesionales clínicos a tomar decisiones fundamentadas sobre sus flujos de trabajo genómicos.
Si necesita ayuda para elegir la plataforma adecuada o desea conocer nuestros servicios de secuenciación e interpretación de datos, póngase en contacto con nosotros hoy mismo.