Oxford Nanopore kontra PacBio: en ny era inom sekvensering med långa läslängder

Inledning

Inom den snabbt föränderliga världen av genomik har sekvenseringstekniker med långa läslängder blivit oumbärliga för att kartlägga komplexa genomregioner, strukturella variationer och transkript i full längd. Två av de ledande plattformarna på detta område är Oxford Nanopore Technologies (ONT) och Pacific Biosciences (PacBio). Båda har unika fördelar och påverkar hur forskare arbetar med sekvensering, men hur står de sig i jämförelse med varandra?

Vad är sekvensering av långa sekvenser?

Med sekvensering av långa läsningar avses tekniker som kan avläsa DNA- eller RNA-fragment som är tusentals eller till och med miljoner baser långa i en enda läsning. Detta möjliggör en bättre genomsammanställning, färre luckor och förbättrad detektering av strukturella varianter jämfört med metoder som bygger på korta läsningar.

Oxford Nanopore Technologies (ONT)

Så här fungerar det

ONT använder nanoporer som är inbäddade i ett membran. När DNA- eller RNA-strängar passerar genom nanoporen mäts förändringar i den elektriska strömmen för att identifiera varje bas i realtid.

Viktiga styrkor

• Dataströmning i realtid
• Bärbara enheter (t.ex. MinION)
• Skalbart från små laboratorier till projekt på befolkningsnivå
• Extremt långa sekvenser (upp till över 1 Mb möjligt)
• Löpande uppdateringar av kemiska data och programvara

Användningsfall

Perfekt för sekvensering i fält, snabb påvisning av patogener, metagenomik och projekt som kräver bärbarhet eller dataanalys på plats.

Pacific Biosciences (PacBio)

Så här fungerar det

PacBios SMRT-sekvensering (Single Molecule Real-Time) använder nollmodsvågledare för att övervaka DNA-polymeraset medan det syntetiserar nytt DNA, och registrerar samtidigt fluorescerande signaler från märkta nukleotider.

Viktiga styrkor

• Hög noggrannhet med HiFi-avläsningar (Q20+)
• Utmärkt för identifiering av strukturella varianter
• Starkt stöd för de novo-sammanställningar
• Kontinuerliga förbättringar av genomströmning och hastighet

Användningsfall

Perfekt för genomsekvenseringar av referenskvalitet, transkriptomik, epigenetik och tillämpningar som kräver mycket exakta avläsningar.

Jämförelse sida vid sida

Vilken ska du välja?

Svaret beror på målen för ditt projekt:

• Välj Oxford Nanopore om du behöver bärbarhet, resultat i realtid eller extremt långa sekvenser.
• Välj PacBio om du lägger störst vikt vid extremt hög noggrannhet och detektering av strukturella varianter.

Vår support hos Dante Omics AI

På Dante Omics AI erbjuder vi stöd för båda plattformarna och hjälper kunderna att välja den bästa sekvenseringsstrategin utifrån deras specifika behov. Oavsett om du arbetar med komplexa genom, transkriptomik eller populationsstudier säkerställer vårt bioinformatikteam en korrekt tolkning och tillförlitliga resultat.

Slutsats

Oxford Nanopore och PacBio har båda revolutionerat sekvensering med långa läslängder på olika sätt. Att förstå deras respektive styrkor hjälper forskare och kliniker att fatta välgrundade beslut när det gäller sina genomiska arbetsflöden.

Om du behöver hjälp med att välja rätt plattform eller vill lära dig mer om våra tjänster inom sekvensering och datatolkning, kontakta oss redan idag.