Úvod
V rychle se vyvíjejícím světě genomiky se technologie sekvenování s dlouhými čteními staly nepostradatelnými pro rozlišení složitých genomových oblastí, strukturálních variací a transkriptů v plné délce. Dvěma předními platformami v této oblasti jsou Oxford Nanopore Technologies (ONT) a Pacific Biosciences (PacBio). Obě mají své jedinečné výhody a ovlivňují způsob, jakým výzkumníci přistupují k sekvenování, ale jak si vedou v přímém srovnání?
Co je sekvenování dlouhých úseků?
Sekvenování s dlouhými čteními označuje technologie, které jsou schopné načíst fragmenty DNA nebo RNA o délce tisíců či dokonce milionů bází v jediném čtení. To umožňuje lepší sestavení genomu, méně mezer a lepší detekci strukturálních variant ve srovnání s metodami s krátkými čteními.
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
Jak to funguje
Technologie ONT využívá nanopóry zabudované do membrány. Jak řetězce DNA nebo RNA procházejí nanopórem, měří se změny elektrického proudu, na jejichž základě se v reálném čase identifikuje každá báze.
Hlavní přednosti
- Přenos dat v reálném čase
- Přenosná zařízení (např. MinION)
- Škálovatelné od malých laboratoří až po projekty na úrovni populace
- Extrémně dlouhé sekvence (možné i přes 1 Mb)
- Neustálé aktualizace v oblasti chemie a softwaru
Případy použití
Ideální pro sekvenování v terénu, rychlou detekci patogenů, metagenomiku a projekty vyžadující přenosnost nebo analýzu dat přímo na místě.
Pacific Biosciences (PacBio)
Jak to funguje
Sekvenování SMRT (Single Molecule Real-Time) společnosti PacBio využívá vlnovody typu „zero-mode“ ke sledování DNA polymerázy při syntéze nové DNA a zachycuje fluorescenční signály ze značených nukleotidů.
Hlavní přednosti
- Vysoká přesnost při čtení HiFi (Q20+)
- Vynikající pro identifikaci strukturálních variant
- Silná podpora pro sestavování de novo
- Trvalé zlepšování propustnosti a rychlosti
Případy použití
Skvělé pro referenční sestavení genomů, transkriptomiku, epigenetiku a aplikace vyžadující vysoce přesné sekvenční údaje.
Porovnání vedle sebe
Který z nich si vybrat?
Odpověď závisí na cílech vašeho projektu:
- Zvolte technologii Oxford Nanopore, pokud potřebujete přenosnost, výsledky v reálném čase nebo mimořádně dlouhé sekvence.
- Zvolte PacBio, pokud je vaší prioritou mimořádně vysoká přesnost a detekce strukturálních variant.
Naše podpora ve společnosti Dante Omics AI
Ve společnosti Dante Omics AI podporujeme obě platformy a pomáháme klientům zvolit nejlepší strategii sekvenování s ohledem na jejich konkrétní potřeby. Ať už se zabýváte komplexními genomy, transkriptomikou nebo studiemi na populační úrovni, náš bioinformatický tým zajistí přesnou interpretaci a spolehlivé výsledky.
Závěr
Společnosti Oxford Nanopore a PacBio každá svým způsobem přinesla revoluci v sekvenování dlouhých úseků. Pochopení jejich příslušných předností pomáhá výzkumníkům a klinickým lékařům činit informovaná rozhodnutí ohledně jejich genomických pracovních postupů.
Pokud potřebujete pomoc s výběrem vhodné platformy nebo se chcete seznámit s našimi službami v oblasti sekvenování a interpretace dat, kontaktujte nás ještě dnes.
Sledujte nové příspěvky od Dante Labs
Informace z oblasti genomiky, novinky o produktech a klinické pohledy – přímo do vaší e-mailové schránky.
