Gen
COLEC10
collectin subfamily member 10
- HGNC 2220↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000184374↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 10584↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 8q24.12
- Koordinater
- Kromosom 8: 119 067 247–119 108 455 (GRCh38)
- Eksoner
- 6 eksoner over 41,2 kb
- Protein
- 277 aminosyrer
- Også kjent som
- CL-L1, CL-10
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000332843.3NM_006438.5
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/colec10.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes COLEC10 og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ingen Genome Test-rapport leser COLEC10 ennå. Testen sekvenserer hele genomet ditt, så dataene dine inkluderer det likevel.
Slik er COLEC10 bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Kjente sykdomsfremkallende posisjoner
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 3,1 kb av genets 41,2 kb, og 834 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av COLEC10
0Lav
Hvor vanskelig COLEC10 er å sekvensere med korte leser, av 100Hver stolpe er andelen av COLEC10s eksonbaser i den typen vanskelige regioner. Poengsummen vekter dem etter hvor mye hver enkelt koster for et kortlest-kall: 0 når ingen base er i noen, 100 når hver base er i alle.
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, så et kall der kan mangle eller være feil. Vekt 35 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 30 %.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Vekt 15 %.2 %
- GC-innholdVinduer under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksforberedelsen dekker tynt. Vekt 10 %.0 %
- ReferansedekningHull i referansesammenstillingen i nærheten, der det ikke finnes noen sekvens som leser kan justeres mot. Vekt 10 %.0 %
2
posisjoner i COLEC10 der ClinVar klassifiserer en endring som patogen eller sannsynligvis patogen
Ingen av dem faller i et område som korte leser har vanskelig for å lese.
Et helt genom dekker alle 41,2 kb av COLEC10, inkludert introner, og ikke bare de 3,1 kb med eksoner.
Egenskaper knyttet til COLEC10
The Human Phenotype Ontology lister disse som kjennetegn ved de sjeldne tilstandene COLEC10 kan forårsake. Hver egenskaps side viser de andre genene som er knyttet til den.
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- ClinVar og GIAB-stratifiseringene: kjente sykdomsfremkallende steder, og regionene som korte leser finner vanskelige.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
- The Human Phenotype Ontology, versjon 2026-09-01: egenskapene knyttet til genet. Les mer på hpo.jax.org.
- Datautgave 2026.10.17-8666dff2.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). COLEC10-genet: collectin subfamily member 10. Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/colec10
Dante Labs. COLEC10-genet: collectin subfamily member 10 [Internett]. [sitert 18. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/colec10
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker