Ga naar de inhoud
Gebruik uw HSA- of FSA-tegoed
Laat uw genoom in kaart brengen (opent in een nieuw tabblad)

Gen

SMIM40

small integral membrane protein 40

Samenvatting

Cytogenetische locatie
6p21.32
Coördinaten
Chromosoom 6: 33.323.628–33.329.279 (GRCh38)
Exons
3 exons over 5,7 kb
Eiwit
79 aminozuren
MANE Select-transcript
ENST00000494082.3NM_001369203.1
Type locus
Eiwitcoderend
  • Zeer hoog
  • Betrouwbaar
  • Laag
  • Zeer laag

Gecureerde rapporten over dit gen

Geen enkel Genome Test-rapport leest SMIM40 nog. De test leest uw volledige genoom uit, dus uw gegevens bevatten het toch.

Opbouw van SMIM40

  • Coderende sequentie
  • Niet-vertaald gebied
  • Intron
  • Richting van transcriptie
  • Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Chromosoom 6, met een haakje waar SMIM40 zich bevindt. SMIM40 en 38 genen in de buurt op chromosoom 6, van 32.826.454 tot 33.826.453.Chromosoom 66p21.32p25.3p25.2p25.1p24.3p24.2p24.1p23p22.3p22.2p22.1p21.33p21.32p21.31p21.2p21.1p12.3p12.2p12.1p11.2p11.1q11.1q11.2q12q13q14.1q14.2q14.3q15q16.1q16.2q16.3q21q22.1q22.2q22.31q22.32q22.33q23.1q23.2q23.3q24.1q24.2q24.3q25.1q25.2q25.3q26q2733 Mb33,2 Mb33,4 Mb33,6 Mb33,8 Mb: 32.813.767–32.838.822, omgekeerde-strengTAP2: 32.821.833–32.838.802, omgekeerde-strengTAP2PSMB8: 32.840.717–32.844.679, omgekeerde-strengPSMB8PSMB9: 32.844.136–32.882.881, voorwaartse-strengPSMB9TAP1: 32.845.204–32.854.026, omgekeerde-strengTAP1HLA-DMB: 32.929.338–32.941.490, omgekeerde-strengHLA-DMB: 32.937.364–32.953.122, omgekeerde-strengHLA-DMA: 32.948.613–32.969.094, omgekeerde-strengHLA-DMABRD2: 32.968.564–32.981.505, voorwaartse-strengBRD2HLA-DOA: 33.004.178–33.009.617, omgekeerde-strengHLA-DOAHLA-DPA1: 33.064.569–33.080.781, omgekeerde-strengHLA-DPA1HLA-DPB1: 33.073.786–33.091.655, voorwaartse-strengHLA-DPB1COL11A2: 33.162.681–33.192.802, omgekeerde-strengRXRB: 33.193.585–33.200.693, omgekeerde-strengRXRBSLC39A7: 33.200.305–33.204.439, voorwaartse-strengSLC39A7HSD17B8: 33.204.631–33.206.831, voorwaartse-strengHSD17B8RING1: 33.208.033–33.212.722, voorwaartse-strengRING1VPS52: 33.250.272–33.272.047, omgekeerde-strengVPS52RPS18: 33.271.730–33.276.513, voorwaartse-strengB3GALT4: 33.277.123–33.284.832, voorwaartse-strengWDR46: 33.279.103–33.289.523, omgekeerde-strengPFDN6: 33.288.680–33.298.441, voorwaartse-strengRGL2: 33.291.180–33.299.534, omgekeerde-strengTAPBP: 33.299.694–33.314.284, omgekeerde-strengZBTB22: 33.314.406–33.318.021, omgekeerde-strengZBTB22DAXX: 33.318.558–33.323.259, omgekeerde-strengDAXX: 33.321.386–33.329.286, omgekeerde-strengSMIM40: 33.323.628–33.329.279, omgekeerde-strengSMIM40KIFC1: 33.391.429–33.410.441, voorwaartse-strengKIFC1PHF1: 33.410.360–33.416.453, voorwaartse-strengPHF1CUTA: 33.416.442–33.418.381, omgekeerde-strengCUTASYNGAP1: 33.419.661–33.453.689, voorwaartse-strengSYNGAP1ZBTB9: 33.453.970–33.457.544, voorwaartse-strengZBTB9BAK1: 33.568.791–33.580.305, omgekeerde-strengBAK1ITPR3: 33.620.331–33.696.575, voorwaartse-strengITPR3UQCC2: 33.690.635–33.711.748, omgekeerde-strengUQCC2IP6K3: 33.721.314–33.750.520, omgekeerde-strengIP6K3LEMD2: 33.771.202–33.789.173, omgekeerde-strengLEMD2MLN: 33.794.673–33.804.006, omgekeerde-strengMLNDiagram van SMIM40: 3 exons op de omgekeerde streng van chromosoom 6Exon 3: 33.323.628–33.323.864, 237 basenExon 2: 33.323.971–33.324.030, 60 basenExon 1: 33.328.987–33.329.279, 293 basen3215′3′

Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.

Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).

Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.

Exonen vormen 0,6 kb van de 5,7 kb van het gen; 240 van die basen coderen voor het eiwit.

Sequencing SMIM40

0Makkelijk

Hoe moeilijk SMIM40 is om met korte reads te sequencen, op een schaal van 100

Bijna alle exonen van SMIM40 liggen op plaatsen waar korte reads schoon in kaart worden gebracht.

Wat er nog bij komt: het aandeel van de exonen van SMIM40 in elk soort moeilijke regio

  • Mappability0%
  • Homologie0%
  • Herhalingen0%
  • GC-gehalte0%
  • Referentiedekking0%

Een score van Dante Labs op basis van ons eigen onderzoek, gebouwd op de Genome in a Bottle-kaarten van NIST met moeilijk te sequencen regio's.Hoe de score wordt berekend

Externe links

Waar dit vandaan komt

  • HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
  • MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
  • De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.

Deze pagina citeren

APA

Dante Labs. (z.d.). SMIM40-gen: small integral membrane protein 40. Geraadpleegd op 18 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/smim40

Vancouver

Dante Labs. SMIM40-gen: small integral membrane protein 40 [Internet]. [geraadpleegd 18 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/smim40

Eén test. Een leven lang antwoorden.

Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken

Mijn Genome Test bestellen