Gen
HLA-DOA
major histocompatibility complex, class II, DO alpha
- HGNC 4936↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000204252↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 3111↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 6p21.32
- Coördinaten
- Chromosoom 6: 33.004.182–33.009.591 (GRCh38)
- Exons
- 5 exons over 5,4 kb
- Eiwit
- 250 aminozuren
- Ook bekend als
- HLA-D0-alpha
- Eerdere symbolen
- HLA-DZA, HLA-DNA
- MANE Select-transcript
- ENST00000229829.7NM_002119.4
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
Deze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/hla-doa.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees HLA-DOA en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerde rapporten over dit gen
Geen enkel Genome Test-rapport leest HLA-DOA nog. De test leest uw volledige genoom uit, dus uw gegevens bevatten het toch.
Opbouw van HLA-DOA
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 3,5 kb van de 5,4 kb van het gen; 753 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van HLA-DOA
1Laag
Hoe moeilijk HLA-DOA met korte reads te sequencen is, op een schaal van 100Elke balk is het aandeel van de exonbasen van HLA-DOA in dat type moeilijke regio. De score weegt deze naar hoeveel elk een short-read-call kost: 0 wanneer geen enkele base in een van deze regio's valt, 100 wanneer elke base in alle regio's valt.
- MappabilityStukken waar reads van 100 of 250 bp niet uniek geplaatst kunnen worden, waardoor een call daar kan ontbreken of onjuist kan zijn. Gewicht 35%.0%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Gewicht 30%.0%
- HerhalingenTandemherhalingen en reeksen van één base, waarop reads kunnen schuiven en die ze mogelijk niet overbruggen. Gewicht 15%.2,8%
- GC-gehalteVensters onder 25% of boven 65% G en C, die de bibliotheekvoorbereiding slechts dun dekt. Gewicht 10%.3,8%
- ReferentiedekkingGaten in de nabijgelegen referentieassemblage, waar geen sequentie is waarop reads kunnen worden uitgelijnd. Gewicht 10%.0%
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). HLA-DOA-gen: major histocompatibility complex, class II, DO alpha. Geraadpleegd op 17 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/hla-doa
Dante Labs. HLA-DOA-gen: major histocompatibility complex, class II, DO alpha [Internet]. [geraadpleegd 17 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/hla-doa
Eén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken