Sottoposto a revisione paritaria · PNAS Nexus · 2022
The genomic prehistory of the Indigenous peoples of Uruguay
Questo studio presenta le prime sequenze dell'intero genoma di popolazioni indigene dell'Uruguay vissute prima del contatto con gli europei, provenienti da un sito archeologico di 2.000 anni fa nell'Uruguay orientale. Gli individui erano geneticamente correlati a individui antichi di Panama e del Brasile orientale, ma non alle popolazioni amazzoniche moderne, e presentavano una componente ancestrale distinta, mai rilevata prima in Sud America.
Lindo et al.
Questo studio presenta le prime sequenze dell'intero genoma di popolazioni indigene dell'Uruguay vissute prima del contatto con gli europei, provenienti da un sito archeologico di 2.000 anni fa nell'Uruguay orientale. Gli individui erano geneticamente correlati a individui antichi di Panama e del Brasile orientale, ma non alle popolazioni amazzoniche moderne, e presentavano una componente ancestrale distinta, mai rilevata prima in Sud America.
Il coinvolgimento di Dante Labs
Dante Labs ha eseguito il sequenziamento profondo per questo studio. I campioni selezionati per il sequenziamento profondo sono stati analizzati sulla nostra piattaforma Illumina NovaSeq 6000 presso la nostra struttura a L'Aquila, in Italia; tra questi vi erano librerie trattate con l'enzima USER per contribuire a compensare i danni al DNA.
L’estrazione e la preparazione delle librerie sono state eseguite dal gruppo di ricerca del laboratorio Lindo Ancient DNA della Emory University, utilizzando il protocollo Dabney e il kit NEB Ultra II DNA Library Prep per Illumina, con modifiche specifiche per il DNA antico; lo screening preliminare del DNA endogeno è stato effettuato su una piattaforma Illumina iSeq 100 presso il Lindo Lab. Il contributo di Dante Labs è consistito nel sequenziamento profondo delle librerie selezionate.
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