Siirry sisältöön
Käytä HSA- tai FSA-varojasi
Sekvensoi genomisi (avautuu uuteen välilehteen)

Geeni

SPATA31H1

SPATA31 subfamily H member 1

Yhteenveto

Sytogeneettinen sijainti
2p23.3
Koordinaatit
Kromosomi 2: 27 537 386–27 582 722 (GRCh38)
Eksonit
5 eksonia 45,3 kb:n alueella
Proteiini
5 388 aminohappoa
Tunnetaan myös nimellä
DKFZp434G118
Aiemmat symbolit
C2orf16
MANE Select -transkripti
ENST00000447166.3NM_032266.5
Lokustyyppi
Proteiinia koodaava
  • Erittäin korkea
  • Varma
  • Matala
  • Erittäin matala

Tähän geeniin liittyviä kuratoituja raportteja

Mikään Genome Test -raportti ei vielä lue geeniä SPATA31H1. Testi sekvensoi koko genomisi, joten tiedoissasi on se silti.

SPATA31H1-geenin rakenne

  • Koodaava jakso
  • Translatoimaton alue
  • Intron
  • Transkription suunta
  • Alueet, joita lyhyillä lukemilla on vaikea lukea
Kromosomi 2, jossa hakasulke osoittaa SPATA31H1-geenin sijainnin. SPATA31H1 ja 36 geeniä sen läheisyydessä kromosomissa 2, välillä 27 060 054–28 060 053.Kromosomi 22p23.3p25.3p25.2p25.1p24.3p24.2p24.1p23.3p23.2p23.1p22.3p22.2p22.1p21p16.3p16.2p16.1p15p14p13.3p13.2p13.1p12p11.2p11.1q11.1q11.2q12.1q12.2q12.3q13q14.1q14.2q14.3q21.1q21.2q21.3q22.1q22.2q22.3q23.1q23.2q23.3q24.1q24.2q24.3q31.1q31.2q31.3q32.1q32.2q32.3q33.1q33.2q33.3q34q35q36.1q36.2q36.3q37.1q37.2q37.327,2 Mb27,4 Mb27,6 Mb27,8 Mb28 MbAGBL5: 27 042 364–27 070 622, juoste eteenpäinAGBL5OST4: 27 058 735–27 073 830, juoste taaksepäinOST4EMILIN1: 27 078 044–27 086 408, juoste eteenpäinKHK: 27 086 723–27 100 777, juoste eteenpäinKHKCGREF1: 27 098 853–27 119 139, juoste taaksepäinABHD1: 27 123 789–27 130 812, juoste eteenpäinABHD1PREB: 27 129 153–27 134 689, juoste taaksepäinPREBPRR30: 27 136 848–27 139 410, juoste taaksepäinPRR30TCF23: 27 148 999–27 156 974, juoste eteenpäinTCF23SLC5A6: 27 199 587–27 212 958, juoste taaksepäinSLC5A6ATRAID: 27 212 012–27 217 178, juoste eteenpäinATRAIDCAD: 27 217 345–27 245 683, juoste eteenpäinCADSLC30A3: 27 253 509–27 275 817, juoste taaksepäinDNAJC5G: 27 275 430–27 281 499, juoste eteenpäinDNAJC5GTRIM54: 27 282 366–27 309 400, juoste eteenpäinTRIM54UCN: 27 307 400–27 308 445, juoste taaksepäinUCNMPV17: 27 309 486–27 325 680, juoste taaksepäinMPV17GTF3C2: 27 324 198–27 357 566, juoste taaksepäinEIF2B4: 27 363 420–27 370 466, juoste taaksepäinEIF2B4SNX17: 27 370 496–27 377 535, juoste eteenpäinSNX17ZNF513: 27 377 235–27 380 790, juoste taaksepäinZNF513PPM1G: 27 381 194–27 409 674, juoste taaksepäinPPM1GNRBP1: 27 427 790–27 442 260, juoste eteenpäinNRBP1KRTCAP3: 27 442 337–27 446 486, juoste eteenpäinKRTCAP3IFT172: 27 444 374–27 489 839, juoste taaksepäinIFT172FNDC4: 27 491 260–27 495 631, juoste taaksepäinFNDC4GCKR: 27 496 055–27 523 688, juoste eteenpäinGCKRSPATA31H1: 27 537 386–27 582 722, juoste eteenpäinSPATA31H1ZNF512: 27 582 969–27 623 217, juoste eteenpäinZNF512CCDC121: 27 625 535–27 629 018, juoste taaksepäinCCDC121GPN1: 27 628 247–27 652 152, juoste eteenpäinGPN1SUPT7L: 27 642 568–27 663 847, juoste taaksepäinSUPT7LSLC4A1AP: 27 663 426–27 695 756, juoste eteenpäinSLC4A1APMRPL33: 27 771 683–27 781 484, juoste eteenpäinMRPL33: 27 771 739–27 988 087, juoste eteenpäinRBKS: 27 780 857–27 890 681, juoste taaksepäinRBKSBABAM2: 27 888 667–28 339 184, juoste eteenpäinBABAM2SPATA31H1-kaavio: 5 eksonia kromosomin 2 juosteella, eteenpäinEkson 1: 27 537 386–27 537 570, 185 emästäEkson 2: 27 565 337–27 565 415, 79 emästäEkson 3: 27 566 044–27 566 098, 55 emästäEkson 4: 27 566 289–27 566 384, 96 emästäEkson 5: 27 566 735–27 582 722, 15 988 emästä12455′3′

Geenin MANE Select -transkriptin eksonit (julkaisu v1.5), lähteinä NCBI ja EMBL-EBI, GRCh38-referenssigenomissa.

Kromosomivyöhykkeet UCSC:n GRCh38-ideogrammista (2022-10-29).

Lähellä olevat geenit Ensembl-julkaisusta 116, GRCh38-kokoonpanossa.

Eksonit muodostavat 16,4 kb geenin 45,3 kb:stä; 16 167 näistä emäksistä koodaa proteiinia.

SPATA31H1-geenin sekvensointi

5Helppo

Kuinka vaikea SPATA31H1-geeni on sekvensoida lyhyillä lukemilla, asteikolla 0–100

Lähes kaikki SPATA31H1-geenin eksonit sijaitsevat kohdissa, joihin lyhyet lukemat kohdistuvat selvästi.

Tähän vaikuttaa myös se, kuinka suuri osa SPATA31H1-geenin eksoneista on kussakin vaikeassa aluetyypissä.

  • Kartoitettavuus0 %
  • Homologia0 %
  • Yhteinen chrY:n kanssa0 %
  • Referenssin kattavuus0 %
  • Toistot16 %
  • GC-pitoisuus0 %

Dante Labsin oma pisteytys omasta tutkimuksestamme, joka perustuu NISTin Genome in a Bottle -karttoihin vaikeasti sekvensoituvista alueista.Näin pisteet lasketaan

Ulkoiset linkit

Mistä tiedot ovat peräisin

  • HGNC: geenin symboli, nimi, muut symbolit ja sijainti.
  • MANE Select v1.5, NCBI:ltä ja EMBL-EBI:ltä: transkriptio, sen eksonit ja koodaava sekvenssi.
  • Genome in a Bottle -genomistratifikaatiot NIST:ltä: sekvensoinnin vaikeuspisteet.

Viittaa tähän sivuun

APA

Dante Labs. (n.d.). SPATA31H1-geeni: SPATA31 subfamily H member 1. Haettu 20. lokakuuta 2026, osoitteesta https://dantelabs.com/fi/genes/spata31h1

Vancouver

Dante Labs. SPATA31H1-geeni: SPATA31 subfamily H member 1 [Internet]. [viitattu 20. lokakuuta 2026]. Saatavilla: https://dantelabs.com/fi/genes/spata31h1

Yksi testi. Vastauksia koko elämäksi.

Alkaen 449 $Ilmainen toimitus · Tulokset 6–8 viikossa

Tilaa Genome Test