Geen
LRP1B
LDL receptor related protein 1B
- HGNC 6693↗(avaneb uuel vahelehel)
- Ensembli geen ENSG00000168702↗(avaneb uuel vahelehel)
- NCBI Gene 53353↗(avaneb uuel vahelehel)
Kokkuvõte
- Tsütogeneetiline asukoht
- 2q22.1-q22.2
- Koordinaadid
- Kromosoom 2: 140 231 423–142 131 016 (GRCh38)
- Eksonid
- 91 eksonit, ulatus 1899,6 kb
- Valk
- 4599 aminohapet
- Tuntud ka kui
- LRP-DIT, LRPDIT
- MANE Select transkript
- ENST00000389484.8NM_018557.3
- Lookuse tüüp
- Valke kodeeriv
Selle lehe andmed
Lehe aadressile saab lisada .json või päringusse application/json, et lugeda seda JSON-vormingus.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/lrp1b.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLoe LRP1B ja kogu oma genoom ühe testiga.
Alates 449 $Tasuta kohaletoimetamine · Tulemused 6–8 nädala pärast
Telli oma Genome TestSelle geeniga seotud kureeritud aruanded
Ükski Genome Testi aruanne ei loe geeni LRP1B veel. Test sekveneerib sinu kogu genoomi, seega hõlmavad sinu andmed seda sellegipoolest.
Kuidas LRP1B on üles ehitatud
- Kodeeriv järjestus
- Transleerimata piirkond
- Intron
- Transkriptsiooni suund
- Lõigud, mida lühikeste lugemite meetod raskesti tuvastab
Geeni MANE Select transkripti eksonid (versioon v1.5), allikad NCBI ja EMBL-EBI, referentsgenoomi GRCh38 alusel.
Kromosoomi ribad UCSC GRCh38 ideogrammilt (2022-10-29).
Lähedased geenid Ensembli versioonist 116, GRCh38 järgi.
Eksonid moodustavad geenist 15,9 kb kogupikkusega 1899,6 kb; neist 13 800 alust kodeerivad valku.
LRP1B sekveneerimine
1Kerge
Kui raske on geeni LRP1B lühikeste lugemitega sekveneerida, skaalal 100-st
0 · Kerge100 · Raske
Peaaegu kõik geeni LRP1B eksonid asuvad kohtades, kus lühikesed lugemid kaardistuvad selgelt.
Mis seda veel suurendab: geeni LRP1B eksonite osa igat tüüpi rasketes piirkondades
- KaardistatavusLõigud, kus 100 või 250 aluspaari pikkuseid lugemeid ei saa üheselt paigutada, seega võib seal muutus puududa või olla vale. Kaal 35%.0%
- HomoloogiaSegmentaalsed duplikatsioonid: genoomis mujal asuvad koopiad, nagu paraloogid ja pseudogeenid, vähemalt 90% identsusega. Kaal 30%.0%
- KorduvusedTandemkorduvused ja ühe aluse jadad, millel lugemid libisevad ja mida need ei pruugi katta. Kaal 15%.0,9%
- GC-sisaldusAknad, kus G- ja C-aluseid on alla 25% või üle 65%; raamatukogu valmistamine katab neid nõrgalt. Kaal 10%.6,1%
- ReferentskatvusReferentskoostu lüngad lähedal, kus pole järjestust, millega lugemid joonduda saaks. Kaal 10%.0%
Dante Labsi skoor meie enda uurimistöö põhjal, mis tugineb NISTi Genome in a Bottle kaartidele raskesti sekveneeritavatest piirkondadest.Kuidas skoor arvutatakseIga riba näitab, kui suur osa geeni LRP1B eksonite alustest jääb sellisesse raskesse piirkonda. Skoor kaalub neid selle järgi, kui palju iga piirkond lühikeste lugemite põhjal tehtavat tuvastust raskendab: 0, kui ükski alus ei asu ühessegi piirkonda, 100, kui iga alus asub kõigis neist.
Välised lingid
Geenikirjed
Transkript
Valk
Kust see pärineb
- HGNC: geeni sümbol, nimi, muud sümbolid ja asukoht.
- MANE Select v1.5, NCBI ja EMBL-EBI: transkript, selle eksonid ja kodeeriv järjestus.
- Genome in a Bottle genoomi stratifikatsioonid, NIST: järjestamise raskusastme skoor.
Viita sellele lehele
Dante Labs. (n.d.). LRP1B geen: LDL receptor related protein 1B. Vaadatud 18. oktoober 2026, allikas: https://dantelabs.com/et/genes/lrp1b
Dante Labs. LRP1B geen: LDL receptor related protein 1B [Internet]. [viidatud 18. oktoober 2026]. Saadaval: https://dantelabs.com/et/genes/lrp1b
Üks test. Vastused kogu eluks.
Alates 449 $Tasuta kohaletoimetamine · Tulemused 6–8 nädala pärast