Liigu sisu juurde
Kasuta oma HSA- või FSA-vahendeid
Sekveneeri oma genoom (avaneb uuel vahelehel)

Geen

HOXC5

homeobox C5

Kokkuvõte

Tsütogeneetiline asukoht
12q13.13
Koordinaadid
Kromosoom 12: 54 033 050–54 035 361 (GRCh38)
Eksonid
2 eksonit, ulatus 2,3 kb
Valk
222 aminohapet
Varasemad tähised
HOX3D, HOX3
MANE Select transkript
ENST00000312492.3NM_018953.4
Lookuse tüüp
Valke kodeeriv
  • Väga kõrge
  • Kindel
  • Madal
  • Väga madal

Selle geeniga seotud kureeritud aruanded

Ükski Genome Testi aruanne ei loe geeni HOXC5 veel. Test sekveneerib sinu kogu genoomi, seega hõlmavad sinu andmed seda sellegipoolest.

Kuidas HOXC5 on üles ehitatud

  • Kodeeriv järjestus
  • Transleerimata piirkond
  • Intron
  • Transkriptsiooni suund
Kromosoom 12, millel on sulg kohal, kus asub HOXC5. HOXC5 ja sellele lähedal asuvad 23 geeni kromosoomil 12, vahemikus 53 534 206 kuni 54 534 205.Kromosoom 1212q13.13p13.33p13.32p13.31p13.2p13.1p12.3p12.2p12.1p11.23p11.22p11.21p11.1q11q12q13.11q13.12q13.13q13.2q13.3q14.1q14.2q14.3q15q21.1q21.2q21.31q21.32q21.33q22q23.1q23.2q23.3q24.11q24.12q24.13q24.21q24.22q24.23q24.31q24.32q24.3353,6 Mb53,8 Mb54 Mb54,2 Mb54,4 MbATF7-NPFF: 53 506 691–53 625 979, pöördne ahelATF7-NPFFATF7: 53 507 856–53 626 412, pöördne ahelATF7ATP5MC2: 53 626 515–53 678 658, pöördne ahelATP5MC2CALCOCO1: 53 708 517–53 727 745, pöördne ahelCALCOCO1HOXC13: 53 938 718–53 946 544, otsene ahelHOXC13HOXC12: 53 954 903–53 958 956, otsene ahelHOXC11: 53 973 126–53 977 643, otsene ahelHOXC10: 53 985 065–53 990 279, otsene ahel: 53 985 845–54 034 888, otsene ahelHOXC6: 53 990 624–54 030 823, otsene ahelHOXC6HOXC9: 53 994 895–54 003 337, otsene ahelHOXC8: 54 008 911–54 012 769, otsene ahelHOXC8HOXC4: 54 015 897–54 056 030, otsene ahelHOXC4HOXC5: 54 033 050–54 035 361, otsene ahelHOXC5SMUG1: 54 121 277–54 189 008, pöördne ahelSMUG1CBX5: 54 230 942–54 280 141, pöördne ahelCBX5HNRNPA1: 54 280 193–54 287 088, otsene ahelHNRNPA1NFE2: 54 292 107–54 301 259, pöördne ahelNFE2COPZ1: 54 301 202–54 351 848, otsene ahelCOPZ1GPR84: 54 362 445–54 364 493, pöördne ahelGPR84ZNF385A: 54 369 129–54 391 338, pöördne ahelZNF385AITGA5: 54 395 261–54 419 515, pöördne ahelITGA5GTSF1: 54 455 950–54 473 602, pöördne ahelGTSF1NCKAP1L: 54 497 713–54 548 243, otsene ahelNCKAP1LHOXC5 skeem: 2 eksonit kromosoomi 12 otsene ahelalEkson 1: 54 033 050–54 033 576, 527 alustEkson 2: 54 034 278–54 035 361, 1084 alust125′3′

Geeni MANE Select transkripti eksonid (versioon v1.5), allikad NCBI ja EMBL-EBI, referentsgenoomi GRCh38 alusel.

Kromosoomi ribad UCSC GRCh38 ideogrammilt (2022-10-29).

Lähedased geenid Ensembli versioonist 116, GRCh38 järgi.

Eksonid moodustavad geenist 1,6 kb kogupikkusega 2,3 kb; neist 669 alust kodeerivad valku.

HOXC5 sekveneerimine

5Lihtne

Kui raske on geeni HOXC5 lühikeste lugemitega sekveneerida, skaalal 0–100

Peaaegu kõik geeni HOXC5 eksonid asuvad kohtades, kuhu lühikesed lugemid kaardistuvad selgelt.

Mis sellele lisaks mõjub: geeni HOXC5 eksonite osakaal igas raskesti loetavas piirkonna liigis

  • Kaardistatavus0%
  • Homoloogia0%
  • Kordused1,1%
  • GC-sisaldus45%
  • Referentsi katvus0%

Dante Labsi enda uuringutel põhinev skoor, mis tugineb NIST-i Genome in a Bottle kaartidele raskesti sekveneeritavate piirkondade kohta.Kuidas skoor arvutatakse

Välised lingid

Kust see pärineb

  • HGNC: geeni sümbol, nimi, muud sümbolid ja asukoht.
  • MANE Select v1.5, NCBI ja EMBL-EBI: transkript, selle eksonid ja kodeeriv järjestus.
  • Genome in a Bottle genoomi stratifikatsioonid, NIST: järjestamise raskusastme skoor.

Viita sellele lehele

APA

Dante Labs. (n.d.). HOXC5 geen: homeobox C5. Vaadatud 18. oktoober 2026, allikas: https://dantelabs.com/et/genes/hoxc5

Vancouver

Dante Labs. HOXC5 geen: homeobox C5 [Internet]. [viidatud 18. oktoober 2026]. Saadaval: https://dantelabs.com/et/genes/hoxc5

Üks test. Vastused kogu eluks.

Alates 449 $Tasuta kohaletoimetamine · Tulemused 6–8 nädala pärast

Telli oma Genome Test