Gen
KDM4A
lysine demethylase 4A
- HGNC 22978↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000066135↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 9682↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- 1p34.2-p34.1
- Koordinater
- Kromosom 1: 43 650 149–43 705 518 (GRCh38)
- Eksoner
- 22 eksoner over 55,4 kb
- Protein
- 1 064 aminosyrer
- Også kjent som
- KIAA0677, JHDM3A, TDRD14A
- Tidligere symboler
- JMJD2, JMJD2A
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000372396.4NM_014663.3
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/kdm4a.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes KDM4A og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ingen Genome Test-rapport leser KDM4A ennå. Testen sekvenserer hele genomet ditt, så dataene dine inkluderer det likevel.
Slik er KDM4A bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 4,5 kb av genets 55,4 kb, og 3 195 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av KDM4A
0Lett
Hvor vanskelig KDM4A er å sekvensere med korte leser, av 100
0 · Lett100 · Vanskelig
Nesten alle eksonene i KDM4A ligger der korte leser kartlegges uten problemer.
Det som bidrar: andelen av eksonene i KDM4A i hver type vanskelig område
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, så et kall der kan mangle eller være feil. Vekt 35 %.0 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 30 %.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Vekt 15 %.1,9 %
- GC-innholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksprepareringen dekker tynt. Vekt 10 %.0 %
- ReferansedekningHull i referansesammenstillingen i nærheten, der det ikke finnes sekvens for leser å justeres mot. Vekt 10 %.0 %
En Dante Labs-poengsum basert på vår egen forskning, bygget på NISTs Genome in a Bottle-kart over områder som er vanskelige å sekvensere.Slik beregnes poengsummenHver søyle er andelen av eksonbasene til KDM4A i den typen vanskelig område. Poengsummen vekter dem etter hvor mye hver koster for et kall med korte leser: 0 når ingen base er i noen, 100 når hver base er i alle.
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). KDM4A-genet: lysine demethylase 4A. Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/kdm4a
Dante Labs. KDM4A-genet: lysine demethylase 4A [Internett]. [sitert 18. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/kdm4a
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker