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Gène

PPARGC1A

PPARG coactivator 1 alpha

Résumé

Localisation cytogénétique
4p15.2
Coordonnées
Chromosome 4 : 23 792 021–23 890 047 (GRCh38)
Exons
13 exons sur 98 kb
Protéine
798 acides aminés
Aussi appelé
PGC1, PGC1A, PGC-1alpha, PPARAGCIα
Symboles précédents
PPARGC1
Transcrit MANE Select
ENST00000264867.7NM_013261.5
Type de locus
Codant pour une protéine
  • Très élevé
  • Fiable
  • Faible
  • Très faible

Rapport sur un caractère avec la lecture PPARGC1A

Structure de PPARGC1A

  • Séquence codante
  • Région non traduite
  • Intron
  • Sens de la transcription
  • Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Chromosome 4, avec un crochet à l'emplacement de PPARGC1A. PPARGC1A et 0 gène à proximité sur le chromosome 4, de 23 341 034 à 24 341 033.Chromosome 44p15.2p16.3p16.2p16.1p15.33p15.32p15.31p15.2p15.1p14p13p12p11q11q12q13.1q13.2q13.3q21.1q21.21q21.22q21.23q21.3q22.1q22.2q22.3q23q24q25q26q27q28.1q28.2q28.3q31.1q31.21q31.22q31.23q31.3q32.1q32.2q32.3q33q34.1q34.2q34.3q35.1q35.223,4 Mb23,6 Mb23,8 Mb24 Mb24,2 MbPPARGC1A : 23 792 021–23 890 047, brin inversePPARGC1ASchéma de PPARGC1A : 13 exons sur le brin inverse du chromosome 4Exon 13 : 23 792 021–23 795 925, 3 905 basesExon 12 : 23 801 730–23 801 881, 152 basesExon 11 : 23 802 224–23 802 345, 122 basesExon 10 : 23 812 747–23 812 867, 121 basesExon 9 : 23 813 021–23 813 125, 105 basesExon 8 : 23 813 690–23 814 605, 916 basesExon 7 : 23 824 280–23 824 353, 74 basesExon 6 : 23 824 463–23 824 508, 46 basesExon 5 : 23 828 400–23 828 604, 205 basesExon 4 : 23 829 463–23 829 585, 123 basesExon 3 : 23 831 557–23 831 751, 195 basesExon 2 : 23 884 752–23 884 931, 180 basesExon 1 : 23 889 904–23 890 047, 144 bases1310515′3′

Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.

Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).

Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.

Les exons représentent 6,3 kb sur les 98 kb du gène ; 2 397 de ces bases codent pour la protéine.

Séquençage de PPARGC1A

3Facile

Difficulté de séquençage de PPARGC1A avec des lectures courtes, sur 100

Presque tous les exons de PPARGC1A se trouvent dans des zones où les lectures courtes s'alignent correctement.

Ce qui s'y ajoute : la part des exons de PPARGC1A dans chaque type de zone difficile

  • Mappabilité0 %
  • Homologie0 %
  • Shared with chrY0 %
  • Couverture de référence0 %
  • Répétitions6,2 %
  • Teneur en GC7,5 %

Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes de régions difficiles à séquencer du projet Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du score

Liens externes

D'où proviennent ces données

  • HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
  • MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
  • Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.

Citer cette page

APA

Dante Labs. (s.d.). Gène PPARGC1A : PPARG coactivator 1 alpha. Consulté le 19 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/ppargc1a

Vancouver

Dante Labs. Gène PPARGC1A : PPARG coactivator 1 alpha [Internet]. [consulté le 19 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/ppargc1a

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