Gen
HMGB3
high mobility group box 3
- HGNC 5004↗(åpnes i ny fane)
- Ensembl-gen ENSG00000029993↗(åpnes i ny fane)
- NCBI Gene 3149↗(åpnes i ny fane)
Sammendrag
- Cytogenetisk plassering
- Xq28
- Koordinater
- Kromosom X: 150 983 335–150 990 771 (GRCh38)
- Eksoner
- 5 eksoner over 7,4 kb
- Protein
- 200 aminosyrer
- Også kjent som
- HMG2A, MGC90319
- Tidligere symboler
- HMG4
- MANE Select-transkripsjon
- ENST00000325307.12NM_005342.4
- Lokustype
- Proteinkodende
- Svært høy
- Sikker
- Lav
- Svært lav
Denne siden som data
Legg til .json etter adressen til siden, eller be om application/json, for å lese den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/hmgb3.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLes HMGB3 og resten av genomet ditt med én test.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker
Få mitt Genome TestKuraterte rapporter som er relevante for dette genet
Ingen Genome Test-rapport leser HMGB3 ennå. Testen sekvenserer hele genomet ditt, så dataene dine inkluderer det likevel.
Slik er HMGB3 bygget opp
- Kodende sekvens
- Utranslatert region
- Intron
- Transkripsjonsretning
- Områder som korte avlesninger sliter med
Eksoner i genets MANE Select-transkripsjon (utgave v1.5), fra NCBI og EMBL-EBI, på referansegenomet GRCh38.
Kromosombånd fra UCSCs GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Gener i nærheten fra Ensembl-utgave 116, på GRCh38.
Eksonene utgjør 3,5 kb av genets 7,4 kb, og 603 av disse basene koder for proteinet.
Sekvensering av HMGB3
5Lett
Hvor vanskelig HMGB3 er å sekvensere med korte leser, av 100
0 · Lett100 · Vanskelig
Nesten alle eksonene i HMGB3 ligger der korte leser kartlegges uten problemer.
Det som bidrar: andelen av eksonene i HMGB3 i hver type vanskelig område
- KartleggbarhetStrekninger der 100 eller 250 bp lange leser ikke kan plasseres entydig, så et kall der kan mangle eller være feil. Vekt 35 %.11 %
- HomologiSegmentelle duplikasjoner: kopier andre steder i genomet, som paraloger og pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vekt 30 %.0 %
- RepetisjonerTandemrepetisjoner og serier av én base, som leser glir på og kanskje ikke spenner over. Vekt 15 %.5,2 %
- GC-innholdVinduer med under 25 % eller over 65 % G og C, som biblioteksprepareringen dekker tynt. Vekt 10 %.1,2 %
- ReferansedekningHull i referansesammenstillingen i nærheten, der det ikke finnes sekvens for leser å justeres mot. Vekt 10 %.0 %
En Dante Labs-poengsum basert på vår egen forskning, bygget på NISTs Genome in a Bottle-kart over områder som er vanskelige å sekvensere.Slik beregnes poengsummenHver søyle er andelen av eksonbasene til HMGB3 i den typen vanskelig område. Poengsummen vekter dem etter hvor mye hver koster for et kall med korte leser: 0 når ingen base er i noen, 100 når hver base er i alle.
Egenskaper knyttet til HMGB3
The Human Phenotype Ontology lister disse som kjennetegn ved de sjeldne tilstandene HMGB3 kan forårsake. Hver egenskaps side viser de andre genene som er knyttet til den.
Eksterne lenker
Genposter
Transkripsjon
Protein
Her kommer dette fra
- HGNC: genets symbol, navn, andre symboler og plassering.
- MANE Select v1.5, fra NCBI og EMBL-EBI: transkriptet, eksonene og den kodende sekvensen.
- Genome in a Bottle-stratifiseringene for genom, fra NIST: poengsummen for sekvenseringsvanskelighet.
- The Human Phenotype Ontology, versjon 2026-09-01: egenskapene knyttet til genet. Les mer på hpo.jax.org.
Siter denne siden
Dante Labs. (u.d.). HMGB3-genet: high mobility group box 3. Hentet 18. oktober 2026, fra https://dantelabs.com/no/genes/hmgb3
Dante Labs. HMGB3-genet: high mobility group box 3 [Internett]. [sitert 18. oktober 2026]. Tilgjengelig fra: https://dantelabs.com/no/genes/hmgb3
Én test. En livstid med svar.
Fra 449 $Gratis frakt · Resultater på 6–8 uker