Gen
RNF223
ring finger protein 223
- HGNC 40020↗(otevře se na nové kartě)
- Gen v Ensembl ENSG00000237330↗(otevře se na nové kartě)
- NCBI Gene 401934↗(otevře se na nové kartě)
Shrnutí
- Cytogenetická poloha
- 1p36.33
- Souřadnice
- Chromozom 1: 1 070 967–1 074 306 (GRCh38)
- Exony
- 2 exonů na 3,3 kb
- Protein
- 249 aminokyselin
- Transkript MANE Select
- ENST00000453464.3NM_001205252.2
- Typ lokusu
- Kódující proteiny
- Velmi vysoká
- Jistá
- Nízká
- Velmi nízká
Tato stránka jako data
Chcete-li ji číst jako JSON, připojte k adrese stránky .json nebo požádejte o application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/rnf223.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePřečtěte si RNF223 i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestKurátorované reporty související s tímto genem
Zatím žádná zpráva Genome Test nečte gen RNF223. Test sekvenuje celý váš genom, takže jsou vaše data přesto obsahují.
Jak je RNF223 uspořádán
- Kódující sekvence
- Netranslatovaná oblast
- Intron
- Směr transkripce
Exony transkriptu MANE Select genu (verze v1.5) z databází NCBI a EMBL-EBI, na referenčním genomu GRCh38.
Pásy chromozomů z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Okolní geny z Ensembl, verze 116, na GRCh38.
Exony tvoří 1,9 kb z 3,3 kb genu; 750 těchto bází kódují protein.
Sekvenování RNF223
7Snadné
Jak obtížně se RNF223 sekvenuje krátkými čteními, ze 100
0 · Snadné100 · Obtížné
Téměř všechny exony genu RNF223 leží v místech, kde se krátká čtení mapují čistě.
Co k tomu přispívá: podíl exonů genu RNF223 v každém typu obtížné oblasti
- MapovatelnostÚseky, kde nelze čtení o délce 100 nebo 250 bp jednoznačně umístit, takže volání v nich může chybět nebo být chybné. Váha 35 %.0 %
- HomologieSegmentální duplikace: kopie jinde v genomu, například paralogy a pseudogeny, s identitou 90 % nebo vyšší. Váha 30 %.0 %
- RepeticeTandemové repetice a řady stejné báze, na kterých čtení klouzají a které nemusí celé pokrýt. Váha 15 %.3,3 %
- Obsah GCOkna s méně než 25 % nebo více než 65 % G a C, které příprava knihovny pokrývá slabě. Váha 10 %.64 %
- Referenční pokrytíMezery v referenční sestavě v okolí, kde pro čtení není sekvence, s níž by se mohla srovnat. Váha 10 %.0 %
Skóre Dante Labs z vlastního výzkumu, založené na mapách obtížně sekvenovatelných oblastí Genome in a Bottle od NIST.Jak se skóre počítáKaždý sloupec je podíl bází exonů genu RNF223 v daném typu obtížné oblasti. Skóre je váží podle toho, kolik každá stojí při volání krátkými čteními: 0, když žádná báze není v žádné, 100, když je každá báze ve všech.
Externí odkazy
Záznamy o genu
Transkript
Protein
Odkud to pochází
- HGNC: symbol genu, jeho název, další symboly a umístění.
- MANE Select v1.5 od NCBI a EMBL-EBI: transkript, jeho exony a kódující sekvence.
- Stratifikace genomu Genome in a Bottle od NIST: skóre obtížnosti sekvenování.
Citovat tuto stránku
Dante Labs. (b.d.). Gen RNF223: ring finger protein 223. Staženo 18. října 2026, z https://dantelabs.com/cs/genes/rnf223
Dante Labs. Gen RNF223: ring finger protein 223 [Internet]. [citováno 18. října 2026]. Dostupné z: https://dantelabs.com/cs/genes/rnf223
Jeden test. Odpovědi na celý život.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů