Gen
KRTAP4-4
keratin associated protein 4-4
- HGNC 16928↗(opent in een nieuw tabblad)
- Ensembl-gen ENSG00000171396↗(opent in een nieuw tabblad)
- NCBI Gene 84616↗(opent in een nieuw tabblad)
Samenvatting
- Cytogenetische locatie
- 17q21.2
- Coördinaten
- Chromosoom 17: 41.159.649–41.160.748 (GRCh38)
- Exons
- 1 exon over 1,1 kb
- Eiwit
- 166 aminozuren
- Ook bekend als
- KAP4.4, KAP4.13
- Eerdere symbolen
- KRTAP4-13
- MANE Select-transcript
- ENST00000390661.5NM_032524.2
- Type locus
- Eiwitcoderend
- Zeer hoog
- Betrouwbaar
- Laag
- Zeer laag
Deze pagina als gegevens
Voeg .json toe aan het adres van de pagina, of vraag application/json aan, om haar als JSON te lezen.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/krtap4-4.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLees KRTAP4-4 en de rest van uw genoom met één test.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken
Mijn Genome Test bestellenGecureerde rapporten over dit gen
Geen enkel Genome Test-rapport leest KRTAP4-4 nog. De test leest uw volledige genoom uit, dus uw gegevens bevatten het toch.
Opbouw van KRTAP4-4
- Coderende sequentie
- Niet-vertaald gebied
- Intron
- Richting van transcriptie
- Gebieden die korte reads moeilijk vinden
Exonen van het MANE Select-transcript van het gen (release v1.5), afkomstig van NCBI en EMBL-EBI, op het GRCh38-referentiegenoom.
Chromosoombanden uit het ideogram van UCSC's GRCh38 (2022-10-29).
Genen in de buurt uit Ensembl-release 116, op GRCh38.
Exonen vormen 1,1 kb van de 1,1 kb van het gen; 501 van die basen coderen voor het eiwit.
Sequencing van KRTAP4-4
18Gemiddeld
Hoe moeilijk KRTAP4-4 met korte reads te sequencen is, op een schaal van 100
0 · Makkelijk100 · Moeilijk
Sommige exons van KRTAP4-4 liggen waar korte reads een wijziging kunnen missen of verkeerd plaatsen.
Wat dit verder beïnvloedt: het aandeel van de exons van KRTAP4-4 in elk type moeilijke regio
- MappabilityStukken waar reads van 100 of 250 bp niet uniek kunnen worden geplaatst, waardoor een call daar mogelijk ontbreekt of fout is. Gewicht 35%.18%
- HomologieSegmentale duplicaties: kopieën elders in het genoom, zoals paralogen en pseudogenen, met 90% identiteit of meer. Gewicht 30%.0%
- RepeatsTandemrepeats en reeksen van één base, waarop reads kunnen verschuiven en die ze mogelijk niet overspannen. Gewicht 15%.50%
- GC-gehalteVensters met minder dan 25% of meer dan 65% G en C, die bij de bibliotheekvoorbereiding dun worden gedekt. Gewicht 10%.45%
- ReferentiedekkingGaten in de referentie-assembly in de buurt, waar geen sequentie is waarop reads kunnen uitlijnen. Gewicht 10%.0%
Een score van Dante Labs uit ons eigen onderzoek, gebaseerd op de Genome in a Bottle-kaarten van NIST met moeilijk te sequencen regio's.Zo wordt de score berekendElke balk is het aandeel van de exonbases van KRTAP4-4 in dat type moeilijke regio. De score weegt die aandelen naar hoeveel elk type een korte-readcall kost: 0 wanneer geen enkele base in een moeilijke regio ligt, 100 wanneer elke base in alle regio's ligt.
Externe links
Genrecords
Transcript
Eiwit
Waar dit vandaan komt
- HGNC: het symbool, de naam, andere symbolen en de locatie van het gen.
- MANE Select v1.5, van NCBI en EMBL-EBI: het transcript, de exonen en de coderende sequentie.
- De genoomstratificaties van Genome in a Bottle, van NIST: de score voor de moeilijkheid van sequencing.
Deze pagina citeren
Dante Labs. (z.d.). KRTAP4-4-gen: keratin associated protein 4-4. Geraadpleegd op 18 oktober 2026, van https://dantelabs.com/nl/genes/krtap4-4
Dante Labs. KRTAP4-4-gen: keratin associated protein 4-4 [Internet]. [geraadpleegd 18 oktober 2026]. Beschikbaar op: https://dantelabs.com/nl/genes/krtap4-4
Eén test. Een leven lang antwoorden.
Vanaf $ 449Gratis verzending · Resultaten binnen 6–8 weken