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Gène

ZNF541

zinc finger protein 541

Résumé

Localisation cytogénétique
19q13.33
Coordonnées
Chromosome 19 : 47 520 690–47 573 148 (GRCh38)
Exons
17 exons sur 52,5 kb
Protéine
1 346 acides aminés
Aussi appelé
DKFZp434I1930
Transcrit MANE Select
ENST00000391901.8NM_001277075.3
Type de locus
Codant pour une protéine
  • Très élevé
  • Fiable
  • Faible
  • Très faible

Rapport d'expertise pertinent pour ce gène

Aucun rapport Genome Test ne lit encore ZNF541. Le test séquence l'intégralité de votre génome, donc vos données l'incluent tout de même.

Structure de ZNF541

  • Séquence codante
  • Région non traduite
  • Intron
  • Sens de la transcription
  • Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Chromosome 19, avec un crochet à l'emplacement de ZNF541. ZNF541 et 25 gènes à proximité sur le chromosome 19, de 47 046 919 à 48 046 918.Chromosome 1919q13.33p13.3p13.2p13.13p13.12p13.11p12p11q11q12q13.11q13.12q13.13q13.2q13.31q13.32q13.33q13.41q13.42q13.4347,2 Mb47,4 Mb47,6 Mb47,8 Mb48 MbNPAS1 : 47 019 474–47 047 242, brin directNPAS1TMEM160 : 47 045 909–47 048 650, brin inverseTMEM160ZC3H4 : 47 064 187–47 113 776, brin inverseZC3H4SAE1 : 47 113 274–47 210 636, brin directSAE1BBC3 : 47 220 822–47 233 019, brin inverseBBC3CCDC9 : 47 255 980–47 274 055, brin directCCDC9INAFM1 : 47 274 373–47 277 755, brin directINAFM1C5AR1 : 47 290 023–47 322 075, brin directC5AR1C5AR2 : 47 332 148–47 347 329, brin directC5AR2DHX34 : 47 349 280–47 383 255, brin directDHX34MEIS3 : 47 403 117–47 419 530, brin inverseMEIS3SLC8A2 : 47 428 017–47 472 184, brin inverseSLC8A2KPTN : 47 475 141–47 484 265, brin inverseKPTNNAPA : 47 484 530–47 515 122, brin inverseNAPAZNF541 : 47 520 690–47 573 148, brin inverseZNF541BICRA : 47 608 196–47 703 277, brin directBICRAEHD2 : 47 713 388–47 745 089, brin directEHD2NOP53 : 47 745 481–47 758 208, brin directNOP53SELENOW : 47 778 508–47 784 686, brin directSELENOWTPRX1 : 47 801 232–47 819 051, brin inverseTPRX1CRX : 47 819 779–47 843 330, brin directCRXTPRX2 : 47 859 235–47 861 721, brin directTPRX2SULT2A1 : 47 870 327–47 886 479, brin inverseSULT2A1BSPH1 : 47 968 046–47 992 170, brin inverseBSPH1ELSPBP1 : 47 994 632–48 025 154, brin directELSPBP1CABP5 : 48 029 383–48 044 079, brin inverseCABP5Schéma de ZNF541 : 17 exons sur le brin inverse du chromosome 19Exon 17 : 47 520 690–47 521 377, 688 basesExon 16 : 47 521 479–47 521 654, 176 basesExon 15 : 47 521 854–47 521 994, 141 basesExon 14 : 47 528 950–47 529 038, 89 basesExon 13 : 47 529 577–47 529 652, 76 basesExon 12 : 47 531 642–47 531 745, 104 basesExon 11 : 47 532 128–47 532 270, 143 basesExon 10 : 47 532 909–47 532 972, 64 basesExon 9 : 47 538 142–47 538 439, 298 basesExon 8 : 47 539 705–47 539 878, 174 basesExon 7 : 47 540 176–47 540 335, 160 basesExon 6 : 47 540 893–47 540 951, 59 basesExon 5 : 47 544 126–47 545 980, 1 855 basesExon 4 : 47 549 245–47 549 485, 241 basesExon 3 : 47 555 550–47 555 954, 405 basesExon 2 : 47 571 896–47 572 042, 147 basesExon 1 : 47 573 083–47 573 148, 66 bases171015′3′

Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.

Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).

Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.

Les exons représentent 4,9 kb sur les 52,5 kb du gène ; 4 041 de ces bases codent pour la protéine.

Séquençage de ZNF541

4Facile

Difficulté de séquençage de ZNF541 avec des lectures courtes, sur 100

Presque tous les exons de ZNF541 se trouvent dans des zones où les lectures courtes s'alignent correctement.

Ce qui s'y ajoute : la part des exons de ZNF541 dans chaque type de zone difficile

  • Mappabilité0 %
  • Homologie0 %
  • Répétitions1,3 %
  • Teneur en GC35 %
  • Couverture de référence0 %

Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes de régions difficiles à séquencer du projet Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du score

Liens externes

D'où proviennent ces données

  • HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
  • MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
  • Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.

Citer cette page

APA

Dante Labs. (s.d.). Gène ZNF541 : zinc finger protein 541. Consulté le 18 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/znf541

Vancouver

Dante Labs. Gène ZNF541 : zinc finger protein 541 [Internet]. [consulté le 18 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/znf541

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