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Gène

VPS39

VPS39 subunit of HOPS complex

Résumé

Localisation cytogénétique
15q15.1
Coordonnées
Chromosome 15 : 42 158 701–42 208 304 (GRCh38)
Exons
25 exons sur 49,6 kb
Protéine
875 acides aminés
Aussi appelé
KIAA0770, VAM6
Transcrit MANE Select
ENST00000318006.10NM_015289.5
Type de locus
gene with protein product
  • Très élevé
  • Fiable
  • Faible
  • Très faible

Génome de référenceGRCh38

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Rapport d'expertise pertinent pour ce gène

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Structure de VPS39

  • Séquence codante
  • Région non traduite
  • Intron
  • Sens de la transcription
  • Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Chromosome 15, avec un crochet à l'emplacement de VPS39. VPS39 et 20 gènes à proximité sur le chromosome 15, de 41 683 503 à 42 683 502.Chromosome 1515q15.1p13p12p11.2p11.1q11.1q11.2q12q13.1q13.2q13.3q14q15.1q15.2q15.3q21.1q21.2q21.3q22.1q22.2q22.31q22.32q22.33q23q24.1q24.2q24.3q25.1q25.2q25.3q26.1q26.2q26.341,8 Mb42 Mb42,2 Mb42,4 Mb42,6 MbMGA : 41 621 134–41 773 081, brin directMGAMAPKBP1 : 41 774 434–41 827 855, brin directMAPKBP1JMJD7 : 41 828 067–41 837 589, brin directJMJD7JMJD7-PLA2G4B : 41 828 095–41 848 155, brin directJMJD7-PLA2G4BPLA2G4B : 41 837 775–41 848 147, brin directPLA2G4BSPTBN5 : 41 848 146–41 894 053, brin inverseSPTBN5EHD4 : 41 895 928–41 972 614, brin inverseEHD4PLA2G4E : 41 981 394–42 051 190, brin inversePLA2G4EPLA2G4D : 42 067 009–42 094 565, brin inversePLA2G4DPLA2G4F : 42 139 034–42 156 659, brin inversePLA2G4FVPS39 : 42 158 701–42 208 304, brin inverseVPS39TMEM87A : 42 209 667–42 274 128, brin inverseTMEM87AGANC : 42 273 196–42 353 666, brin directGANC : 42 348 103–42 412 317, brin directCAPN3 : 42 359 494–42 412 949, brin directCAPN3ZNF106 : 42 412 823–42 491 150, brin inverseZNF106SNAP23 : 42 491 233–42 545 358, brin directSNAP23 : 42 497 395–42 548 786, brin inverseLRRC57 : 42 534 627–42 548 802, brin inverseLRRC57HAUS2 : 42 548 828–42 572 263, brin directHAUS2STARD9 : 42 575 574–42 720 998, brin directSTARD9Schéma de VPS39 : 25 exons sur le brin inverse du chromosome 15Exon 25 : 42 158 701–42 160 829, 2 129 basesExon 24 : 42 161 682–42 161 773, 92 basesExon 23 : 42 162 032–42 162 166, 135 basesExon 22 : 42 162 332–42 162 481, 150 basesExon 21 : 42 163 350–42 163 395, 46 basesExon 20 : 42 163 626–42 163 728, 103 basesExon 19 : 42 164 358–42 164 486, 129 basesExon 18 : 42 164 996–42 165 113, 118 basesExon 17 : 42 165 718–42 165 816, 99 basesExon 16 : 42 166 159–42 166 232, 74 basesExon 15 : 42 166 563–42 166 649, 87 basesExon 14 : 42 166 772–42 166 913, 142 basesExon 13 : 42 167 394–42 167 537, 144 basesExon 12 : 42 169 724–42 169 866, 143 basesExon 11 : 42 173 723–42 173 852, 130 basesExon 10 : 42 178 218–42 178 338, 121 basesExon 9 : 42 178 450–42 178 570, 121 basesExon 8 : 42 184 517–42 184 700, 184 basesExon 7 : 42 187 271–42 187 363, 93 basesExon 6 : 42 187 758–42 187 856, 99 basesExon 5 : 42 189 114–42 189 208, 95 basesExon 4 : 42 191 125–42 191 167, 43 basesExon 3 : 42 191 496–42 191 560, 65 basesExon 2 : 42 199 896–42 199 961, 66 basesExon 1 : 42 208 081–42 208 304, 224 bases25201510515′3′

Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.

Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).

Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.

Les exons représentent 4,8 kb sur les 49,6 kb du gène ; 2 628 de ces bases codent pour la protéine.

D'où viennent ces informations

  • HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
  • MANE Select v1.5, de NCBI et EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.

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Dante Labs. (s.d.). Gène VPS39 : VPS39 subunit of HOPS complex. Consulté le 17 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/vps39

Vancouver

Dante Labs. Gène VPS39 : VPS39 subunit of HOPS complex [Internet]. [consulté le 17 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/vps39

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