Gen
LINC01488
long independently transcribed non-coding RNA 1488
- HGNC 51144↗(öffnet sich in einem neuen Tab)
- Ensembl-Gen ENSG00000285094↗(öffnet sich in einem neuen Tab)
- NCBI Gene 101928292↗(öffnet sich in einem neuen Tab)
Zusammenfassung
- Zytogenetische Lage
- 11q13.3
- Koordinaten
- Chromosom 11: 69.481.663–69.493.210 (GRCh38)
- Exons
- 4 Exons über 11,5 kb
- Auch bekannt als
- CUPID1
- MANE-Select-Transkript
- ENST00000717996.1NR_185875.1
- Locus-Typ
- Lange nichtkodierende RNA (lncRNA)
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Aufbau von LINC01488
- Nicht translatierte Region
- Intron
- Transkriptionsrichtung
Exons des MANE-Select-Transkripts des Gens (Version v1.5) von NCBI und EMBL-EBI, bezogen auf das Referenzgenom GRCh38.
Chromosomenbanden aus dem UCSC-Ideogramm GRCh38 (2022-10-29).
Benachbarte Gene aus Ensembl-Version 116 auf GRCh38.
Exons machen 2,3 kb der 11,5 kb des Gens aus.
Sequenzierung von LINC01488
0Niedrig
Wie schwer LINC01488 mit Short Reads zu sequenzieren ist, von 100Jeder Balken zeigt den Anteil der Exon-Basen von LINC01488 in der jeweiligen Art schwieriger Region. Der Wert gewichtet diese Anteile danach, wie stark jede Region eine Short-Read-Analyse erschwert: 0, wenn keine Base in einer dieser Regionen liegt, 100, wenn alle Basen in allen davon liegen.
- MappabilityAbschnitte, in denen 100 oder 250 bp lange Reads nicht eindeutig zugeordnet werden können, sodass ein Befund dort fehlen oder falsch sein kann. Gewicht 35 %.0 %
- HomologieSegmentale Duplikationen: Kopien an anderer Stelle im Genom, etwa Paralogen und Pseudogene, mit 90 % Identität oder mehr. Gewicht 30 %.0 %
- WiederholungenTandemwiederholungen und Läufe aus einer einzelnen Base, an denen Reads abrutschen und die sie möglicherweise nicht überspannen. Gewicht 15 %.2,8 %
- GC-GehaltFenster mit weniger als 25 % oder mehr als 65 % G- und C-Anteil, die die Bibliotheksvorbereitung nur schlecht abdeckt. Gewicht 10 %.0 %
- ReferenzabdeckungLücken in der nahegelegenen Referenzsequenz, an der Reads keine Sequenz finden, an der sie sich ausrichten können. Gewicht 10 %.0 %
Externe Links
Gendatensätze
Transkript
Herkunft der Daten
- HGNC: das Gensymbol, der Name, weitere Symbole und die Lage des Gens.
- MANE Select v1.5 von NCBI und EMBL-EBI: das Transkript, seine Exons und die kodierende Sequenz.
- Die Genome-in-a-Bottle-Genomstratifizierungen des NIST: der Schwierigkeitswert der Sequenzierung.
Diese Seite zitieren
Dante Labs. (o. J.). LINC01488-Gen: long independently transcribed non-coding RNA 1488. Abgerufen am 17. Oktober 2026, von https://dantelabs.com/de/genes/linc01488
Dante Labs. LINC01488-Gen: long independently transcribed non-coding RNA 1488 [Internet]. [zitiert am 17. Oktober 2026]. Verfügbar unter: https://dantelabs.com/de/genes/linc01488
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