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Gene

SDR16C5

short chain dehydrogenase/reductase family 16C member 5

Resumo

Localização citogenética
8q12.1
Coordenadas
Cromossoma 8: 56 300 005–56 320 175 (GRCh38)
Exões
7 exões ao longo de 20,2 kb
Proteína
309 aminoácidos
Também conhecido como
RDHE2, RDH-E2, EPHD-2
Transcrito MANE Select
ENST00000303749.8NM_138969.4
Tipo de locus
Codificantes de proteínas
  • Muito elevada
  • Confiável
  • Baixa
  • Muito baixa

Relatórios com curadoria relevantes para este gene

Nenhum relatório do Genome Test analisa SDR16C5 ainda. O teste sequencia todo o seu genoma, pelo que os seus dados o incluem igualmente.

Como SDR16C5 está organizado

  • Sequência codificante
  • Região não traduzida
  • Intrão
  • Sentido da transcrição
  • Regiões onde as leituras curtas têm dificuldade
Cromossoma 8, com um parêntese onde se situa SDR16C5. SDR16C5 e 7 genes próximos no cromossoma 8, de 55 810 090 a 56 810 089.Cromossoma 88q12.1p23.3p23.2p23.1p22p21.3p21.2p21.1p12p11.23p11.22p11.21p11.1q11.1q11.21q11.22q11.23q12.1q12.2q12.3q13.1q13.2q13.3q21.11q21.12q21.13q21.2q21.3q22.1q22.2q22.3q23.1q23.2q23.3q24.11q24.12q24.13q24.21q24.22q24.23q24.356 Mb56,2 Mb56,4 Mb56,6 Mb56,8 MbTGS1: 55 773 065–55 827 247, fita diretaTGS1LYN: 55 879 797–56 014 169, fita diretaLYNRPS20: 56 020 034–56 074 575, fita inversaRPS20MOS: 56 112 942–56 113 982, fita inversaMOSPLAG1: 56 160 909–56 211 357, fita inversaPLAG1CHCHD7: 56 211 560–56 218 809, fita diretaCHCHD7SDR16C5: 56 300 005–56 320 175, fita inversaSDR16C5PENK: 56 436 674–56 448 048, fita inversaPENKDiagrama de SDR16C5: 7 exões na cadeia inversa do cromossoma 8Exão 7: 56 300 005–56 301 573, 1569 basesExão 6: 56 305 597–56 305 722, 126 basesExão 5: 56 306 676–56 306 820, 145 basesExão 4: 56 308 928–56 309 027, 100 basesExão 3: 56 312 157–56 312 288, 132 basesExão 2: 56 316 015–56 316 361, 347 basesExão 1: 56 320 059–56 320 175, 117 bases76543215′3′

Exões do transcrito MANE Select do gene (versão v1.5), da NCBI e da EMBL-EBI, na montagem de referência GRCh38.

Bandas cromossómicas do ideograma GRCh38 da UCSC (2022-10-29).

Genes próximos da versão 116 do Ensembl, em GRCh38.

Os exões representam 2,5 kb dos 20,2 kb do gene; 930 dessas bases codificam a proteína.

Sequenciação de SDR16C5

1Fácil

Grau de dificuldade de sequenciar SDR16C5 com leituras curtas, numa escala de 0 a 100

Quase todos os exões de SDR16C5 se encontram em zonas onde as leituras curtas se alinham de forma limpa.

Fatores que contribuem: a proporção dos exões de SDR16C5 em cada tipo de região difícil

  • Mappability0%
  • Homologia0%
  • Repetições2,4%
  • Conteúdo GC4,9%
  • Cobertura da referência0%

Uma pontuação da Dante Labs, baseada na nossa própria investigação e nos mapas de regiões de difícil sequenciação Genome in a Bottle do NIST.Como é calculada a pontuação

Ligações externas

De onde vem isto

  • HGNC: o símbolo do gene, o nome, outros símbolos e a localização.
  • MANE Select v1.5, da NCBI e da EMBL-EBI: o transcrito, os seus exões e a sequência codificante.
  • As estratificações do genoma Genome in a Bottle, do NIST: a pontuação de dificuldade de sequenciação.

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APA

Dante Labs. (s.d.). Gene SDR16C5: short chain dehydrogenase/reductase family 16C member 5. Consultado em 18 de outubro de 2026, em https://dantelabs.com/pt/genes/sdr16c5

Vancouver

Dante Labs. Gene SDR16C5: short chain dehydrogenase/reductase family 16C member 5 [Internet]. [consultado em 18 de outubro de 2026]. Disponível em: https://dantelabs.com/pt/genes/sdr16c5

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