Siirry sisältöön
Käytä HSA- tai FSA-varojasi
Sekvensoi genomisi (avautuu uuteen välilehteen)

Geeni

PPP1R42

protein phosphatase 1 regulatory subunit 42

Yhteenveto

Sytogeneettinen sijainti
8q13.1
Koordinaatit
Kromosomi 8: 66 964 103–67 028 554 (GRCh38)
Eksonit
8 eksonia 64,5 kb:n alueella
Proteiini
271 aminohappoa
Tunnetaan myös nimellä
dtr, TLLR
Aiemmat symbolit
LRRC67
MANE Select -transkripti
ENST00000685739.1NM_001364910.1
Lokustyyppi
Proteiinia koodaava
  • Erittäin korkea
  • Varma
  • Matala
  • Erittäin matala

Tähän geeniin liittyviä kuratoituja raportteja

Mikään Genome Test -raportti ei vielä lue geeniä PPP1R42. Testi sekvensoi koko genomisi, joten tiedoissasi on se silti.

PPP1R42-geenin rakenne

  • Koodaava jakso
  • Translatoimaton alue
  • Intron
  • Transkription suunta
  • Alueet, joita lyhyillä lukemilla on vaikea lukea
Kromosomi 8, jossa hakasulke osoittaa PPP1R42-geenin sijainnin. PPP1R42 ja 12 geeniä sen läheisyydessä kromosomissa 8, välillä 66 496 329–67 496 328.Kromosomi 88q13.1p23.3p23.2p23.1p22p21.3p21.2p21.1p12p11.23p11.22p11.21p11.1q11.1q11.21q11.22q11.23q12.1q12.2q12.3q13.1q13.2q13.3q21.11q21.12q21.13q21.2q21.3q22.1q22.2q22.3q23.1q23.2q23.3q24.11q24.12q24.13q24.21q24.22q24.23q24.366,6 Mb66,8 Mb67 Mb67,2 Mb67,4 Mb: 66 432 486–66 518 524, juoste eteenpäinVXN: 66 492 326–66 518 524, juoste eteenpäinVXNMYBL1: 66 562 175–66 614 247, juoste taaksepäinMYBL1VCPIP1: 66 628 487–66 667 263, juoste taaksepäinVCPIP1C8orf44-SGK3: 66 667 596–66 860 472, juoste eteenpäinC8orf44-SGK3SGK3: 66 712 484–66 862 022, juoste eteenpäinSGK3MCMDC2: 66 870 749–66 922 048, juoste eteenpäinMCMDC2TCF24: 66 946 491–66 962 626, juoste taaksepäinTCF24PPP1R42: 66 964 103–67 028 554, juoste taaksepäinPPP1R42COPS5: 67 037 579–67 083 783, juoste taaksepäinCOPS5CSPP1: 67 062 381–67 196 778, juoste eteenpäinCSPP1ARFGEF1: 67 173 511–67 343 961, juoste taaksepäinARFGEF1CPA6: 67 421 106–67 746 378, juoste taaksepäinCPA6PPP1R42-kaavio: 8 eksonia kromosomin 8 juosteella, taaksepäinEkson 8: 66 964 103–66 964 334, 232 emästäEkson 7: 66 982 049–66 982 180, 132 emästäEkson 6: 66 988 400–66 988 517, 118 emästäEkson 5: 67 010 715–67 010 831, 117 emästäEkson 4: 67 012 958–67 013 096, 139 emästäEkson 3: 67 014 426–67 014 592, 167 emästäEkson 2: 67 017 619–67 017 831, 213 emästäEkson 1: 67 028 491–67 028 554, 64 emästä876543215′3′

Geenin MANE Select -transkriptin eksonit (julkaisu v1.5), lähteinä NCBI ja EMBL-EBI, GRCh38-referenssigenomissa.

Kromosomivyöhykkeet UCSC:n GRCh38-ideogrammista (2022-10-29).

Lähellä olevat geenit Ensembl-julkaisusta 116, GRCh38-kokoonpanossa.

Eksonit muodostavat 1,2 kb geenin 64,5 kb:stä; 816 näistä emäksistä koodaa proteiinia.

PPP1R42-geenin sekvensointi

4Helppo

Kuinka vaikea PPP1R42-geeni on sekvensoida lyhyillä lukemilla, asteikolla 0–100

Lähes kaikki PPP1R42-geenin eksonit sijaitsevat kohdissa, joihin lyhyet lukemat kohdistuvat selvästi.

Tähän vaikuttaa myös se, kuinka suuri osa PPP1R42-geenin eksoneista on kussakin vaikeassa aluetyypissä.

  • Kartoitettavuus0 %
  • Homologia0 %
  • Yhteinen chrY:n kanssa0 %
  • Referenssin kattavuus0 %
  • Toistot1,4 %
  • GC-pitoisuus17 %

Dante Labsin oma pisteytys omasta tutkimuksestamme, joka perustuu NISTin Genome in a Bottle -karttoihin vaikeasti sekvensoituvista alueista.Näin pisteet lasketaan

Ulkoiset linkit

Mistä tiedot ovat peräisin

  • HGNC: geenin symboli, nimi, muut symbolit ja sijainti.
  • MANE Select v1.5, NCBI:ltä ja EMBL-EBI:ltä: transkriptio, sen eksonit ja koodaava sekvenssi.
  • Genome in a Bottle -genomistratifikaatiot NIST:ltä: sekvensoinnin vaikeuspisteet.

Viittaa tähän sivuun

APA

Dante Labs. (n.d.). PPP1R42-geeni: protein phosphatase 1 regulatory subunit 42. Haettu 19. lokakuuta 2026, osoitteesta https://dantelabs.com/fi/genes/ppp1r42

Vancouver

Dante Labs. PPP1R42-geeni: protein phosphatase 1 regulatory subunit 42 [Internet]. [viitattu 19. lokakuuta 2026]. Saatavilla: https://dantelabs.com/fi/genes/ppp1r42

Yksi testi. Vastauksia koko elämäksi.

Alkaen 449 $Ilmainen toimitus · Tulokset 6–8 viikossa

Tilaa Genome Test