Siirry sisältöön
Käytä HSA- tai FSA-varojasi
Sekvensoi genomisi (avautuu uuteen välilehteen)

Geeni

CPHXL2

cytoplasmic polyadenylated homeobox like 2

Yhteenveto

Sytogeneettinen sijainti
16q23.1
Koordinaatit
Kromosomi 16: 75 660 227–75 677 009 (GRCh38)
Eksonit
3 eksonia 16,8 kb:n alueella
Proteiini
400 aminohappoa
MANE Select -transkripti
ENST00000640173.1NM_001395862.1
Lokustyyppi
Proteiinia koodaava
  • Erittäin korkea
  • Varma
  • Matala
  • Erittäin matala

Tähän geeniin liittyviä kuratoituja raportteja

Mikään Genome Test -raportti ei vielä lue geeniä CPHXL2. Testi sekvensoi koko genomisi, joten tiedoissasi on se silti.

CPHXL2-geenin rakenne

  • Koodaava jakso
  • Translatoimaton alue
  • Intron
  • Transkription suunta
  • Alueet, joita lyhyillä lukemilla on vaikea lukea
Kromosomi 16, jossa hakasulke osoittaa CPHXL2-geenin sijainnin. CPHXL2 ja 17 geeniä sen läheisyydessä kromosomissa 16, välillä 75 168 618–76 168 617.Kromosomi 1616q23.1p13.3p13.2p13.13p13.12p13.11p12.3p12.2p12.1p11.2p11.1q11.1q11.2q12.1q12.2q13q21q22.1q22.2q22.3q23.1q23.2q23.3q24.1q24.2q24.375,2 Mb75,4 Mb75,6 Mb75,8 Mb76 MbZFP1: 75 148 494–75 172 254, juoste eteenpäinZFP1CTRB2: 75 204 099–75 207 175, juoste taaksepäinCTRB2CTRB1: 75 218 981–75 226 338, juoste eteenpäinCTRB1BCAR1: 75 228 181–75 268 053, juoste taaksepäinBCAR1CFDP1: 75 293 698–75 434 215, juoste taaksepäinCFDP1: 75 412 684–75 464 706, juoste taaksepäinTMEM170A: 75 443 054–75 465 497, juoste taaksepäinTMEM170ACHST6: 75 472 052–75 495 478, juoste taaksepäinCHST6CHST5: 75 528 530–75 536 117, juoste taaksepäinCHST5: 75 528 532–75 545 428, juoste taaksepäinTMEM231: 75 536 573–75 556 289, juoste taaksepäinTMEM231GABARAPL2: 75 566 350–75 594 459, juoste eteenpäinGABARAPL2ADAT1: 75 596 868–75 623 301, juoste taaksepäinADAT1KARS1: 75 624 160–75 648 663, juoste taaksepäinKARS1TERF2IP: 75 647 725–75 761 872, juoste eteenpäinTERF2IPCPHXL2: 75 660 227–75 677 009, juoste taaksepäinCPHXL2DUXB: 75 693 893–75 701 461, juoste taaksepäinDUXBCPHXL: 75 714 131–75 726 490, juoste taaksepäinCPHXLCPHXL2-kaavio: 3 eksonia kromosomin 16 juosteella, taaksepäinEkson 3: 75 660 227–75 661 249, 1 023 emästäEkson 2: 75 669 363–75 669 556, 194 emästäEkson 1: 75 676 987–75 677 009, 23 emästä3215′3′

Geenin MANE Select -transkriptin eksonit (julkaisu v1.5), lähteinä NCBI ja EMBL-EBI, GRCh38-referenssigenomissa.

Kromosomivyöhykkeet UCSC:n GRCh38-ideogrammista (2022-10-29).

Lähellä olevat geenit Ensembl-julkaisusta 116, GRCh38-kokoonpanossa.

Eksonit muodostavat 1,2 kb geenin 16,8 kb:stä; 1 203 näistä emäksistä koodaa proteiinia.

Sekvensointi: CPHXL2

6Helppo

Kuinka vaikea CPHXL2 on sekvensoida lyhyin lukemin, asteikolla 0–100

Lähes kaikki geenin CPHXL2 eksonit sijaitsevat alueilla, joilla lyhyet lukemat kartoittuvat selvästi.

Lisäksi vaikuttaa: geenin CPHXL2 eksonien osuus kussakin vaikeassa alueluokassa

  • Kartoitettavuus9,2 %
  • Homologia0 %
  • Toistot17 %
  • GC-pitoisuus0 %
  • Referenssikattavuus0 %

Dante Labsin oman tutkimukseen perustuva pistemäärä, joka pohjautuu NISTin Genome in a Bottle -karttoihin vaikeasti sekvensoitavista alueista.Miten pistemäärä lasketaan

Ulkoiset linkit

Mistä tiedot ovat peräisin

  • HGNC: geenin symboli, nimi, muut symbolit ja sijainti.
  • MANE Select v1.5, NCBI:ltä ja EMBL-EBI:ltä: transkriptio, sen eksonit ja koodaava sekvenssi.
  • Genome in a Bottle -genomistratifikaatiot NIST:ltä: sekvensoinnin vaikeuspisteet.

Viittaa tähän sivuun

APA

Dante Labs. (n.d.). CPHXL2-geeni: cytoplasmic polyadenylated homeobox like 2. Haettu 18. lokakuuta 2026, osoitteesta https://dantelabs.com/fi/genes/cphxl2

Vancouver

Dante Labs. CPHXL2-geeni: cytoplasmic polyadenylated homeobox like 2 [Internet]. [viitattu 18. lokakuuta 2026]. Saatavilla: https://dantelabs.com/fi/genes/cphxl2

Yksi testi. Vastauksia koko elämäksi.

Alkaen 449 $Ilmainen toimitus · Tulokset 6–8 viikossa

Tilaa Genome Test