Gen
ALKBH4
alkB homolog 4, lysine demethylase
- HGNC 21900↗(se abre en una pestaña nueva)
- Gen de Ensembl ENSG00000160993↗(se abre en una pestaña nueva)
- Gen de NCBI 54784↗(se abre en una pestaña nueva)
Resumen
- Localización citogenética
- 7q22.1
- Coordenadas
- Cromosoma 7: 102.456.238–102.464.863 (GRCh38)
- Exones
- 3 exones en 8,6 kb
- Proteína
- 302 aminoácidos
- También conocido como
- FLJ20013
- Transcrito MANE Select
- ENST00000292566.4NM_017621.4
- Tipo de locus
- Codificantes de proteínas
- Muy alta
- Alta
- Baja
- Muy baja
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Estructura de ALKBH4
- Secuencia codificante
- Región no traducida
- Intrón
- Sentido de la transcripción
- Regiones que las lecturas cortas tienen dificultad para leer
Exones del transcrito MANE Select del gen (versión v1.5), de NCBI y EMBL-EBI, sobre el genoma de referencia GRCh38.
Bandas cromosómicas del ideograma GRCh38 de UCSC (2022-10-29).
Genes cercanos de Ensembl, versión 116, en GRCh38.
Los exones suman 2,1 kb de los 8,6 kb del gen; 909 de esas bases codifican la proteína.
Secuenciación de ALKBH4
4Baja
Dificultad de secuenciar ALKBH4 con lecturas cortas, sobre 100Cada barra es la proporción de las bases de exones de ALKBH4 que se encuentran en ese tipo de región difícil. La puntuación las pondera según el coste de cada una para una llamada con lecturas cortas: 0 cuando ninguna base está en ninguna, 100 cuando todas las bases están en todas ellas.
- MapeabilidadTramos donde las lecturas de 100 o 250 pb no pueden ubicarse de forma única, por lo que una llamada allí puede faltar o ser incorrecta. Peso 35 %.0 %
- HomologíaDuplicaciones segmentarias: copias en otras partes del genoma, como parálogos y pseudogenes, con una identidad del 90 % o superior. Peso 30 %.0 %
- RepeticionesRepeticiones en tándem y series de una sola base, en las que las lecturas se deslizan y pueden no abarcarlas. Peso 15 %.2 %
- Contenido GCVentanas con menos del 25 % o más del 65 % de G y C, zonas que la preparación de biblioteca cubre escasamente. Peso 10 %.39 %
- Cobertura de referenciaHuecos en el ensamblaje de referencia cercano, donde no hay secuencia a la que alinear las lecturas. Peso 10 %.0 %
Enlaces externos
Registros del gen
Transcrito
Proteína
De dónde procede
- HGNC: el símbolo del gen, su nombre, otros símbolos y su localización.
- MANE Select v1.5, de NCBI y EMBL-EBI: el transcrito, sus exones y la secuencia codificante.
- Las estratificaciones del genoma de Genome in a Bottle, del NIST: la puntuación de dificultad de secuenciación.
Citar esta página
Dante Labs. (s. f.). Gen ALKBH4: alkB homolog 4, lysine demethylase. Consultado el 17 de octubre de 2026, en https://dantelabs.com/es/genes/alkbh4
Dante Labs. Gen ALKBH4: alkB homolog 4, lysine demethylase [Internet]. [citado 17 de octubre de 2026]. Disponible en: https://dantelabs.com/es/genes/alkbh4
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