Gen
SPMIP8
sperm microtubule inner protein 8
- HGNC 33745↗(öppnas i en ny flik)
- Ensembl-gen ENSG00000159648↗(öppnas i en ny flik)
- NCBI Gene 374739↗(öppnas i en ny flik)
Sammanfattning
- Cytogenetisk position
- 16q21
- Koordinater
- Kromosom 16: 57 976 544–57 988 116 (GRCh38)
- Exoner
- 8 exoner på 11,6 kb
- Protein
- 216 aminosyror
- Tidigare symboler
- TEPP
- MANE Select-transkript
- ENST00000441824.4NM_199456.3
- Lokustyp
- Proteinkodande
- Mycket hög
- Säker
- Låg
- Mycket låg
Den här sidan som data
Lägg till .json i sidans adress, eller begär application/json, för att läsa den som JSON.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/spmip8.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameLäs SPMIP8, och resten av ditt genom, med ett test.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor
Beställ mitt Genome TestKuraterade rapporter som är relevanta för denna gen
Ingen Genome Test-rapport läser SPMIP8 ännu. Testet sekvenserar hela ditt genom, så dina data innehåller den ändå.
Så är SPMIP8 uppbyggd
- Kodande sekvens
- Otranslaterad region
- Intron
- Transkriptionsriktning
- Sträckor som korta läsningar har svårt för
Exoner i genens MANE Select-transkript (version v1.5), från NCBI och EMBL-EBI, på referensgenomet GRCh38.
Kromosombanden från UCSC:s GRCh38-ideogram (2022-10-29).
Närliggande gener från Ensembl-version 116, på GRCh38.
Exoner utgör 1,4 kb av genens 11,6 kb, och 651 av dessa baser kodar för proteinet.
Sekvensering av SPMIP8
2Lätt
Hur svår SPMIP8 är att sekvensera med korta läsningar, av 100
0 · Lätt100 · Svår
Nästan alla exoner i SPMIP8 ligger där korta läsningar kan kartläggas tydligt.
Det som tillkommer: andelen av SPMIP8s exoner i varje typ av svårsekvenserad region
- KartläggbarhetSträckor där 100 eller 250 bp långa läsningar inte kan placeras entydigt, så att ett anrop där kan saknas eller vara fel. Vikt 35 %.0 %
- HomologiSegmentella duplikationer: kopior på andra ställen i genomet, till exempel paraloger och pseudogener, med 90 % identitet eller mer. Vikt 30 %.0 %
- UpprepningarTandemupprepningar och serier av en och samma bas, som läsningar glider på och kanske inte täcker. Vikt 15 %.0 %
- GC-innehållFönster med under 25 % eller över 65 % G och C, som biblioteksberedningen täcker tunt. Vikt 10 %.23 %
- ReferenstäckningLuckor i den närliggande referensmonteringen, där det inte finns någon sekvens som läsningarna kan anpassas mot. Vikt 10 %.0 %
En poäng från Dante Labs egen forskning, baserad på NIST:s Genome in a Bottle-kartor över svårsekvenserade regioner.Så poängsätts detVarje stapel är andelen av SPMIP8s exonbaser i den typen av svår region. Poängen väger dem efter hur mycket var och en kostar ett anrop med korta läsningar: 0 när ingen bas ligger i någon av dem, 100 när varje bas ligger i alla.
Externa länkar
Genposter
Transkript
Protein
Varifrån detta kommer
- HGNC: genens symbol, namn, andra symboler och position.
- MANE Select v1.5, från NCBI och EMBL-EBI: transkriptet, dess exoner och kodande sekvens.
- Genome in a Bottle-stratifieringarna från NIST: poängen för sekvenseringssvårighet.
Citera den här sidan
Dante Labs. (u.å.). SPMIP8-genen: sperm microtubule inner protein 8. Hämtad 18 oktober 2026, från https://dantelabs.com/sv/genes/spmip8
Dante Labs. SPMIP8-genen: sperm microtubule inner protein 8 [Internet]. [citerad 18 oktober 2026]. Tillgänglig på: https://dantelabs.com/sv/genes/spmip8
Ett test. Ett helt liv av svar.
Från 449 $Fri frakt · Resultat inom 6–8 veckor