Úvod
V rýchlo sa rozvíjajúcom svete genomiky sa technológie sekvenovania s dlhými čítaniami stali nevyhnutnými pre analýzu zložitých genomických regiónov, štrukturálnych variácií a transkriptov v plnej dĺžke. Dve z popredných platforiem v tejto oblasti sú Oxford Nanopore Technologies (ONT) a Pacific Biosciences (PacBio). Obidve majú jedinečné výhody a ovplyvňujú spôsob, akým výskumníci pristupujú k sekvenovaniu, ale ako si stoja v porovnaní?
Čo je sekvenovanie s dlhými čítaniami?
Sekvenovanie s dlhými čítaniami označuje technológie, ktoré sú schopné na jedno čítanie zaznamenať fragmenty DNA alebo RNA s dĺžkou niekoľkých tisíc či dokonca miliónov báz. V porovnaní s metódami s krátkymi čítaniami to umožňuje lepšie zostavenie genómu, menej medzier a lepšiu detekciu štrukturálnych variácií.
Oxford Nanopore Technologies (ONT)
Ako to funguje
Technológia ONT využíva nanopóry zabudované do membrány. Keď vlákna DNA alebo RNA prechádzajú nanopórom, merajú sa zmeny elektrického prúdu, čím sa v reálnom čase identifikuje každá báza.
Hlavné prednosti
- Prúdovanie údajov v reálnom čase
- Prenosné zariadenia (napr. MinION)
- Škálovateľné od malých laboratórií až po projekty na úrovni populácie
- Extrémne dlhé sekvencie (možné aj nad 1 Mb)
- Neustále aktualizácie v oblasti chémie a softvéru
Príklady použitia
Ideálne pre sekvenovanie v teréne, rýchlu detekciu patogénov, metagenomiku a projekty, ktoré vyžadujú prenosnosť alebo analýzu údajov priamo na mieste.
Pacific Biosciences (PacBio)
Ako to funguje
Sekvenovanie SMRT (Single Molecule Real-Time) spoločnosti PacBio využíva vlnovody s nulovým režimom na monitorovanie DNA polymerázy počas syntézy novej DNA, pričom zachytáva fluorescenčné signály zo značených nukleotidov.
Hlavné prednosti
- Vysoká presnosť s čítaním HiFi (Q20+)
- Vynikajúce na identifikáciu štrukturálnych variantov
- Výrazná podpora zostavovania sekvencií de novo
- Neustále zlepšovanie priepustnosti a rýchlosti
Príklady použitia
Vynikajúce pre zostavovanie genómov referenčnej kvality, transkriptomiku, epigenetiku a aplikácie vyžadujúce vysoko presné čítania.
Porovnanie vedľa seba
Ktorý z nich by ste si mali vybrať?
Odpoveď závisí od cieľov vášho projektu:
- Zvoľte si Oxford Nanopore, ak potrebujete prenosnosť, výsledky v reálnom čase alebo mimoriadne dlhé sekvencie.
- Zvoľte PacBio, ak je vašou prioritou mimoriadne vysoká presnosť a detekcia štrukturálnych variantov.
Naša technická podpora v spoločnosti Dante Omics AI
V spoločnosti Dante Omics AI podporujeme obe platformy a pomáhame klientom zvoliť si stratégiu sekvenovania, ktorá najlepšie vyhovuje ich konkrétnym potrebám. Nech už pracujete so zložitými genómami, transkriptomikou alebo štúdiami na populačnej úrovni, náš bioinformatický tím zaručuje presnú interpretáciu a spoľahlivé výsledky.
Záver
Spoločnosti Oxford Nanopore a PacBio každá svojím spôsobom priniesli revolúciu v sekvenovaní s dlhými čítaniami. Poznanie ich príslušných predností pomáha výskumníkom a lekárom prijímať informované rozhodnutia v rámci ich genomických pracovných postupov.
Ak potrebujete pomoc s výberom vhodnej platformy alebo sa chcete zoznámiť s našimi službami v oblasti sekvenovania a interpretácie údajov, kontaktujte nás ešte dnes.
Získajte nové príspevky od Dante Labs
Informácie z oblasti genomiky, novinky o produktoch a klinické pohľady – priamo do vašej e-mailovej schránky.
