Keď si necháte urobiť krvný test, výsledok je akousi momentkou – presnou v danom okamihu, ale o rok neskôr už bezvýznamnou. Keď si necháte sekvencovať celý genóm, výsledok je trvalý. Vaša sekvencia DNA sa nemení. Mení sa však vedecký výklad týchto údajov – a práve to robí sekvencovanie celého genómu zásadne odlišným od akéhokoľvek iného zdravotného testu.
Vaše údaje sú nemenné. Veda však nie je.
Každý mesiac vedci z celého sveta zverejňujú nové zistenia, ktoré spájajú genetické varianty s chorobami, reakciami na lieky a zdravotným stavom. Databáza ClinVar – hlavný verejný archív vzťahov medzi variantmi a chorobami – sa každý rok rozširuje o tisíce nových záznamov. Toto tempo sa zrýchľuje, keďže pre analýzy na úrovni populácie sú k dispozícii rozsiahlejšie súbory genomických údajov.
To znamená, že varianta vo vašom genóme, ktorá je dnes klasifikovaná ako „varianta s neistým významom“ (VUS), môže byť na budúci rok preklasifikovaná na patogénnu – keď sa nazbiera dostatok dôkazov z klinických štúdií. Naopak, varianta, ktorá sa pôvodne javila ako znepokojujúca, môže byť preklasifikovaná na menej závažnú, keď bude k dispozícii viac údajov o populácii.
Kľúčová otázka znie: vykonáva váš poskytovateľ testov pri týchto aktualizáciách opätovnú analýzu vašich údajov?
Prečo väčšina testov zostáva nemenná
Genotypizačné testy pre spotrebiteľov – aké ponúkajú spoločnosti 23andMe, AncestryDNA a podobné služby – analyzujú vopred vybraný súbor genetických pozícií na čipe. Správa, ktorú dostanete, odráža to, čo bolo o týchto konkrétnych pozíciách známe v deň, keď bol čip navrhnutý. Ak veda objaví niečo nové o variante, ktorá nebola na čipe, alebo preklasifikuje variantu, ktorá tam bola, vaše výsledky sa neaktualizujú — pretože základné údaje sú neúplné.
Toto obmedzenie sa týka dokonca aj niektorých klinických testov. Cielené genové panely analyzujú iba gény, ktoré sú v paneli zahrnuté. Ak by budúci výskum identifikoval klinicky významnú variantu v géne, ktorý nebol súčasťou vášho panelu, na jej zistenie by ste potrebovali nový test.
Ako funguje opätovná analýza celého genómu
Sekvenovanie celého genómu zachytáva každú pozíciu vo vašom genóme – približne 6,4 miliardy bázových párov. To znamená, že váš dátový súbor je kompletný už od prvého dňa. Nič nebolo vynechané. Nič nie je potrebné znova zbierať.
Keď sa zverejnia nové súvislosti medzi variantmi a ochoreniami a budú klinicky potvrdené, surové údaje z vášho pôvodného sekvenovania je možné opätovne analyzovať na základe aktualizovaných databáz. Môžu sa tak odhaliť nové klinicky významné zistenia, ktoré v čase vášho pôvodného testu neboli známe – a to bez nutnosti odberu krvi, novej súpravy alebo nového testu.
V spoločnosti Dante Labs prebieha táto opätovná analýza automaticky prostredníctvom platformy Genome Manager. Keď v rámci nášho procesu klinického posudzovania potvrdíme nové súvislosti medzi variantmi a ochoreniami, vaše správy sa aktualizujú tak, aby odrážali najnovšie vedecké poznatky. O všetkých klinicky relevantných zmenách budete informovaní.
Ako to vyzerá v praxi
Uvažujme o príklade z praxe: za roky, čo ClinVar začal sledovať klasifikáciu variantov, bolo približne 7 % všetkých klasifikovaných variantov aspoň raz preklasifikovaných, keď sa objavili nové dôkazy. Niektoré varianty VUS boli preklasifikované na patogénne. Niektoré pravdepodobne patogénne varianty boli preklasifikované na menej závažné. Tieto preklasifikácie majú priame klinické dôsledky — menia odporúčania týkajúce sa skríningu, výberu vhodných liekov a toho, ktorí členovia rodiny by mali podstúpiť testovanie.
Ak máte k dispozícii kompletný súbor údajov o genóme, tieto preklasifikácie sa automaticky premietnu do vašich správ. Ak máte neúplný súbor údajov – teda ak ide o menej ako sekvenovanie celého genómu – nemusí k tomu dôjsť, buď preto, že príslušná varianta nebola testovaná, alebo preto, že poskytovateľ neponúka opätovnú analýzu.
Ekonomika jednorazového sekvenovania
Existuje aj praktický argument. Sekvenovanie celého genómu stojí len zlomok toho, čo stálo pred piatimi rokmi – a tento trend naďalej klesá. Pri výpočte však nejde len o dnešnú cenu. Ide o celkové náklady na genetické informácie počas celého životného cyklu.
Ak si dnes necháte urobiť test s určitým panelom a na budúci rok iný test s iným panelom – či už preto, že sa zmenila vaša klinická otázka, alebo preto, že do panelu boli pridané nové gény – platíte dvakrát za neúplný obraz toho istého genómu. Sekvenovanie celého genómu zachytí všetko naraz. Na každú budúcu otázku sa odpovie na základe toho istého súboru údajov.
Záver
Váš genóm je jediný zdravotný test, ktorého hodnota po vykonaní ešte stúpa. Nie preto, že by sa vaša DNA menila – to sa totiž nedeje. Ale preto, že veda, ktorá ju analyzuje, sa neustále vyvíja. Jedinou podmienkou je, aby pôvodný test zachytil všetko. A presne to sekvenovanie celého genómu robí.
Zistite viac o genetickom teste Dante Labs →
Získajte nové príspevky od Dante Labs
Informácie z oblasti genomiky, novinky o produktoch a klinické pohľady – priamo do vašej e-mailovej schránky.
