Spoločnosť Dante Omics AI v spolupráci s Rockefellerovou univerzitou, laboratóriom Giunta Lab a sieťou globálnych partnerov zostavila najúplnejší a najpresnejší diploidný referenčný genóm pre bunkovú líniu RPE-1 – jeden z najčastejšie používaných štandardov pri komplexných experimentoch v oblasti bunkového inžinierstva.
Tento míľnik poskytuje výskumníkom po celom svete skutočný „zdrojový kód“, ktorý otvára cestu k hlbšiemu pochopeniu štrukturálnej zložitosti, genomovej stability a inžinierstva založeného na CRISPR.
Prečo je to dôležité
Rad RPE-1 je celosvetovým štandardom v bunkovej biológii, výskume rakoviny a úprave genómu. Doposiaľ však bol jeho genóm neúplný, pričom kľúčové oblasti boli nejasné alebo chýbali.
Naša nová zostava to mení:
► Diploidná úplnosť – identifikácia materských aj otcovských haplotypov na všetkých chromozómoch.► Mimoriadne vysoká presnosť – > 99,9999 % na viacerých chromozómoch.► Úplné pokrytie komplexných oblastí – zmapované sú teraz centroméry, repetitívne sekvencie a štrukturálne náročné úseky DNA.► Integrácia viacerých platforiem – údaje z krátkych sekvencií Illumina, PacBio HiFi, dlhých sekvencií Oxford Nanopore a doplnkových zdrojov.► Otvorený prístup – zostavenie RPE1v1.1 je teraz dostupné prostredníctvom NCBI a prehliadača genómov UCSC.
Spoločný úspech
Tento projekt sa podarilo zrealizovať len vďaka spoločným odborným znalostiam globálneho konzorcia, ktorého súčasťou sú:
Rockefellerova univerzitaLaboratórium GiuntaRímska univerzita SapienzaUniverzita v TennesseeVedecký park v oblasti TerstuUniverzita v L’AquileDante Omics AI
Ako vysvetlil Andrea Riposati, generálny riaditeľ spoločnosti Dante Omics AI: „Predstavte si, že by ste ladili softvér bez časti zdrojového kódu. Vďaka tomuto zostaveniu majú výskumníci konečne k dispozícii kompletný a presný ‚zdrojový kód‘ buniek RPE-1 – vrátane tých najzložitejších oblastí, ktoré boli doteraz neviditeľné.“
Dôsledky pre vedu a medicínu
Nový štandard v oblasti bunkového inžinierstva: techniky CRISPR a ďalšie techniky úpravy génov sa teraz môžu opierať o spoľahlivejší referenčný materiál.Hlbšie skúmanie zložitosti DNA: centroméry a repetitívne sekvencie, ktoré boli kedysi nedostupné, sú teraz prístupné na štúdium.Širší dosah naprieč výskumnými oblasťami: od onkológie po syntetickú biológiu – tento genóm zvyšuje presnosť experimentov po celom svete.Vzor pre budúce zostavenia: tento prístup je možné rozšíriť na ďalšie bunkové línie a druhy.
Záver
Od rozmazaného obrazu k rozlíšeniu 4K: DNA je viac než len nadpis – znamená zlom v genómovom výskume. Kombináciou multiomiky urýchlenej umelou inteligenciou a najmodernejších technológií sekvenovania spoločnosť Dante Omics AI a jej partneri vytvorili doteraz najjasnejší genómový plán pre jeden z najdôležitejších bunkových modelov v biológii.
➡ Prečítajte si tlačovú správu na BusinessWire
Získajte nové príspevky od Dante Labs
Informácie z oblasti genomiky, novinky o produktoch a klinické pohľady – priamo do vašej e-mailovej schránky.
