Gen
SLCO1C1
solute carrier organic anion transporter family member 1C1
- HGNC 13819↗(otwiera się w nowej karcie)
- Gen Ensembl ENSG00000139155↗(otwiera się w nowej karcie)
- NCBI Gene 53919↗(otwiera się w nowej karcie)
Podsumowanie
- Lokalizacja cytogenetyczna
- 12p12.2
- Współrzędne
- Chromosom 12: 20 695 332–20 753 386 (GRCh38)
- Eksony
- 15 eksonów na odcinku 58,1 kb
- Białko
- 712 aminokwasów
- Znany również jako
- OATP-F, OATP1C1, OATP1
- Poprzednie symbole
- SLC21A14
- Transkrypt MANE Select
- ENST00000266509.7NM_017435.5
- Typ locus
- Kodujące białko
- Bardzo wysoka
- Pewna
- Niska
- Bardzo niska
Ta strona jako dane
Aby odczytać ją jako JSON, dodaj .json na końcu adresu strony lub zażądaj application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/slco1c1.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$nameOdczytaj SLCO1C1 oraz resztę swojego genomu dzięki jednemu badaniu.
Od 449 $Bezpłatna wysyłka · Wyniki w ciągu 6–8 tygodni
Zamawiam Genome TestWyselekcjonowane raporty dotyczące tego genu
Żaden raport Genome Test jeszcze nie odczytuje genu SLCO1C1. Test sekwencjonuje cały genom, więc dane obejmują go mimo to.
Budowa genu SLCO1C1
- Sekwencja kodująca
- Region nieulegający translacji
- Intron
- Kierunek transkrypcji
- Odcinki, z którymi krótkie odczyty mają trudność
Eksony transkryptu MANE Select genu (wydanie v1.5) z NCBI i EMBL-EBI, na referencyjnym genomie GRCh38.
Prążki chromosomowe z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Pobliskie geny z wydania Ensembl 116, na GRCh38.
Eksony stanowią 3,5 kb z 58,1 kb genu; 2139 z tych zasad kodują białko.
Sekwencjonowanie SLCO1C1
0Niski
Jak trudno sekwencjonować SLCO1C1 krótkimi odczytami, w skali 0–100Każdy słupek to udział zasad eksonowych SLCO1C1 w danym rodzaju trudnego regionu. Wynik waży je zgodnie z tym, ile każda z nich kosztuje w wywołaniu wariantów z krótkich odczytów: 0, gdy żadna zasada nie znajduje się w takim regionie, 100, gdy każda zasada znajduje się we wszystkich takich regionach.
- MapowalnośćFragmenty, w których odczytów o długości 100 lub 250 pz nie da się jednoznacznie umieścić, więc wywołanie wariantu w tych miejscach może być brakujące lub błędne. Waga 35%.0%
- HomologiaDuplikacje segmentalne: kopie w innych miejscach genomu, takie jak paralogi i pseudogeny, o identyczności 90% lub więcej. Waga 30%.0%
- PowtórzeniaPowtórzenia tandemowe i serie jednego zasadu, na których odczyty się ślizgają i których mogą nie obejmować. Waga 15%.0%
- Zawartość GCOkna o zawartości G i C poniżej 25% lub powyżej 65%, które słabo pokrywa przygotowanie biblioteki. Waga 10%.1,2%
- Pokrycie referencyjneLuki w pobliskim składzie referencyjnym, w których nie ma sekwencji, do której mogłyby się dopasować odczyty. Waga 10%.0%
Linki zewnętrzne
Rekordy genów
Transkrypt
Białko
Skąd to pochodzi
- HGNC: symbol genu, nazwa, inne symbole i lokalizacja.
- MANE Select v1.5, z NCBI i EMBL-EBI: transkrypt, jego eksony i sekwencja kodująca.
- Stratyfikacje genomu Genome in a Bottle z NIST: wynik trudności sekwencjonowania.
Cytuj tę stronę
Dante Labs. (b.d.). Gen SLCO1C1: solute carrier organic anion transporter family member 1C1. Pobrano 17 października 2026, z https://dantelabs.com/pl/genes/slco1c1
Dante Labs. Gen SLCO1C1: solute carrier organic anion transporter family member 1C1 [Internet]. [cytowano 17 października 2026]. Dostępne w: https://dantelabs.com/pl/genes/slco1c1
Jeden test. Odpowiedzi na całe życie.
Od 449 $Bezpłatna wysyłka · Wyniki w ciągu 6–8 tygodni