Genas
SIRPA
signal regulatory protein alpha
- HGNC 9662↗(atsidaro naujame skirtuke)
- Ensembl genas ENSG00000198053↗(atsidaro naujame skirtuke)
- NCBI Gene 140885↗(atsidaro naujame skirtuke)
Santrauka
- Citogenetinė vieta
- 20p13
- Koordinatės
- Chromosoma 20: 1 895 407–1 940 592 (GRCh38)
- Eksonai
- 8 eksonų per 45,2 kb
- Baltymas
- 504 aminorūgščių
- Taip pat žinomas kaip
- SHPS1, SIRP, MYD-1, BIT, P84, SHPS-1, SIRPalpha, CD172a, SIRPalpha2, MFR, SIRP-ALPHA-1
- Ankstesni simboliai
- PTPNS1
- MANE Select transkriptas
- ENST00000358771.5NM_001040023.2
- Lokuso tipas
- Baltymus koduojantys
- Labai aukštas
- Patikimas
- Žemas
- Labai žemas
Ši puslapis kaip duomenys
Norėdami perskaityti jį kaip JSON, pridėkite .json prie puslapio adreso arba nurodykite application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/sirpa.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePerskaitykite SIRPA ir likusį savo genomą su vienu tyrimu.
Nuo 449 $Nemokamas pristatymas · Rezultatai per 6–8 savaites
Įsigyti savo Genome TestKuruotos ataskaitos, susijusios su šiuo genu
Nė viena Genome Test ataskaita dar nenuskaito SIRPA geno. Testas seka visą jūsų genomą, todėl jūsų duomenyse jis vis tiek yra.
Kaip išdėstytas SIRPA
- Koduojanti seka
- Netransliuojama sritis
- Intronas
- Transkripcijos kryptis
- Ruožai, kuriuos trumpi skaitiniai sunkiai aptinka
Geno MANE Select transkripto eksonai (išleidimas v1.5), pagal NCBI ir EMBL-EBI, GRCh38 atskaitos genome.
Chromosomų juostos pagal UCSC GRCh38 ideogramą (2022-10-29).
Netoliese esantys genai iš Ensembl leidimo 116, GRCh38.
Eksonai sudaro 4,6 kb iš 45,2 kb geno; 1 515 šių bazių koduoja baltymą.
SIRPA sekvenavimas
33Vidutiniškai
Kiek sunku sekvenuoti geną SIRPA trumpaisiais skaitiniais, iš 100
0 · Lengva100 · Sunku
Dalis geno SIRPA eksonų yra vietose, kur trumpieji skaitiniai gali praleisti pakitimą arba jį neteisingai susieti.
Kas prie to prisideda: geno SIRPA eksonų dalis kiekvienos rūšies sunkiose srityse
- AtvaizduojamumasRuožai, kuriuose 100 ar 250 bp skaitinių negalima vienareikšmiškai išdėstyti, todėl ten užfiksuotas variantas gali būti praleistas arba klaidingas. Svoris 100 %.19 %
- HomologijaSegmentinės dublikacijos: kitose genomo vietose esančios kopijos, pavyzdžiui paralogai ir pseudogenai, kurių tapatumas 90 % ar didesnis. Svoris 60 %.24 %
- Shared with chrYThe pseudoautosomal regions and the X-transposed region, where chrX and chrY carry the same or nearly the same sequence, so reads from either may land on the other. Svoris 60 %.0 %
- Nuorodinio genomo padengimasNetoliese esantys nuorodinio genomo surinkimo tarpai, kur nėra sekos, prie kurios skaitiniai galėtų prisijungti. Svoris 50 %.0 %
- PasikartojimaiTandeminiai pasikartojimai ir vieno nukleotido ilgos sekos, kuriose skaitiniai slysta ir gali neapimti jų visų. Svoris 30 %.3,8 %
- GC kiekisLangai, kuriuose G ir C yra mažiau nei 25 % arba daugiau nei 65 %; bibliotekos paruošimas juos apima silpnai. Svoris 20 %.12 %
„Dante Labs“ įvertinimas, sukurtas mūsų tyrimų pagrindu, remiantis NIST „Genome in a Bottle“ sunkiai sekvenuojamų sričių žemėlapiais.Kaip skaičiuojamaKiekviena juosta rodo geno SIRPA eksonų bazių dalį tokio tipo sunkiose srityse. Bet kuri viena rūšis gali pati savaime padaryti geną sunkiai sekvenuojamą, o kiekviena papildoma rūšis prideda vis mažiau: 0, kai nė viena bazė nepatenka į jokią, 100, kai visos bazės yra vietose, kur skaitiniai negali būti vienareikšmiškai išdėstyti.
Išorinės nuorodos
Geno įrašai
Transkriptas
Baltymas
Iš kur tai paimta
- HGNC: geno simbolis, pavadinimas, kiti simboliai ir vieta.
- MANE Select v1.5, iš NCBI ir EMBL-EBI: transkriptas, jo egzonai ir koduojanti seka.
- Genome in a Bottle genomo stratifikacijos iš NIST: sekoskaitos sunkumo balas.
Cituoti šį puslapį
Dante Labs. (be datos). SIRPA genas: signal regulatory protein alpha. Pasiekta 2026 m. spalio 19 d., iš https://dantelabs.com/lt/genes/sirpa
Dante Labs. SIRPA genas: signal regulatory protein alpha [Internetas]. [cituota 2026 m. spalio 19 d.]. Prieinama: https://dantelabs.com/lt/genes/sirpa
Vienas testas. Atsakymai visam gyvenimui.
Nuo 449 $Nemokamas pristatymas · Rezultatai per 6–8 savaites