Ugrás a tartalomhoz
Használja fel HSA- vagy FSA-keretét
Szekvenálja genomját (új lapon nyílik meg)

Gén

TOPBP1

DNA topoisomerase II binding protein 1

Összefoglalás

Citogenetikai elhelyezkedés
3q22.1
Koordináták
3. kromoszóma: 133 600 238–133 661 941 (GRCh38)
Exonok
28 exon, összesen 61,7 kb
Fehérje
1522 aminosav
Más néven ismert
KIAA0259, TOP2BP1, Dpb11
MANE Select transzkriptum
ENST00000260810.10NM_007027.4
Lokusz típusa
Fehérjét kódoló
  • Nagyon magas
  • Megbízható
  • Alacsony
  • Nagyon alacsony

Ehhez a génhez kapcsolódó, kurált jelentések

A Genome Test egyik jelentése sem olvassa a(z) TOPBP1 gént. A teszt az egész genomot szekvenálja, így az Ön adatai ennek ellenére tartalmazzák.

A TOPBP1 felépítése

  • Kódoló szekvencia
  • Transzlálatlan régió
  • Intron
  • A transzkripció iránya
  • Olyan szakaszok, amelyeket a rövid olvasatok nehezen értelmeznek
3. kromoszóma, a TOPBP1 helyét zárójel jelöli. A TOPBP1 és környékén 8 gén a 3. kromoszómán, 133 131 090–134 131 089 között.3. kromoszóma3q22.1p26.3p26.2p26.1p25.3p25.2p25.1p24.3p24.2p24.1p23p22.3p22.2p22.1p21.33p21.32p21.31p21.2p21.1p14.3p14.2p14.1p13p12.3p12.2p12.1p11.2p11.1q11.1q11.2q12.1q12.2q12.3q13.11q13.12q13.13q13.2q13.31q13.32q13.33q21.1q21.2q21.3q22.1q22.2q22.3q23q24q25.1q25.2q25.31q25.32q25.33q26.1q26.2q26.31q26.32q26.33q27.1q27.2q27.3q28q29133,2 Mb133,4 Mb133,6 Mb133,8 Mb134 MbTMEM108: 133 038 276–133 397 775, előre szálTMEM108BFSP2: 133 400 056–133 475 222, előre szálBFSP2CDV3: 133 573 543–133 590 274, előre szálCDV3TOPBP1: 133 600 238–133 661 941, fordított szálTOPBP1TF: 133 745 862–133 796 641, előre szálTFSRPRB: 133 784 023–133 825 772, előre szálSRPRBRAB6B: 133 819 939–133 895 889, fordított szálRAB6BSLCO2A1: 133 930 258–134 052 184, fordított szálSLCO2A1RYK: 134 065 303–134 250 929, fordított szálRYKA TOPBP1 ábrája: 28 exon a(z) 3. kromoszóma fordított szálán28. exon: 133 600 238–133 601 393, 1156 bázis27. exon: 133 608 535–133 608 696, 162 bázis26. exon: 133 608 873–133 608 962, 90 bázis25. exon: 133 611 004–133 611 141, 138 bázis24. exon: 133 612 389–133 612 552, 164 bázis23. exon: 133 616 814–133 616 925, 112 bázis22. exon: 133 617 160–133 617 326, 167 bázis21. exon: 133 618 213–133 618 433, 221 bázis20. exon: 133 620 155–133 620 347, 193 bázis19. exon: 133 623 091–133 623 193, 103 bázis18. exon: 133 623 311–133 623 457, 147 bázis17. exon: 133 624 052–133 624 175, 124 bázis16. exon: 133 628 362–133 628 471, 110 bázis15. exon: 133 628 560–133 628 733, 174 bázis14. exon: 133 637 876–133 638 162, 287 bázis13. exon: 133 639 959–133 640 170, 212 bázis12. exon: 133 643 200–133 643 372, 173 bázis11. exon: 133 644 020–133 644 363, 344 bázis10. exon: 133 649 383–133 649 633, 251 bázis9. exon: 133 649 780–133 649 943, 164 bázis8. exon: 133 652 463–133 652 629, 167 bázis7. exon: 133 653 345–133 653 524, 180 bázis6. exon: 133 655 290–133 655 486, 197 bázis5. exon: 133 656 676–133 656 857, 182 bázis4. exon: 133 657 798–133 657 941, 144 bázis3. exon: 133 659 016–133 659 150, 135 bázis2. exon: 133 661 044–133 661 134, 91 bázis1. exon: 133 661 769–133 661 941, 173 bázis2825201510515′3′

A gén MANE Select átiratának exonjai (kiadás: v1.5), az NCBI és az EMBL-EBI adatai alapján, a GRCh38 referencia-genomon.

Kromoszómasávok az UCSC GRCh38 ideogramjából (2022-10-29).

Közeli gének az Ensembl 116 kiadásából, GRCh38 szerint.

Az exonok a gén 61,7 kb-jából 5,8 kb-ot tesznek ki; ezek közül 4569 bázis kódolja a fehérjét.

TOPBP1 szekvenálása

3Könnyű

Mennyire nehéz a TOPBP1 szekvenálása rövid olvasatokkal, 100-ból

A TOPBP1 exonjainak szinte mindegyike olyan helyen van, ahol a rövid olvasatok tisztán leképezhetők.

Ami tovább nehezíti: a TOPBP1 exonjainak aránya az egyes típusú nehéz régiókban

  • Leképezhetőség0,9%
  • Homológia0%
  • Shared with chrY0%
  • Referencia-lefedettség0%
  • Ismétlődések3,2%
  • GC-tartalom3,7%

A Dante Labs saját kutatásán alapuló pontszám, amely a NIST Genome in a Bottle térképein nyugszik, a nehezen szekvenálható régiókat mutatja be.Így számítjuk ki

Külső hivatkozások

Az adatok forrásai

  • HGNC: a gén jelölése, neve, egyéb jelölései és elhelyezkedése.
  • MANE Select v1.5, az NCBI és az EMBL-EBI adatai: a transzkriptum, exonjai és kódoló szekvenciája.
  • A Genome in a Bottle genomstratifikációi a NIST-től: a szekvenálási nehézségi pontszám.

Az oldal idézése

APA

Dante Labs. (n.d.). TOPBP1 gén: DNA topoisomerase II binding protein 1. Lekérve: 2026. október 19., forrás: https://dantelabs.com/hu/genes/topbp1

Vancouver

Dante Labs. TOPBP1 gén: DNA topoisomerase II binding protein 1 [Internet]. [idézve: 2026. október 19.]. Elérhető: https://dantelabs.com/hu/genes/topbp1

Egy teszt. Egy életen át tartó válaszok.

449 $-tólIngyenes szállítás · Eredmények 6–8 hét alatt

Kérem a Genome Testemet