Gène
KCTD12
potassium channel tetramerization domain containing 12
- HGNC 14678↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène Ensembl ENSG00000178695↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
- Gène NCBI 115207↗(s'ouvre dans un nouvel onglet)
Résumé
- Localisation cytogénétique
- 13q22.3
- Coordonnées
- Chromosome 13 : 76 880 175–76 886 405 (GRCh38)
- Exons
- 1 exon sur 6,2 kb
- Protéine
- 325 acides aminés
- Aussi appelé
- KIAA1778, PFET1
- Symboles précédents
- C13orf2
- Transcrit MANE Select
- ENST00000377474.4NM_138444.4
- Type de locus
- Codant pour une protéine
- Très élevé
- Fiable
- Faible
- Très faible
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Structure de KCTD12
- Séquence codante
- Région non traduite
- Intron
- Sens de la transcription
Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.
Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.
Les exons représentent 6,2 kb sur les 6,2 kb du gène ; 978 de ces bases codent pour la protéine.
Séquençage de KCTD12
3Facile
Difficulté de séquençage de KCTD12 avec des lectures courtes, sur 100
0 · Facile100 · Difficile
Presque tous les exons de KCTD12 se situent dans des zones où les lectures courtes s'alignent correctement.
Facteur aggravant : la part des exons de KCTD12 située dans chaque type de région difficile
- MappabilitéZones où des lectures de 100 ou 250 pb ne peuvent pas être placées de façon unique ; un appel effectué à cet endroit peut donc être manquant ou erroné. Pondération 35 %.0 %
- HomologieDuplications segmentaires : copies ailleurs dans le génome, comme les paralogues et les pseudogènes, à 90 % d'identité ou plus. Pondération 30 %.0 %
- RépétitionsRépétitions en tandem et séquences d'une seule base, sur lesquelles les lectures glissent et qu'elles peuvent ne pas couvrir entièrement. Pondération 15 %.5,5 %
- Teneur en GCFenêtres contenant moins de 25 % ou plus de 65 % de G et de C, que la préparation de la bibliothèque couvre mal. Pondération 10 %.22 %
- Couverture de référenceLacunes de l'assemblage de référence à proximité, où il n'existe aucune séquence à laquelle les lectures puissent s'aligner. Pondération 10 %.0 %
Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes de régions difficiles à séquencer du projet Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du scoreChaque barre représente la part des bases d'exons de KCTD12 située dans ce type de région difficile. Le score les pondère selon le coût de chacune pour un appel par lectures courtes : 0 lorsqu'aucune base ne se trouve dans une région difficile, 100 lorsque chaque base se trouve dans toutes.
Liens externes
Fiches de gènes
Transcrit
Protéine
D'où proviennent ces données
- HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
- MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
- Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.
Citer cette page
Dante Labs. (s.d.). Gène KCTD12 : potassium channel tetramerization domain containing 12. Consulté le 18 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/kctd12
Dante Labs. Gène KCTD12 : potassium channel tetramerization domain containing 12 [Internet]. [consulté le 18 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/kctd12
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