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Gène

ATP13A1

ATPase 13A1

Résumé

Localisation cytogénétique
19p13.11
Coordonnées
Chromosome 19 : 19 645 198–19 663 676 (GRCh38)
Exons
26 exons sur 18,5 kb
Protéine
1 204 acides aminés
Aussi appelé
KIAA1825, FLJ31858, CGI-152
Symboles précédents
ATP13A
Transcrit MANE Select
ENST00000357324.11NM_020410.3
Type de locus
Codant pour une protéine
  • Très élevé
  • Fiable
  • Faible
  • Très faible

Rapport d'expertise pertinent pour ce gène

Aucun rapport Genome Test ne lit encore ATP13A1. Le test séquence l'intégralité de votre génome, donc vos données l'incluent tout de même.

Structure de ATP13A1

  • Séquence codante
  • Région non traduite
  • Intron
  • Sens de la transcription
  • Régions que les lectures courtes peinent à analyser
Chromosome 19, avec un crochet à l'emplacement de ATP13A1. ATP13A1 et 26 gènes à proximité sur le chromosome 19, de 19 154 437 à 20 154 436.Chromosome 1919p13.11p13.3p13.2p13.13p13.12p13.11p12p11q11q12q13.11q13.12q13.13q13.2q13.31q13.32q13.33q13.41q13.42q13.4319,2 Mb19,4 Mb19,6 Mb19,8 Mb20 MbMEF2B : 19 145 563–19 192 589, brin inverseMEF2BBORCS8-MEF2B : 19 145 569–19 192 158, brin inverseBORCS8 : 19 163 148–19 192 591, brin inverseBORCS8RFXANK : 19 191 957–19 202 844, brin directRFXANKNR2C2AP : 19 201 409–19 203 729, brin inverseNR2C2APNCAN : 19 211 948–19 252 247, brin directNCANHAPLN4 : 19 254 731–19 262 827, brin inverseHAPLN4TM6SF2 : 19 263 385–19 273 406, brin inverseTM6SF2SUGP1 : 19 276 018–19 320 511, brin inverseSUGP1MAU2 : 19 320 811–19 358 754, brin directMAU2GATAD2A : 19 385 638–19 508 932, brin directTSSK6 : 19 512 396–19 515 553, brin inverseNDUFA13 : 19 515 728–19 529 054, brin directNDUFA13 : 19 516 227–19 536 076, brin directYJEFN3 : 19 528 851–19 537 584, brin directYJEFN3CILP2 : 19 538 248–19 546 659, brin directCILP2PBX4 : 19 561 707–19 618 746, brin inversePBX4LPAR2 : 19 623 639–19 628 930, brin inverseLPAR2GMIP : 19 629 473–19 643 669, brin inverseGMIPATP13A1 : 19 645 198–19 663 676, brin inverseATP13A1ZNF101 : 19 668 781–19 683 509, brin directZNF101ZNF14 : 19 708 130–19 733 119, brin inverseZNF14ZNF506 : 19 761 038–19 821 784, brin inverseZNF506ZNF253 : 19 865 812–19 897 770, brin directZNF253ZNF93 : 19 900 888–19 963 464, brin directZNF93ZNF682 : 19 995 131–20 039 533, brin inverseZNF682ZNF90 : 20 077 933–20 132 733, brin directZNF90Schéma de ATP13A1 : 26 exons sur le brin inverse du chromosome 19Exon 26 : 19 645 198–19 645 532, 335 basesExon 25 : 19 645 647–19 645 790, 144 basesExon 24 : 19 645 874–19 645 985, 112 basesExon 23 : 19 646 205–19 646 347, 143 basesExon 22 : 19 647 129–19 647 325, 197 basesExon 21 : 19 647 414–19 647 528, 115 basesExon 20 : 19 647 599–19 647 759, 161 basesExon 19 : 19 649 567–19 649 663, 97 basesExon 18 : 19 649 741–19 649 940, 200 basesExon 17 : 19 651 689–19 651 797, 109 basesExon 16 : 19 652 595–19 652 720, 126 basesExon 15 : 19 653 784–19 653 894, 111 basesExon 14 : 19 653 969–19 654 144, 176 basesExon 13 : 19 654 543–19 654 700, 158 basesExon 12 : 19 655 119–19 655 239, 121 basesExon 11 : 19 655 316–19 655 453, 138 basesExon 10 : 19 655 528–19 655 654, 127 basesExon 9 : 19 655 878–19 655 933, 56 basesExon 8 : 19 656 054–19 656 183, 130 basesExon 7 : 19 656 660–19 656 766, 107 basesExon 6 : 19 656 847–19 656 916, 70 basesExon 5 : 19 656 994–19 657 149, 156 basesExon 4 : 19 657 336–19 657 408, 73 basesExon 3 : 19 659 601–19 659 791, 191 basesExon 2 : 19 659 898–19 659 987, 90 basesExon 1 : 19 663 271–19 663 676, 406 bases26201015′3′

Exons du transcrit MANE Select du gène (version v1.5), issus de NCBI et d'EMBL-EBI, sur le génome de référence GRCh38.

Bandes chromosomiques issues de l'idéogramme UCSC GRCh38 (2022-10-29).

Gènes voisins issus d'Ensembl, version 116, sur GRCh38.

Les exons représentent 3,8 kb sur les 18,5 kb du gène ; 3 615 de ces bases codent pour la protéine.

Séquençage de ATP13A1

9Facile

Difficulté de séquençage de ATP13A1 avec des lectures courtes, sur 100

Presque tous les exons de ATP13A1 se situent dans des zones où les lectures courtes se positionnent sans ambiguïté.

Facteur aggravant : la part des exons de ATP13A1 située dans chaque type de région difficile

  • Mappabilité0 %
  • Homologie0 %
  • Partagé avec le chrY0 %
  • Couverture de la référence0 %
  • Répétitions0 %
  • Teneur en GC45 %

Un score Dante Labs issu de nos propres recherches, fondé sur les cartes des régions difficiles à séquencer de Genome in a Bottle du NIST.Mode de calcul du score

Liens externes

D'où proviennent ces données

  • HGNC : le symbole du gène, son nom, ses autres symboles et sa localisation.
  • MANE Select v1.5, issu de NCBI et d'EMBL-EBI : le transcrit, ses exons et sa séquence codante.
  • Les stratifications du génome Genome in a Bottle, publiées par le NIST : le score de difficulté de séquençage.

Citer cette page

APA

Dante Labs. (s.d.). Gène ATP13A1 : ATPase 13A1. Consulté le 20 octobre 2026, à l'adresse https://dantelabs.com/fr/genes/atp13a1

Vancouver

Dante Labs. Gène ATP13A1 : ATPase 13A1 [Internet]. [consulté le 20 octobre 2026]. Disponible à : https://dantelabs.com/fr/genes/atp13a1

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