Siirry sisältöön
Käytä HSA- tai FSA-varojasi
Sekvensoi genomisi (avautuu uuteen välilehteen)

Geeni

SAMM50

SAMM50 sorting and assembly machinery component

Yhteenveto

Sytogeneettinen sijainti
22q13.31
Koordinaatit
Kromosomi 22: 43 955 442–43 996 529 (GRCh38)
Eksonit
15 eksonia 41,1 kb:n alueella
Proteiini
469 aminohappoa
Tunnetaan myös nimellä
CGI-51, TRG-3, YNL026W, OMP85, TOB55, SAM50
MANE Select -transkripti
ENST00000350028.5NM_015380.5
Lokustyyppi
Proteiinia koodaava
  • Erittäin korkea
  • Varma
  • Matala
  • Erittäin matala

Tähän geeniin liittyviä kuratoituja raportteja

Mikään Genome Test -raportti ei vielä lue geeniä SAMM50. Testi sekvensoi koko genomisi, joten tiedoissasi on se silti.

SAMM50-geenin rakenne

  • Koodaava jakso
  • Translatoimaton alue
  • Intron
  • Transkription suunta
  • Alueet, joita lyhyillä lukemilla on vaikea lukea
Kromosomi 22, jossa hakasulke osoittaa SAMM50-geenin sijainnin. SAMM50 ja 8 geeniä sen läheisyydessä kromosomissa 22, välillä 43 475 986–44 475 985.Kromosomi 2222q13.31p13p12p11.2p11.1q11.1q11.21q11.22q11.23q12.1q12.2q12.3q13.1q13.2q13.31q13.32q13.3343,6 Mb43,8 Mb44 Mb44,2 Mb44,4 MbMPPED1: 43 411 196–43 507 850, juoste eteenpäinMPPED1EFCAB6: 43 528 744–43 812 337, juoste taaksepäinEFCAB6SULT4A1: 43 824 507–43 862 545, juoste taaksepäinSULT4A1PNPLA5: 43 878 568–43 892 494, juoste taaksepäinPNPLA5PNPLA3: 43 923 761–43 964 488, juoste eteenpäinPNPLA3SAMM50: 43 955 442–43 996 529, juoste eteenpäinSAMM50PARVB: 43 999 211–44 172 939, juoste eteenpäinPARVBPARVG: 44 172 946–44 219 533, juoste eteenpäinPARVGSHISAL1: 44 243 665–44 332 009, juoste taaksepäinSHISAL1SAMM50-kaavio: 15 eksonia kromosomin 22 juosteella, eteenpäinEkson 1: 43 955 442–43 955 598, 157 emästäEkson 2: 43 963 286–43 963 396, 111 emästäEkson 3: 43 964 452–43 964 553, 102 emästäEkson 4: 43 968 731–43 968 818, 88 emästäEkson 5: 43 972 236–43 972 342, 107 emästäEkson 6: 43 972 871–43 973 001, 131 emästäEkson 7: 43 973 236–43 973 323, 88 emästäEkson 8: 43 976 055–43 976 183, 129 emästäEkson 9: 43 976 750–43 976 821, 72 emästäEkson 10: 43 977 872–43 977 958, 87 emästäEkson 11: 43 981 391–43 981 461, 71 emästäEkson 12: 43 983 933–43 984 000, 68 emästäEkson 13: 43 989 111–43 989 257, 147 emästäEkson 14: 43 990 265–43 990 406, 142 emästäEkson 15: 43 996 338–43 996 529, 192 emästä12468101214155′3′

Geenin MANE Select -transkriptin eksonit (julkaisu v1.5), lähteinä NCBI ja EMBL-EBI, GRCh38-referenssigenomissa.

Kromosomivyöhykkeet UCSC:n GRCh38-ideogrammista (2022-10-29).

Lähellä olevat geenit Ensembl-julkaisusta 116, GRCh38-kokoonpanossa.

Eksonit muodostavat 1,7 kb geenin 41,1 kb:stä; 1 410 näistä emäksistä koodaa proteiinia.

SAMM50-geenin sekvensointi

1Helppo

Kuinka vaikea SAMM50-geeni on sekvensoida lyhyillä luennoilla, asteikolla 0–100

Lähes kaikki SAMM50-geenin eksonit sijaitsevat kohdissa, joissa lyhyet luennat kohdistuvat selvästi.

Lisäksi vaikuttaa se, kuinka suuri osa SAMM50-geenin eksoneista sijaitsee kussakin vaikeassa alueessa.

  • Kartoitettavuus0 %
  • Homologia0 %
  • Toistot0,2 %
  • GC-pitoisuus11 %
  • Referenssin peittävyys0 %

Dante Labsin oma pisteytys omasta tutkimuksestamme, joka perustuu NISTin Genome in a Bottle -karttoihin vaikeasti sekvensoitavista alueista.Miten pisteet lasketaan

Ulkoiset linkit

Mistä tiedot ovat peräisin

  • HGNC: geenin symboli, nimi, muut symbolit ja sijainti.
  • MANE Select v1.5, NCBI:ltä ja EMBL-EBI:ltä: transkriptio, sen eksonit ja koodaava sekvenssi.
  • Genome in a Bottle -genomistratifikaatiot NIST:ltä: sekvensoinnin vaikeuspisteet.

Viittaa tähän sivuun

APA

Dante Labs. (n.d.). SAMM50-geeni: SAMM50 sorting and assembly machinery component. Haettu 18. lokakuuta 2026, osoitteesta https://dantelabs.com/fi/genes/samm50

Vancouver

Dante Labs. SAMM50-geeni: SAMM50 sorting and assembly machinery component [Internet]. [viitattu 18. lokakuuta 2026]. Saatavilla: https://dantelabs.com/fi/genes/samm50

Yksi testi. Vastauksia koko elämäksi.

Alkaen 449 $Ilmainen toimitus · Tulokset 6–8 viikossa

Tilaa Genome Test