Gen
CDH12
cadherin 12
- HGNC 1751↗(se abre en una pestaña nueva)
- Gen de Ensembl ENSG00000154162↗(se abre en una pestaña nueva)
- Gen de NCBI 1010↗(se abre en una pestaña nueva)
Resumen
- Localización citogenética
- 5p14.3
- Coordenadas
- Cromosoma 5: 21.750.673–22.853.344 (GRCh38)
- Exones
- 15 exones en 1102,7 kb
- Proteína
- 794 aminoácidos
- También conocido como
- Br-cadherin, CDHB
- Transcrito MANE Select
- ENST00000382254.6NM_004061.5
- Tipo de locus
- Codificantes de proteínas
- Muy alta
- Alta
- Baja
- Muy baja
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Estructura de CDH12
- Secuencia codificante
- Región no traducida
- Intrón
- Sentido de la transcripción
- Regiones que las lecturas cortas tienen dificultad para leer
Exones del transcrito MANE Select del gen (versión v1.5), de NCBI y EMBL-EBI, sobre el genoma de referencia GRCh38.
Bandas cromosómicas del ideograma GRCh38 de UCSC (2022-10-29).
Genes cercanos de Ensembl, versión 116, en GRCh38.
Los exones suman 4,3 kb de los 1102,7 kb del gen; 2385 de esas bases codifican la proteína.
Secuenciación de CDH12
8Baja
Dificultad de secuenciar CDH12 con lecturas cortas, sobre 100Cada barra es la proporción de las bases de exones de CDH12 que se encuentran en ese tipo de región difícil. La puntuación las pondera según el coste de cada una para una llamada con lecturas cortas: 0 cuando ninguna base está en ninguna, 100 cuando todas las bases están en todas ellas.
- MapeabilidadTramos donde las lecturas de 100 o 250 pb no pueden ubicarse de forma única, por lo que una llamada allí puede faltar o ser incorrecta. Peso 35 %.10 %
- HomologíaDuplicaciones segmentarias: copias en otras partes del genoma, como parálogos y pseudogenes, con una identidad del 90 % o superior. Peso 30 %.10 %
- RepeticionesRepeticiones en tándem y series de una sola base, en las que las lecturas se deslizan y pueden no abarcarlas. Peso 15 %.5,8 %
- Contenido GCVentanas con menos del 25 % o más del 65 % de G y C, zonas que la preparación de biblioteca cubre escasamente. Peso 10 %.7,1 %
- Cobertura de referenciaHuecos en el ensamblaje de referencia cercano, donde no hay secuencia a la que alinear las lecturas. Peso 10 %.0 %
Enlaces externos
Registros del gen
Transcrito
Proteína
De dónde procede
- HGNC: el símbolo del gen, su nombre, otros símbolos y su localización.
- MANE Select v1.5, de NCBI y EMBL-EBI: el transcrito, sus exones y la secuencia codificante.
- Las estratificaciones del genoma de Genome in a Bottle, del NIST: la puntuación de dificultad de secuenciación.
Citar esta página
Dante Labs. (s. f.). Gen CDH12: cadherin 12. Consultado el 17 de octubre de 2026, en https://dantelabs.com/es/genes/cdh12
Dante Labs. Gen CDH12: cadherin 12 [Internet]. [citado 17 de octubre de 2026]. Disponible en: https://dantelabs.com/es/genes/cdh12
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