Liver transcriptome dynamics in Holstein cows during the periparturient transition

Η Dante Labs πραγματοποίησε την εκχύλιση RNA και την αλληλούχιση για αυτή τη μελέτη, ως συμβεβλημένη υπηρεσία RNA-seq. Και τα δώδεκα κατεψυγμένα δείγματα ιστού ήπατος μάς στάλθηκαν, και το συνολικό RNA εκχυλίστηκε στο πλαίσιο της συμβεβλημένης υπηρεσίας, σύμφωνα με τα εσωτερικά τυποποιημένα πρωτόκολλά μας. Η ποσότητα του RNA προσδιορίστηκε με φασματοφωτομετρία και η ακεραιότητά του με αυτόματο σύστημα ηλεκτροφόρησης, και όλα τα δείγματα πληρούσαν τα κριτήρια ποιότητας για αλληλούχιση. Η εργασία δεν προσδιορίζει τη χημεία εκχύλισης ούτε το κιτ που χρησιμοποιήθηκε.

Οι βιβλιοθήκες για κάθε δείγμα ιστού παρασκευάστηκαν με το Illumina Ribo-Zero Plus rRNA Depletion Kit και αλληλουχήθηκαν στην πλατφόρμα Illumina NovaSeq, με αναγνώσεις 2 × 150 bp, παράγοντας τουλάχιστον 6,5 Gb δεδομένων RNA-seq ανά βιβλιοθήκη. Παραδώσαμε τα ακατέργαστα αρχεία FASTQ στην ερευνητική ομάδα, η οποία πραγματοποίησε όλη τη βιοπληροφορική ανάλυση που ακολούθησε.