Gen
CHEK2
checkpoint kinase 2
- HGNC 16627↗(otevře se na nové kartě)
- Gen v Ensembl ENSG00000183765↗(otevře se na nové kartě)
- NCBI Gene 11200↗(otevře se na nové kartě)
Shrnutí
- Cytogenetická poloha
- 22q12.1
- Souřadnice
- Chromozom 22: 28 687 743–28 741 820 (GRCh38)
- Exony
- 15 exonů na 54,1 kb
- Protein
- 543 aminokyselin, 60,9 kDa
- Další názvy
- CDS1, CHK2, HuCds1, PP1425, bA444G7
- Předchozí symboly
- RAD53
- Transkript MANE Select
- ENST00000404276.6NM_007194.4
- Typ lokusu
- Kódující proteiny
- Velmi vysoká
- Jistá
- Nízká
- Velmi nízká
Sdílet tuto stránku
Tato stránka jako data
Chcete-li ji načíst jako JSON, přidejte na konec adresy stránky .json nebo si vyžádejte application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/chek2.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePřečtěte si CHEK2 i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestKurátorovaný report související s tímto genem
Breast and Ovarian Cancer Genes Beyond BRCA1/2
- CHEK2-related cancer predispositionAutozomálně dominantní
Variants in CHEK2 that moderately raise the risk of breast cancer and possibly some other cancers.
- ClinGen průkaznáClinGen hodnotí vazbu: průkazná
- GenCC 22 zadavatelů GenCC jej hodnotí jako definitivní nebo silný
▶Akcionabilita
Enhanced breast screening, often including annual MRI, is generally recommended.
- Hereditary breast cancerAutozomálně dominantní
Inherited susceptibility to breast cancer caused by variants in one of several genes.
- GenCC 11 zadavatel GenCC jej hodnotí jako definitivní nebo silný
▶Akcionabilita
Earlier and more intensive breast screening, including MRI, may be recommended depending on the gene.
Přečtěte si CHEK2 i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestJak je CHEK2 uspořádán
- Kódující sekvence
- Netranslatovaná oblast
- Intron
- Směr transkripce
- Známá místa způsobující onemocnění
- Úseky, které krátká čtení obtížně zachycují
- Varianty se stránkou
Exony transkriptu MANE Select genu (verze v1.5) z databází NCBI a EMBL-EBI, na referenčním genomu GRCh38.
Pásy chromozomů z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Okolní geny z Ensembl, verze 116, na GRCh38.
Exony tvoří 1,8 kb z 54,1 kb genu; 1 632 těchto bází kódují protein.
Sekvenování CHEK2
51Obtížné
Jak obtížně se CHEK2 sekvenuje krátkými čteními, ze 100
0 · Snadné100 · Obtížné
Velká část genu CHEK2 leží tam, kde krátká čtení mohou změnu přehlédnout nebo ji zařadit na špatné místo.
Co k tomu přispívá: podíl exonů genu CHEK2 v každém druhu obtížné oblasti
- MapovatelnostÚseky, kde nelze čtení o délce 100 nebo 250 bp jednoznačně umístit, takže volání v nich může chybět nebo být chybné. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 100.35 %
- HomologieSegmentální duplikace: kopie jinde v genomu, například paralogy a pseudogeny, s identitou 90 % nebo vyšší. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 60.37 %
- Sdíleno s chrYPseudoautozomální oblasti a oblast X-transponovaná, kde chrX a chrY nesou stejnou nebo téměř stejnou sekvenci, takže čtení z jednoho může být umístěno na druhém. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 60.0 %
- Pokrytí referenční sekvenceMezery v referenční sestavě v okolí, kde pro čtení není sekvence, na kterou by se mohla zarovnat. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 50.0 %
- RepeticeTandemové repetice a série jedné báze, na kterých čtení sklouzávají a které nemusí přečíst celé. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 30.3,5 %
- Obsah GCOkna s méně než 25 % nebo více než 65 % G a C, která příprava knihovny pokrývá řídce. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 20.5,6 %
Skóre Dante Labs z vlastního výzkumu, vycházející z map obtížně sekvenovatelných oblastí NIST Genome in a Bottle.Jak se skóre počítáKaždý sloupec udává podíl bází exonů genu CHEK2 v daném druhu obtížné oblasti. Každý druh sám o sobě může gen učinit obtížným a každý další přidává méně: 0, pokud žádná báze nespadá do žádné z oblastí, 100, pokud každá báze leží tam, kde čtení nelze jednoznačně umístit.
731
pozic v CHEK2, kde ClinVar řadí změnu jako patogenní nebo pravděpodobně patogenní
212 z nich (29 %) spadají do oblastí, které krátká čtení obtížně zachytí.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (187 míst)
- Segmental duplicationsCopies of at least 1 kb sharing at least 90% identity with another part of the genome (paralogues, pseudogenes); reads may align to the wrong copy. (212 míst)
Celogenomové sekvenování pokrývá všech 54,1 kb genu CHEK2, včetně intronů, nejen 1,8 kb exonů.
Varianty se stránkou (323)
Varianty genu CHEK2 se stránkou zde, nejdříve ty s nejvyšším počtem hvězdiček hodnocení. Každá stránka popisuje veřejný záznam ClinVar o variantě, nikoli výsledek.
| Varianta | HGVS c. | Exon nebo intron | Pozice (GRCh38) | Klasifikace ClinVar | Stav hodnocení |
|---|---|---|---|---|---|
| A91Cfs*17 | c.269dup | Exon 2 | 28 734 452 | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| A98Pfs*12 | c.292del | Exon 2 | 28 734 429 | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| c.98C>G | Exon 2 | 28 734 624 | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.276del | Exon 2 | 28 734 445 | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.278G>A | Exon 2 | 28 734 444 | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.319+1G>A | Intron 2 | 28 734 402 | Patogenní/pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.319+1G>C | Intron 2 | 28 734 402 | Pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.319+1G>T | Intron 2 | 28 734 402 | Pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.319+2T>A | Intron 2 | 28 734 401 | Patogenní/pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů | |
| c.320-1G>T | Intron 2 | 28 725 368 | Patogenní/pravděpodobně patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
Patogenní varianty ClinVar (1 043)
Varianty genu CHEK2, které ClinVar klasifikuje jako patogenní nebo pravděpodobně patogenní u libovolné choroby, s hodnocením alespoň jednoho zadavatele podle kritérií, a nejlépe hodnocené z nich. Jde o veřejný záznam ClinVar o genu, nikoli o výsledek.
- Patogenní 741
- Patogenní/pravděpodobně patogenní 63
- Pravděpodobně patogenní 239
| Varianta | Choroby | Klasifikace ClinVar | Stav hodnocení |
|---|---|---|---|
| NM_007194.4(CHEK2):c.1502_1503dup (p.Glu502fs) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1486C>T (p.Gln496Ter) | hereditary breast carcinoma a 2 dalších | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1465G>T (p.Glu489Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1459C>T (p.Gln487Ter) | CHEK2-related cancer predisposition a 2 dalších | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1455dup (p.Leu486fs) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1454G>A (p.Trp485Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1451del (p.Pro484fs) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1442T>G (p.Leu481Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1434del (p.Glu479fs) | breast cancer a 2 dalších | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1435G>T (p.Glu479Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1432G>T (p.Glu478Ter) | hereditary breast carcinoma | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1415del (p.Lys472fs) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1400del (p.Leu467fs) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1400T>A (p.Leu467Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1393A>T (p.Lys465Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1371_1372del (p.Lys458fs) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1368dup (p.Glu457fs) | CHEK2-related cancer predisposition a 4 dalších | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1369G>T (p.Glu457Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1367C>G (p.Ser456Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1356G>A (p.Trp452Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1355G>A (p.Trp452Ter) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1348G>T (p.Glu450Ter) | hereditary breast carcinoma | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1344del (p.Pro449fs) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1341del (p.Phe447fs) | hereditary breast carcinoma | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
| NM_007194.4(CHEK2):c.1337del (p.Asn446fs) | hereditary breast carcinoma a 1 další | Patogenní | ★★★★2 hvězdiček z 4 Kritéria uvedena, více předkladatelů, bez konfliktů |
Geny spojené se stejnými onemocněními
Rysy spojené s CHEK2
Human Phenotype Ontology uvádí tyto rysy jako příznaky vzácných onemocnění, která může způsobit CHEK2. Na stránce každého rysu najdete další geny, které jsou s ním spojené.
Abnormality of the nervous system
- Glioblastoma multiforme
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Depression
- Epilepsy
- Irritability
- Migraine
Zobrazit ještě 22 rysů
- Rise in pressure inside skull
- Abnormal gait
- Abnormal pyramidal sign
- Abnormal speech pattern
- Astrocytoma
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Choroid plexus carcinoma
- Difficulty articulating speech
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Ependymoma
- Hallucinations
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pins and needles feeling
- Tumors of the central nervous system
- Medulloblastoma
- Glioma
- Noncancerous growth of membranes covering brain
Externí odkazy
Záznamy o genu
Transkript
Protein
Odkud to pochází
- HGNC: symbol genu, jeho název, další symboly a poloha.
- MANE Select v1.5, od NCBI a EMBL-EBI: transkript, jeho exony a kódující sekvence.
- GenCC a ClinGen, vydání 2026-10-23: se kterými onemocněními je gen spojen a jak silně.
- Seznam sekundárních nálezů ACMG, SF v3.2.
- ClinVar a stratifikace GIAB: známá místa způsobující onemocnění a oblasti, které krátká čtení obtížně zachytí.
- Stratifikace genomu Genome in a Bottle od NIST: skóre obtížnosti sekvenování.
- Human Phenotype Ontology, verze 2026-09-01: rysy spojené s tímto genem. Více informací najdete na hpo.jax.org.
- Model AlphaFold DB AF-O96017-F1, verze 6, od Google DeepMind a EMBL-EBI (CC BY 4.0): struktura proteinu tak, jak ji předpovídá AlphaFold, nikoli naměřená, a jeho spolehlivost v každé části.
- Vydání dat 2026.10.23-dc0c0517.
Citovat tuto stránku
Dante Labs. (b.d.). Gen CHEK2: checkpoint kinase 2. Staženo 23. října 2026, z https://dantelabs.com/cs/genes/chek2
Dante Labs. Gen CHEK2: checkpoint kinase 2 [Internet]. [citováno 23. října 2026]. Dostupné z: https://dantelabs.com/cs/genes/chek2
Jeden test. Odpovědi na celý život.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů