Gen
ATM
ATM serine/threonine kinase
- HGNC 795↗(otevře se na nové kartě)
- Gen v Ensembl ENSG00000149311↗(otevře se na nové kartě)
- NCBI Gene 472↗(otevře se na nové kartě)
Shrnutí
- Cytogenetická poloha
- 11q22.3
- Souřadnice
- Chromozom 11: 108 223 067–108 369 102 (GRCh38)
- Exony
- 63 exonů na 146 kb
- Protein
- 3 056 aminokyselin, 350,7 kDa
- Další názvy
- TEL1, TELO1
- Předchozí symboly
- ATA, ATDC, ATC, ATD
- Transkript MANE Select
- ENST00000675843.1NM_000051.4
- Typ lokusu
- Kódující proteiny
Sdílet tuto stránku
Tato stránka jako data
Chcete-li ji načíst jako JSON, přidejte na konec adresy stránky .json nebo si vyžádejte application/json.
library(jsonlite)
url <- "https://dantelabs.com/genes/atm.json"
page <- fromJSON(url)
page$gene$namePřečtěte si ATM i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestKurátorované reporty související s tímto genem
Ataxia-Telangiectasia
- Autozomálně recesivní
Progressive cerebellar ataxia, telangiectasia, immunodeficiency and cancer predisposition caused by biallelic ATM changes.
- ClinGen průkaznáClinGen hodnotí vazbu: průkazná
- GenCC 88 zadavatelů GenCC jej hodnotí jako definitivní nebo silný
▶Akcionabilita
Diagnosis guides infection prevention and immunoglobulin replacement, minimising exposure to ionising radiation, cancer and lung monitoring, and carrier testing in relatives.
Female Infertility
Diminished or absent ability of a female to achieve conception.
- ClinGen průkaznáClinGen hodnotí vazbu: průkazná
- GenCC 88 zadavatelů GenCC jej hodnotí jako definitivní nebo silný
Breast and Ovarian Cancer Genes Beyond BRCA1/2
- ATM-related cancer predispositionAutozomálně dominantní
A single variant in ATM moderately raises the risk of breast cancer and is linked to pancreatic and prostate cancer.
- ClinGen průkaznáClinGen hodnotí vazbu: průkazná
- GenCC 11 zadavatel GenCC jej hodnotí jako definitivní nebo silný
▶Akcionabilita
Enhanced breast screening is generally recommended; carriers with a partner who also carries an ATM variant may wish to know the risk of ataxia-telangiectasia in their children.
- Hereditary breast cancerAutozomálně dominantní
Inherited susceptibility to breast cancer caused by variants in one of several genes.
- GenCC 22 zadavatelů GenCC jej hodnotí jako definitivní nebo silný
▶Akcionabilita
Earlier and more intensive breast screening, including MRI, may be recommended depending on the gene.
Širší skupiny
Other Inborn Errors of Immunity
- Immunodeficiency Disease
Jeden z 171 genů spojených s touto vazbou
Disease in which there is a deficiency or defect in the mechanisms of immunity, either cellular or humoral.
- ClinGen průkaznáClinGen hodnotí vazbu: průkazná
- GenCC 88 zadavatelů GenCC jej hodnotí jako definitivní nebo silný
▶Akcionabilita
HSCT for SCID and severe PIDs; immunoglobulin replacement (IVIG/SCIG) for antibody deficiencies; leniolisib (Joenja, FDA 2023) for APDS; gene therapy for ADA-SCID; abatacept for CTLA4/LRBA deficiency; prophylactic antibiotics; G-CSF for CGD
Inherited Neurodegenerative Disorders
- KIF5A-Related Neurodegenerative DisorderAutozomálně dominantní
Jeden z 372 genů spojených s touto vazbou
Caused by changes in one copy of KIF5A, which encodes a motor protein with a cargo-binding tail. Different types of change lead to different conditions: hereditary spastic paraplegia type 10, an axonal form of Charcot-Marie-Tooth disease and amyotrophic lateral sclerosis (ALS).
- ClinGen průkaznáClinGen hodnotí vazbu: průkazná
- GenCC 88 zadavatelů GenCC jej hodnotí jako definitivní nebo silný
▶Akcionabilita
Care is symptomatic and depends on the presentation, including physiotherapy, antispasticity medicines and multidisciplinary ALS care. Each child of an affected person has a 1 in 2 chance of inheriting the change; genetic counselling helps families understand this.
Přečtěte si ATM i zbytek svého genomu jediným testem.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů
Objednejte si Genome TestJak je ATM uspořádán
- Kódující sekvence
- Netranslatovaná oblast
- Intron
- Směr transkripce
- Známá místa způsobující onemocnění
- Úseky, které krátká čtení obtížně zachycují
- Varianty se stránkou
Exony transkriptu MANE Select genu (verze v1.5) z databází NCBI a EMBL-EBI, na referenčním genomu GRCh38.
Pásy chromozomů z ideogramu UCSC GRCh38 (2022-10-29).
Okolní geny z Ensembl, verze 116, na GRCh38.
Exony tvoří 12,9 kb z 146 kb genu; 9 171 těchto bází kódují protein.
Sekvenování ATM
2Snadné
Jak obtížně se ATM sekvenuje krátkými čteními, ze 100
0 · Snadné100 · Obtížné
Téměř všechny exony genu ATM leží tam, kde se krátká čtení mapují čistě.
Co k tomu přispívá: podíl exonů genu ATM v každém druhu obtížné oblasti
- MapovatelnostÚseky, kde nelze čtení o délce 100 nebo 250 bp jednoznačně umístit, takže volání v nich může chybět nebo být chybné. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 100.0,5 %
- HomologieSegmentální duplikace: kopie jinde v genomu, například paralogy a pseudogeny, s identitou 90 % nebo vyšší. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 60.0 %
- Sdíleno s chrYPseudoautozomální oblasti a oblast X-transponovaná, kde chrX a chrY nesou stejnou nebo téměř stejnou sekvenci, takže čtení z jednoho může být umístěno na druhém. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 60.0 %
- Pokrytí referenční sekvenceMezery v referenční sestavě v okolí, kde pro čtení není sekvence, na kterou by se mohla zarovnat. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 50.0 %
- RepeticeTandemové repetice a série jedné báze, na kterých čtení sklouzávají a které nemusí přečíst celé. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 30.2,1 %
- Obsah GCOkna s méně než 25 % nebo více než 65 % G a C, která příprava knihovny pokrývá řídce. Gen zcela v tomto druhu oblasti by samostatně získal skóre 20.5,4 %
Skóre Dante Labs z vlastního výzkumu, vycházející z map obtížně sekvenovatelných oblastí NIST Genome in a Bottle.Jak se skóre počítáKaždý sloupec udává podíl bází exonů genu ATM v daném druhu obtížné oblasti. Každý druh sám o sobě může gen učinit obtížným a každý další přidává méně: 0, pokud žádná báze nespadá do žádné z oblastí, 100, pokud každá báze leží tam, kde čtení nelze jednoznačně umístit.
2 935
pozic v ATM, kde ClinVar řadí změnu jako patogenní nebo pravděpodobně patogenní
11 z nich (0,4 %) spadají do oblastí, které krátká čtení obtížně zachytí.
- Low mappabilityRegions where 100 bp or 250 bp reads cannot be placed uniquely. (11 míst)
Celogenomové sekvenování pokrývá všech 146 kb genu ATM, včetně intronů, nejen 12,9 kb exonů.
Varianty se stránkou (811)
Varianty genu ATM se stránkou zde, nejdříve ty s nejvyšším počtem hvězdiček hodnocení. Každá stránka popisuje veřejný záznam ClinVar o variantě, nikoli výsledek.
| Varianta | HGVS c. | Exon nebo intron | Pozice (GRCh38) | Klasifikace ClinVar | Stav hodnocení |
|---|---|---|---|---|---|
| A911Rfs*19 | c.2730_2731insAG | Exon 18 | 108 268 501 | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| c.2T>C | Exon 2 | 108 227 626 | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem | |
| c.332-1G>A | Intron 4 | 108 235 669 | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem | |
| c.496+5G>A | Intron 5 | 108 235 839 | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem | |
| c.1122_1123del | Exon 9 | 108 248 987 | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem | |
| c.1607+1G>T | Intron 10 | 108 251 073 | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem | |
| c.2251-2A>T | Intron 14 | 108 257 479 | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem | |
| c.2251-4A>G | Intron 14 | 108 257 477 | Pravděpodobně patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem | |
| c.2466+5G>C | Intron 16 | 108 259 080 | Pravděpodobně patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem | |
| c.2639-23_2639-21del | Intron 17 | 108 268 386 | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
Patogenní varianty ClinVar (3 833)
Varianty genu ATM, které ClinVar klasifikuje jako patogenní nebo pravděpodobně patogenní u libovolné choroby, s hodnocením alespoň jednoho zadavatele podle kritérií, a nejlépe hodnocené z nich. Jde o veřejný záznam ClinVar o genu, nikoli o výsledek.
- Patogenní 2 826
- Patogenní/pravděpodobně patogenní 278
- Pravděpodobně patogenní 729
| Varianta | Choroby | Klasifikace ClinVar | Stav hodnocení |
|---|---|---|---|
| NM_000051.4(ATM):c.2T>C (p.Met1Thr) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.67C>T (p.Arg23Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.217_218del (p.Glu73fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.332-1G>A | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.387del (p.Asp130fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.467G>A (p.Trp156Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.480_484del (p.Gln161fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.496+5G>A | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.748C>T (p.Arg250Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.790del (p.Tyr264fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.824del (p.Ser274_Leu275insTer) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1122_1123del (p.Glu376fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1158del (p.Lys387fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1355del (p.Thr452fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1396C>T (p.Gln466Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1402_1403del (p.Lys468fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1442T>G (p.Leu481Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1564_1565del (p.Glu522fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1607+1G>T | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.1782del (p.Val595fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.2152dup (p.Cys718fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.2251-2A>T | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.2284_2285del (p.Leu762fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.2413C>T (p.Arg805Ter) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
| NM_000051.4(ATM):c.2508dup (p.Ser837fs) | ATM-related cancer predisposition | Patogenní | ★★★★3 hvězdiček z 4 Posouzeno odborným panelem |
Geny spojené se stejnými onemocněními
- FMR1fragile X messenger ribonucleoprotein 1Sdílí 2 onemocnění
- TWNKtwinkle mtDNA helicaseSdílí 2 onemocnění
- AARS1alanyl-tRNA synthetase 1Sdílí 1 onemocnění
- AARS2alanyl-tRNA synthetase 2, mitochondrialSdílí 1 onemocnění
- ABCB7ATP binding cassette subfamily B member 7Sdílí 1 onemocnění
- ABCD1ATP binding cassette subfamily D member 1Sdílí 1 onemocnění
- ABHD16Aabhydrolase domain containing 16A, phospholipaseSdílí 1 onemocnění
- ACER3alkaline ceramidase 3Sdílí 1 onemocnění
- ACO2aconitase 2Sdílí 1 onemocnění
- ADAadenosine deaminaseSdílí 1 onemocnění
- ADARadenosine deaminase RNA specificSdílí 1 onemocnění
- ADPRSADP-ribosylserine hydrolaseSdílí 1 onemocnění
Rysy spojené s ATM
Human Phenotype Ontology uvádí tyto rysy jako příznaky vzácných onemocnění, která může způsobit ATM. Na stránce každého rysu najdete další geny, které jsou s ním spojené.
Abnormality of the nervous system
- Ataxia
- Difficulty articulating speech
- Progressive cerebellar ataxia
- Abnormal gait
- Abnormal speech pattern
- Abnormality of movement
- Choreoathetosis
- Glioblastoma multiforme
Zobrazit ještě 29 rysů
- Tremor
- Anxiety
- Attention deficit
- Behavioral abnormality
- Delayed speech and language development
- Depression
- Difficulty performing quick and alternating movements
- Epilepsy
- Inability to walk
- Intention tremor
- Irritability
- Migraine
- Rise in pressure inside skull
- Slurred speech
- Abnormal pyramidal sign
- Benign neoplasm of the central nervous system
- Cancer of early nerve cells
- Cognitive impairment
- Disorder of involuntary muscle movements
- Disturbed sensory perception
- Dysgraphia
- Hallucinations
- Loss of developmental milestones
- Memory impairment
- Paralysis or weakness of one side of body
- Pins and needles feeling
- Diminished deep tendon reflex
- Dystonia
- Jerking
Abnormality of blood and blood-forming tissues
- B-cell lymphoma
- Decreased blood lymphocyte number
- Acute lymphoblastic leukemia
- Bone marrow disease
- Gastrointestinal bleeding
- Blood cancer
- Cancer of lymphatic system
- Decreased total CD4+ T cell proportion
Zobrazit ještě 3 rysů
Abnormality of the genitourinary system
- Abnormal fallopian tube morphology
- Ovarian cancer
- Polycystic ovaries
- Abnormality of the testis
- Prostate cancer
- Urinary tract neoplasm
- Uterine cancer
- Abnormal sperm development
Zobrazit ještě 1 rys
Externí odkazy
Záznamy o genu
Transkript
Protein
Odkud to pochází
- HGNC: symbol genu, jeho název, další symboly a poloha.
- MANE Select v1.5, od NCBI a EMBL-EBI: transkript, jeho exony a kódující sekvence.
- GenCC a ClinGen, vydání 2026-10-23: se kterými onemocněními je gen spojen a jak silně.
- Seznam sekundárních nálezů ACMG, SF v3.2.
- ClinVar a stratifikace GIAB: známá místa způsobující onemocnění a oblasti, které krátká čtení obtížně zachytí.
- Stratifikace genomu Genome in a Bottle od NIST: skóre obtížnosti sekvenování.
- Human Phenotype Ontology, verze 2026-09-01: rysy spojené s tímto genem. Více informací najdete na hpo.jax.org.
- Vydání dat 2026.10.23-dc0c0517.
Citovat tuto stránku
Dante Labs. (b.d.). Gen ATM: ATM serine/threonine kinase. Staženo 24. října 2026, z https://dantelabs.com/cs/genes/atm
Dante Labs. Gen ATM: ATM serine/threonine kinase [Internet]. [citováno 24. října 2026]. Dostupné z: https://dantelabs.com/cs/genes/atm
Jeden test. Odpovědi na celý život.
Od 449 $Doprava zdarma · Výsledky za 6–8 týdnů