Jeden test, aktualizace po celý život: Jak se genomika každým rokem zdokonaluje

Když si necháte udělat krevní test, výsledek je jen momentální snímek – přesný v daném okamžiku, ale o rok později již bez významu. Když si necháte sekvencovat celý genom, výsledek je trvalý. Sekvence vaší DNA se nemění. Mění se však vědecké poznatky, na jejichž základě se interpretuje – a právě v tom spočívá zásadní rozdíl mezi sekvencováním celého genomu a jakýmkoli jiným zdravotním testem.

Vaše data jsou neměnná. Věda však nikoli.

Každý měsíc zveřejňují vědci po celém světě nové poznatky, které spojují genetické varianty s onemocněními, reakcí na léky a zdravotním stavem. Databáze ClinVar – hlavní veřejný archiv vztahů mezi variantami a onemocněními – každoročně doplňuje tisíce nových záznamů. Toto tempo se zrychluje, jelikož se pro analýzy na populační úrovni stávají dostupné rozsáhlejší genomické datové soubory.

To znamená, že varianta ve vašem genomu, která je dnes klasifikována jako „varianta nejasného významu“ (VUS), může být příští rok přeřazena do kategorie patogenních variant – jakmile se nashromáždí dostatek důkazů z klinických studií. Naopak varianta, která se jevila jako znepokojivá, může být přeřazena do nižší kategorie, jakmile bude k dispozici více populačních údajů.

Klíčová otázka zní: provádí váš poskytovatel testů při těchto aktualizacích novou analýzu vašich dat?

Proč většina testů jako by se zastavila v čase

Genotypizační testy pro spotřebitele – jaké nabízejí společnosti 23andMe, AncestryDNA a podobné služby – analyzují předem vybraný soubor genetických pozic na čipu. Zpráva, kterou obdržíte, odráží to, co bylo o těchto konkrétních pozicích známo v den, kdy byl čip navržen. Pokud věda objeví něco nového o variantě, která na čipu nebyla, nebo překlasifikuje variantu, která tam byla, vaše výsledky se neaktualizují — protože podkladová data jsou neúplná.

I některé klinické testy mají toto omezení. Cílené genové panely analyzují pouze geny, které jsou v panelu zahrnuty. Pokud by budoucí výzkum identifikoval klinicky významnou variantu v genu, který ve vašem panelu nebyl, potřebovali byste k její detekci nový test.

Jak funguje reanalýza celého genomu

Sekvenování celého genomu zaznamená každou pozici ve vašem genomu – přibližně 6,4 miliardy párů bází. To znamená, že váš datový soubor je kompletní hned od prvního dne. Nic nebylo vynecháno. Není třeba nic znovu sbírat.

Jakmile budou zveřejněny a klinicky ověřeny nové souvislosti mezi genovými variantami a onemocněními, lze surová data z vašeho původního sekvenování znovu analyzovat s využitím aktualizovaných databází. Mohou se tak objevit nové klinicky významné nálezy, které v době původního testu nebyly známy – a to bez nutnosti odběru krve, nové testovací sady nebo nového testu.

Ve společnosti Dante Labs probíhá tato reanalýza automaticky prostřednictvím platformy Genome Manager. Jakmile v rámci našeho klinického revizního procesu ověříme nové souvislosti mezi variantami a onemocněními, vaše zprávy se aktualizují tak, aby odrážely nejnovější vědecké poznatky. O všech klinicky relevantních změnách budete informováni.

Jak to vypadá v praxi

Uvažujme příklad z praxe: od doby, kdy ClinVar začal sledovat klasifikaci variant, bylo přibližně 7 % všech klasifikovaných variant alespoň jednou překlasifikováno v souvislosti s novými poznatky. Některé varianty VUS byly přeřazeny do kategorie patogenních. Některé pravděpodobně patogenní varianty byly přeřazeny do nižší kategorie. Tyto reklasifikace mají přímé klinické důsledky — mění doporučení ohledně screeningu, vhodných léků a toho, kteří členové rodiny by měli být testováni.

Pokud máte k dispozici kompletní genomový datový soubor, tyto přeřazení se automaticky promítnou do vašich zpráv. V případě neúplného datového souboru – tedy pokud se nejedná o sekvenování celého genomu – se tak nemusí stát, a to buď proto, že příslušná varianta nebyla testována, nebo proto, že poskytovatel nenabízí opakovanou analýzu.

Ekonomika jednorázového sekvenování

Existuje i praktický argument. Sekvenování celého genomu dnes stojí jen zlomek toho, co stálo před pěti lety – a ceny stále klesají. Ale při výpočtu nejde jen o dnešní cenu. Jde o celkové náklady na genetické informace po celou dobu jejich životnosti.

Pokud si dnes necháte provést test s určitým panelem a příští rok jiný panelový test – ať už proto, že se změnila vaše klinická otázka, nebo proto, že do panelu byly přidány nové geny – platíte dvakrát za neúplný obraz téhož genomu. Sekvenování celého genomu zachytí vše najednou. Na každou budoucí otázku lze odpovědět na základě stejného souboru dat.

Závěrem

Váš genom je jediný zdravotní test, jehož hodnota po provedení ještě stoupá. Ne proto, že by se vaše DNA měnila – to se totiž neděje. Ale proto, že věda, která ji analyzuje, se neustále vyvíjí. Jedinou podmínkou je, aby původní test zachytil veškeré informace. A přesně to sekvenování celého genomu umožňuje.

Zjistěte více o genetickém testu Dante Labs →